RnoINT0046429 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000011063 | Dennd1b
Description
DENN domain containing 1B [Source:RGD Symbol;Acc:1308441]
Coordinates
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Coord C1 exon
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Coord C2 exon
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Length
15576 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
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Seq C2 exon
TTACTTGCCATGGTTTGAAGTGTATTATAAACTTCTAAATACTCTGGCAGATTACTTGGCCAAGGAACTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000011063:ENSRNOT00000035129:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0345613=uDENN=PD(63.8=73.2),PF0214116=DENN=PU(4.0=19.5)
A:
NA
C2:
PF0214116=DENN=FE(11.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]