MmuINT0051247 @ mm9

Intron Retention

Gene

ENSMUSG00000056752 | Dnahc9

Description

dynein, axonemal, heavy chain 9 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1289279]

Coordinates

chr11:65732226-65741511:-

Coord C1 exon

chr11:65741086-65741511

Coord A exon

chr11:65732346-65741085

Coord C2 exon

chr11:65732226-65732345

Length

8740 bp

Sequences

Splice sites

5' ss Seq

ACAGTAAGT

5' ss Score

9.49

3' ss Seq

CTGTGTCCCGTTCTCAACAGCAC

3' ss Score

10.08

Exon sequences

Seq C1 exon

ACCAACCTGACAGAGCTGAAGTCATTTGGTTCCCCACCTCTGGCTGTCAGCAATGTCAGCGCCGCGGTGATGGTTCTCATGGCCCCAGGGGGCAAGGTGCCCAAGGACCGCAGCTGGAAGGCTGCCAAAATCACCATGGCCAAGGTGGACAGCTTCCTGGATTCCCTAATCCACTTCGACAAGGAGAACATTCATGAGAATTGCCTCAAAGCCATCAGGCCATACCTGCAAGATCCTGCATTCAACCCAGAGTTTGTGGCCACCAAGTCCTATGCAGCTGCAGGCCTCTGCTCTTGGGTAATCAATATTGTGAGGTTCTATGAGGTCTTCTGTGATGTGGAACCAAAGCGCCAGGCTTTGAACAAAGCCACCTCAGACCTCACAACTGCCCAAGAGAAGCTGGCAGCCATCAAAGCCAAGATCACA

