MmuINT0048231 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000056268 | Dennd1b
Description
DENN/MADD domain containing 1B [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2447812]
Coordinates
chr1:139041924-139053415:+
Coord C1 exon
chr1:139041924-139042043
Coord A exon
chr1:139042044-139053345
Coord C2 exon
chr1:139053346-139053415
Length
11302 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTGAGT
5' ss Score
8.83
3' ss Seq
CATTTAAATTCTTCTTACAGTTA
3' ss Score
8.2
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TTACTTGCCATGGTTTGAAGTATATTATAAACTTCTAAATACTCTGGCAGATTACTTGGCCAAGGAACTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000056268:ENSMUST00000094505:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0345613=uDENN=PD(48.4=73.2),PF0214116=DENN=PU(4.4=19.5)
A:
NA
C2:
PF0214116=DENN=FE(12.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types