HsaINT0049392 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000174844 | DNAH12
Description
dynein, axonemal, heavy chain 12 [Source:HGNC Symbol;Acc:2943]
Coordinates
chr3:57422678-57430543:-
Coord C1 exon
chr3:57430424-57430543
Coord A exon
chr3:57422788-57430423
Coord C2 exon
chr3:57422678-57422787
Length
7636 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CACGTAAGT
5' ss Score
10.16
3' ss Seq
ATTACTTTTTTTTATTTCAGGAA
3' ss Score
10.52
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTCTTCGATCAATTAAAGATGTAAATGAACCAAAGTTTTTATCACATGATATACCTTTATTTAATGGAATAACTAGTGACTTATTTCCTGGTATTAAACTTCCTGAAGCTGACTATCAC
Seq A exon
GTAAGTAAACCCATGAGAATGACTTATTCGGCATAATAAATTCATCCGATGACTCAATTGTTTACCAAGATTTATTAATGTGTGAAATTATTCTGTTTTGAGGAAAATCCCCTATTTTGTCCACTTTAGTTAATAACAATAAGTAAATTTGGGTACTTTCATATTATATGATACCAGGGTTAACCTGTCAAGATTCAGGTTAAACAGGCCAGGCACGGTGTTTCACACCTGTAATCCTGGACTCTGGGAGGCTGAGATGGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAACCTGGCCAATATGGTGAAACCCTGTCTCCACTAAAAATACAAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGTGTCCCACCACTGCACTCCAGCCTGGTCCACAGAGCAAGACTCTGTCTCAAAAAAAATAAAAATTAAAAAAAGTAATGTTCTTTGTAAGAGAATAAGTATTATTATTATTTTATTTTATTATAATAATTATTATTTTTTGAGACAGAGTTTTGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGTGCAATCGCAGCCCACTGCAAGCTCTGCCTCCCAGGTTCAACCTGTTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCAAGCGCCACCATGCCCAGCTAATTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCTCCATGTTGGGCAGGCTGGTCTTGAACTCCCAGCCTCAGGTGATCTGCCAGACTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATCACAGGTGTGAGCCACTGTGCCTGGCTGAGAAAAAATATTTTATTTTCTATCTTGTGATTTACAATATTAGTATACATACTGTAATAGTGTATTACACTATTGTGTAATATATAGTATTGCATACTAAATACTATTGTGTATTTTATTAGATAGAAATGAAAGTAGTAAAACATCCTATAGGTAACATAATAAGGCTTTGTTTCTCAAATTTACTTAATAGACTCATTTTTATTTTTTTTTAAAGGAAACAGTCCTTAACACAGATGCACACGGTAACTACGGGTAGTGATGGATATGTTAATTAGATTGTGGTAATCATTATATAATGTATATGTTTATCAAATCATCATGTTGCACCTTAAATATATAAAAATATTTGTCAATTAAAAATTTAAAATAACAAAAATAAGACACAAACCACTCGCATTTCCAACTTCATGTAGATTATACATATTATAATGAAGCTTAAATATGTATATACTTAACTGCTGCTTATAGCCGTTATAGAAAACCAGAATATAGTTTAAAATTAATTACAAGCCAGGCATGGTGGCTCACACCTATAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGTGGATCACCTGGGATCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCTGTCTCTGCTAAAAATACAAAAATTAGCGGGGCATGGTGGTGCACGCCTGTAGTCCCAGCTTCTTGGAAGGCTGAGACAGGAGAATTGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATTGCGCCATTGCACTCCAGCCTGTGCGACAGAGCAAGACTCCATCTTAAAATAAAAATAATAAATAAAATAACATTACAAACAAAACAATCTCAAATTCAATTTAACGCAATTAATGAAATAGGTAATATGTGGCTGAAAGTAACTTGTTACTTTATGGGAATTTCTATTGTGAAATGTACAGTGAAGATTCTCTTGAGTTCAGCGTTCATAAACCACCTTTTGCCAAGTGATGATTCAATTCTTCCATGTCTTCTCTTTACGATATGACTGCAAAATCTTTTTGTTTGAGCTGTCAAATCATTAAGAGATCACTTAACTTAAAGGCATCTTTATTTTTTTGTCTGTTTTTTAAATTCTTATGCTCAAATACTAATATGCATTTTATGGCAGGTTAAGGTGACTATCAAGATGATTCAGAATATGCTAATATGATTTTTAAACACCAAAATGAAAACACAAAATTTTAATATTTTCTTGAAGAACTCTTATGTACTCTTATGAATACTGCAATAAATCCGTAGATTCCAGTTGGAAAAATAGTACTAAATTGCCATCTTGCTTTTTAATGGGTTCTGTATTTGTTTTACTGACTTCTTTTGGATTTCAAAAAATGTTTATCACTCCATTTTATCTTCTCTATTGGCTTTATAGCTTTACCTTAGTGGTCACTCCACAGGTTGCAGTATATATCCTTGGCTTATTACAACTTTACAGTTAGTATTTTACCAGTTGACAAAAAATATAAGCACCTTAAATGGTATAGTTTCATTATCCACTCACTCCTGCCCATTGTGCTATTGTTGTCATATATTTTACTTCTATATATTTTGTAAACACCACAATGCATTGTTATTATTTTCTGCTTTAAGTATTGTATTTGAAAAAAAAAAGCCTCTTACGCTACCCTTTCTAGTGCTTTTATTCTTTCCAGCAGATATATGTTTTCATTTTGGATTTTTTATTTTTAACCTAAAAAACTTCCTTTAGTATTTGTGTGTATATGGGTCTTCTGGCAACAAATTCCCTCACCTTTTGTCTGTCTGAAAATGTCTTTATTTAATCTTTATTTCTGAAGAATATTTTCACAGATACAGAATTCTAGATTGGCAAGGTGTCTCCTCCCCACCCCACCCTGCGCCCAGCATTTAAAGATGTTATTTCATAGACTGCTGCCTTTCAGTGTTGTGCTTAGAAGTCAGGCATTTTTCTTATTTATACTCCTCTGGCTGTTTTAATATTTTTTCTTTTTCTTTTTTGGTTTTGAGCAGTTTGACTATGTGCCTAGTTTTGTTTTGTACTTTATTGCCTGGGATTTGCTATGCTGCTTGAATCTGTGTGTTGATGTGTTTTGCCAGAAAATTTACTTTTTCTTTTCTTTTTTTAGAGACAGGGTCTCACTTTTGCCGAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCATAGCTCACTGCATTGTCAACCTCCTGGGCTCAAGCAATCCTCCCATCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTATGGGCGCGTGCCACCACACCCAACTAATTATTTTATTTTTCATAGAGACAAGGTTTTACTTTGTTGCTCAGGTTGGTATCAAGCTCTGGGCTCAAGCAGCCTCCTAAAGAGCTGTGATTACAGGCATGAACCACTGTACTCAGCCAGAAAATATTCAGTAATTATCTTTTTATATGTTTTTATGCCTTAATTTTTTCTCCTCTCTCCTTCCGGAACTTCAGTGACATGTATATTAGACCATTCTATATAGTTTCATGTGTCTCTCATGCCTCTTTTTTTCTCTTTTGTTTTTCATTACTTTCTCTCTGTAGTTTGGATACTTTCTAATTGACCTATCTTCAAGGTTAGTGGTTCTTTCTTTGGCTTTGTCCAGTTTGCTGATAAGCCCATTCAATGAATTCTTAATTTCACATATTTTGATCTTTTTAGTTCTAGTGTGTCCAATTGGTTCTTTTTAGAGAGTTCTCTTTTCTGCTAAAATTCTATATTTTTTCCTCTATTTTTTCTATCTTATAATCTATTCTTTTTATACTTTGTAAATGTATTGTCAAGTTCTTATCTGTTAATTATGACATCTGGGTCATCTATGAGTTTGTTTTGTTTACTGTTTTTTCTCTTGGTCATCAGCTATTTCTCATGACTTCATTATTTTTTTGGTTCTGTTATGAAGTGACTATTTAGAGTTAGGGTCTTGCTCTGTTACCCAGGCTGGAGTACAGCAGTGCAATCATGGCTCACTGCAGCCTCCAACTCCTGGGCTCAAGCAATCCTCCTACATCAGCCTTCTGAGTAGCTGGGACTACAGGAATGTACCACCACACCTGGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGAGGAGGTCTTGTTATGTTGCTCAGGCTGGTCTTGAACTCCCGGGCTCAACCCATCCACTCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCACTCCTGGCCTATTTACTTATTTTTAAAGGAATTTCAACTTTTAGATTCAAGGGGTACATGTGCAGGTTTGTTTCATGGGCATAATCATGATGCTGAAGTTTGAGGTATTATTGATACCATCACCCAGGTACTGAGCATAGTACCCAATAGTTAGTTTTTCAGCCCTTGTTCCCCTCCCTCTCTCTTCCCCTTAGTAGTCCCCAGTGTCTGTTGTTGCCATTATTATGTTCATGAGTACCCAGTGTTTGCCTACCACTTACAAGTGAGAACATGCAGTATTTGGTTTCCTGTTCCTGTGTGAATTTGCTTAGGAGAGTGGCCTCCAGCTATATCCATGTTGCTGCAAAGGACATGATTTTGTTCTTTTTTATGGCTGCATAGTATTCCATGGTATATATGTACATTTGCTTTATTCAATCTACTGTTGATGGGCACCTAGGTTGATTCCATGTCTTTGCTATTGTGAATAGTGCTGTGGTAAACATAATGCATGCATGTGTCTCTTTGGTAGAACAATTTATTTTCTTTTGGATATATACCCAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATGGTAGTTCTGTTTTAAGTTTTTTGAGAAATCTCTAAACTGCTTTCCACGGTGACTGAACTAATTTGCATTCCTACCAACAGCATATGAGTATTCCCTTTTCTCTGCAGGCTTGCCAGCATCTGTTGTTCTTAACTTTTTAGTAATAGCCATTCTGACTTGTATGAGATGGTATCTCATTGTATTTTTGATTTGCATTTCTCTGACGATTAGTGATGTTGAACATTTTTTCATATATTTGTTGGCTGCTTGCATGTCTTTTGAGAAGCATCTGTTCGTATCCTTTGCCCATTTTTAAATGTTTTTTTTTCCTGTTCAATTGTTTAAGTTCCTTATCAATTCTGGATATTAGACCTTTGCTGGATGCATAATTTGTGAATATTTTCTCCCATTCTGTAGGTTGTTGTTTTTTCTGTTGATAGTTTCTTTTGCCATGCAGAAGCTCTGTAGTTTAA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Seq C2 exon
GAATTTTTGGAATGTGCTCATGAAGCCTGCAATGTACATAATCTTCAGCCTGTTAAATTTTTTCTTGAAAAAATAATTCAAACATATGAAATGATGATTGTTAGACATGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000174844-DNAH12:NM_178504:29
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF077289=AAA_5=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)