HsaINT0049212 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000114841 | DNAH1
Description
dynein axonemal heavy chain 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2940]
Coordinates
chr3:52332142-52344647:+
Coord C1 exon
chr3:52332142-52332394
Coord A exon
chr3:52332395-52344489
Coord C2 exon
chr3:52344490-52344647
Length
12095 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTCGTGAGT
5' ss Score
8.41
3' ss Seq
TCTCCCATCTCTATGGGCAGGGT
3' ss Score
7.26
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGGCCACCCCTTCAGGTCTGTCAGTACTGGGTGCCACGGATCCAGCTTCTCTTCTGCGCTGAGGACCCTTGCATGTTCGCACAACGTGTGGTCCAGGCCAACGCCCTGCGCAAGAACACGGAAGCACTGCTGCTCTACAACTTGTATGTGGACTGCATGCCCTCTGACGGCCAGCATGTCATCAGTGAACAGAGCCTGAGCAAGATCAAGCAGTGGGCCCTGAGCACGCCTCGGATGCGCAAAGGCCCCTC
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGTTCTAGAGCACCTCAGCAGTCTTGCCAGAGAAGTGAGCCTGGACTATGAGCGCAGCATGAACAAGATCAACTTTGACCACGTTGTCTCTTCCAAGCCCGAGACCTTCTCCTACGTCACCCTCCCCAAGAAGGAGGAGGAGCAGGTGCCTGAGCGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000114841:ENST00000486752:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development