HsaINT0050088 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000007174 | DNAH9
Description
dynein, axonemal, heavy chain 9 [Source:HGNC Symbol;Acc:2953]
Coordinates
chr17:11757320-11772570:+
Coord C1 exon
chr17:11757320-11757745
Coord A exon
chr17:11757746-11772450
Coord C2 exon
chr17:11772451-11772570
Length
14705 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCTGTGAGT
5' ss Score
7.39
3' ss Seq
TTGTATTCCTTCCTAAACAGCAC
3' ss Score
8.26
Exon sequences
Seq C1 exon
ACCAACCTGACAGAGCTGAAGTCATTTGGCTCTCCGCCTCTGGCCGTCAGCAATGTCAGCGCTGCGGTGATGGTACTGATGGCTCCCAGGGGTAGGGTGCCCAAGGACCGGAGCTGGAAGGCTGCTAAGGTCACCATGGCCAAAGTGGATGGCTTCCTGGACTCGCTAATAAACTTCAACAAAGAGAACATTCACGAGAACTGCCTCAAAGCCATCAGGCCGTATCTGCAAGACCCCGAGTTCAATCCTGAGTTTGTGGCCACCAAATCCTATGCGGCTGCAGGCCTCTGCTCCTGGGTCATCAATATTGTGAGATTTTATGAGGTGTTCTGTGATGTGGAACCCAAGCGCCAGGCACTGAACAAAGCCACCGCGGACCTCACAGCTGCCCAGGAGAAGCTGGCTGCCATCAAAGCCAAGATCGCT
Seq A exon
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Seq C2 exon
CACCTTAATGAAAACCTGGCAAAGCTCACAGCCAGGTTTGAGAAAGCAACAGCAGACAAACTCAAATGTCAGCAAGAAGCCGAAGTGACCGCAGTCACCATCTCCCTTGCCAACCGCCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000007174-DNAH9:NM_001372:50
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127772=MT=FE(41.0=100)
A:
NA
C2:
PF127772=MT=FE(22.8=100),PF083176=Spc7=PD(52.2=87.5),PF0218511=HR1=PD(37.5=45.0),PF0102514=GrpE=FE(45.3=100),PF101474=CR6_interact=PD(44.4=80.0),PF097314=Mitofilin=FE(47.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)