HsaINT0050061 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000007174 | DNAH9
Description
dynein, axonemal, heavy chain 9 [Source:HGNC Symbol;Acc:2953]
Coordinates
chr17:11608342-11622807:+
Coord C1 exon
chr17:11608342-11608502
Coord A exon
chr17:11608503-11622650
Coord C2 exon
chr17:11622651-11622807
Length
14148 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
TGCCCTCCCGTGTTTGGCAGGTG
3' ss Score
11.12
Exon sequences
Seq C1 exon
GTAGACAATGCCCAGGCTTTCCTCTGGCTGTCTCAGCTGCGCCATCGTTGGGATGACGAGGTCAAACACTGCTTTGCCAACATCTGTGATGCCCAGTTTTTGTATTCCTATGAGTACCTGGGAAACACACCTCGCTTGGTGATCACACCTTTGACTGACAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGCTACATCACCCTCACCCAGTCCCTGCACCTGACCATGAGTGGGGCTCCCGCAGGACCTGCAGGCACAGGCAAGACCGAGACCACCAAGGACCTGGGCCGCGCACTGGGCATCCTGGTCTATGTGTTCAACTGCTCGGAGCAGATGGATTACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000007174-DNAH9:NM_001372:26
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.132
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127742=AAA_6=PU(8.2=35.2)
A:
NA
C2:
PF127742=AAA_6=FE(22.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)