Seq A exon

GTAAGTGAACCTAGAACCCTCCTGCCTAACACTACCAAAGGATAAAACACATGGCACTCTCTGGCAATCTCCAGAGCCTGACAGTATAATGCCCAAGGAGAAACCAAATGTTAATGCAGAAATCCATCCCTTTTCAACACGGACAACTTTCTACATTTCTTTCTCCAACACATATGGGCCAAACAAGAAAAACCAACTGTGCAATTGGTTTATTATTCTAGGCCAAAAGAATGGAGGGGGGATGAGATTGTACCCCCATTAAGAAAGTAGAGCCCTGGAGACACATAGCAGACCTAGCAGACTGAGAGTGGGATCAATGGAGTCTCAACTGCTCCCTCATCAGCCAAATATGAACTAAATGTTGTTGCAGTTACAAGGTTAAGGTTTTGAGCTGTTTTCCTCCTTGACATGTAGATTGGAACTGTCTTCACCTTTTCTACCTATTATTTCCAGTTCTGGCCATTAGTGAAGCTGTCTCACTTTTTACCGTGTGACCATGTGGGCACAGTGTGAGATCTTTACTGTTTCAGGGACGTTCTTAAAAACAAGGAATGTTGATGGCACAAGTCTATAGTGCTAGCTAGCACTCAGGAGGCTCAGGCAGAAGGGTCATGAGTTTGAGCCACCCTGAGCTACTTAGCAAGATAAAATTAAGTAAATGAATAGTATGCTGTGCATTATAATGGTCCTTGCTCCATCCAGAGCTTGCTAGCCTTTATAAGTACCACACATGATTAAATCTGTTTCACTCAGGTTTGAGGGCTTGTCATGACCTTGGGCTCAGACTTACTAGAGAGAGGAGTACCTAAATTTCACTTTTACTATTATAATGGATAGGATCAGGCTGGGTAGAACACAGGCAGCTCGGTAGAGCTCTTATACAGACAGCACACATGATGCCCTGGGCTGGAATCTCAGCCAAAAAGAAGATTAAAAATTAGTGAAGTGAGAGGTAGCAATCAGAAGGTTTAAGATAGCATAGGTTTAAAAAAAAAAAAAAAAACTGCCTATCTCCACGAGTCCCACCTCTCACCAAGAAGCTATTCACAGTGAATACCTCTGAGAAAGGGAAAATCGGTTTTCCCTACTGGATGTAACAACTGCACTCCGGGGCAGGTGGTAAGCCCAGGAAATGACCAGAAAATGATCTCTATGGTTTGTGTTGAGGGCTTTTTCCACTTTTTAAAAAAAAATTTTTTTTTAAAAATTTGTTTTGCTTGTTTTTATCCTACTGATTTTTTGTTTTGTCTTATTTTATTTGTTATTGGTTTTCCTGTTTGGCTTTTTTCTGCAAGAGAATGTGAGAGAGAGAGAAAGAATAGGAAGTTGGTTTGGGCAGGGAGGTAAGAAGAACCTTGGAGGAGTTAGGGGAGAAGAGAGAATATGATCAAAAAATACTACATGAAAAAAATTAAATAAATAAGTAATCTGTCCATCTCAACAGACCTTTAATTTCAGCTGTAATATTTATTTTTTATGTCTTTGGAGTACTCAGACTTCAGCTCCCAGAAGGAAACTAGACAGAATAATAGTACCTGCCTTGTGGGATTGTCCTCAGAACAGAAGGCAACCATGCATGGAGCATGAGCCAGAGGCAGCCTGTGTCAAAGCAAACAGCAAGAAGGGCCTTAGAGACCAAGATCATCACTGTCACTGTTCTCTCCCTCCTCCACACCTGTTTCTTGTGCTGTCAGTCACATGCACACCCAGTCACATGTCTGAGTTCAGTTACTGCCACAATCAAGTGCAAACCAGAGACTGTTCAGGATCTCCTGTTCCTCCACATGCATCCCAAACACATGAGATTCCTGCTATAAATGCGTGGTGATGATAACGTAGGTGATGCAGACTGAGAATTCGGACTGTGATGTGTTGCATGGGTTCATTGAGAGTCTGCTAAAAACCTGAACATAAAATCTCTAGGTGGGAGACCGACCACTGCAGCCAGTCTCTTTGTGTAACACAAATACTTGAGACCAGATGTAGCTTAACAAGAAGTGGGCTCAACCCATAGCATCTTAATAACAATAATAACTTGGGTGAAGAAATTAATTCATGGACCATTTACTTAAAACAGGTGGGGATGATCATAACCAGTCTCCTGCAAGTACAAAAACCTTAGCATCCCCATTGCAGCTTTTTTTTTTGGGGGGGGGAGAAAACTTCCTAATAATTTTCATATTGTTCTGTCTCTCCCAGAAAAGTGTAAAGAACTGAGATTTTAAAGACTTTTTACTTGAGTTATTTTAACTAAAGGAACATTTGGTACAGAGGGGATGTTTTCGAAATGTTTATACCTTTCCAGTAGCCAAATTCACATGATGGGCCCACTCAACCTGGGAATGTAAGAAGACTTTGAAAAGAACACTTGGCTACCATAGCAAGTGTTCCTTTTCTGCCAAAACATCTCCTACTTTTAACCACCTCCTTTCCTTCCCAGGCTTATACAAAGGCCTGTTAACATCCCAAGAACATGACCAACCACTTGCTACTGAATCACAGAAAAAGAGCCAGCACCCATCCTTTATATGGAGGCCCACCTGGGTCAGAAAGATCCCTCTCCAGATGCTGTTCACCATAGCCTCCTCCACTCTCCCAAGAAGAGTCTTACATTTACACACGCGCACGTGCACACACACACACACAAGCAAGTTGTGGAACTGGAGAGTGGTTAAGAGTACTTGCTAAAGTGAGGTTCCCAAGACCCATATCAGACATCTCATCTCATAGTCTCCTGTAACTCTAGCTGTAACTGTAACTGTAACCTGTAACTTGAGTTCAAAATCCCATACACGTGCACCCACACACACACACACAGAGACACACGCTTGCTCTCTTTGTTAACAGCATTTGTCCAACTGGCAGGTTTTGGGTGGTTTTTGTTTGGCCATCTTTTCTACAATAGGCATATATTGGCATTGCAATTTATAAAGCATGTGGTAATAAAAGCAGATTGGACATTTTCATTGGGAAATATCAAACAGTAGAAAACGGTCTTTATTAGATGCAACAGTCCTCTTTTAATTCTTTGATCTGCTTAGACCAGTTAGGGCCATCTCAGAGCCTGTTACATGGTAGCTGAACTATCTCCTTGAGTCTGTATGTCATATCTGCACATGACTGAAGAACTTGCTGTCTTAGTTAACATTCTATTGCTGTGAAGGACACTATGACCAAGACAACTCTTATGAAAGCAAGCCCCTCAGTTAAATGCTTTCTTTTGTAATAGTTGCCTTGGTTATGGTCTCTTTTCTCATCAGTAAAACAGTGATTAAGACTGTTGCTAATATTGAAAATATCAGAAAATTTACATAGAGGTATGATTTCTGGACATTATACAAACAATCAAAAGCTTCCCATAATCAGTCACTGCCCTGCAGTCTTCCTGTTGGAGCAAATGGCTGACCATGTTGTACCTGGCCATCAGCCTGGTCAGTGCATGTTTACTGATATTGGATTGACGTCAGGCTGGTCCTTGTTATCTTCTCGATCCTTTGACTTCTCTCCATATGCTAGGTTTATATTTCTACTCCCTGGTGCAACTGATGGGTCTAAGTTGTTTATTTTGACATCTTCCACGAAAACTTATGGCAACCCGTTTTAGATGACACCATGTTTGTTTCTTGCTTTTTTGCATGGAGGTGGCTTCCTGGAAGCCTTCTCTTTCAGGATAAAACTGTCAATCATCCCTAACTTCTGCTCTTCTCTCATCTTCCTATCTCCCAACTTCTGACCTCACAACATTATTTCTGTTTTATGATTGTTGTAGCCAAAACTATCTCCATTGGCTTCTGTAACCAAAACTGTCACTGTCCATAGACTGATTTGTGAAATTTTATAAAAATCAATAACTTCCATTTATATTATGTGGATGTCTTTATTGTTCCCAGCAGGTCTAAGTGATACACTATAATTATATTCATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCACTATACATTCCAAATGCTATACTCTCCCAGTCCCCCTCCCACAATCGCTCCCCCATCCCTCATCCTCTACTCCTCTGAGAGGATGGAGCCCATGAGTATCCCCCTACCCTGGCACATTAAGTCTATGCAGGGCTGGGTGTATTCTCTCCCACTGAGGCCAGACAAGAGAGCTAAGTTAGGTGAATGGATTCCACAGATATGTAACAGCTTCAGGGATAACCCCCCTTGAAGTTGTTCAGGACTCACATGAAAACCAAACTGTACATCTGTTAGATATGTACAAAGGCCTAGGTCCATTCCATGTATGCTTTTTGCTTAATGGCTCAGTCTCTAAGAGCCCCTAAGAGTATCCAGGTTAGTTGACAATTGGACTTTCTATTGAGTTCCTAACCATTTAGGGCCCTCAGTCCTTCCTCCAACTCTTTCATAAGTGTCTCTAAGCTCTGTCCAATGTTTGGTATATTCTCTTTTTTAAAAATATTTTTATTTTATGTGTTATATGTGTTTGCATATATATTTTCACTACACATGTTCCCTTTGTCCTCAGGGACCAGAAGAGGGTGTCAAATCCCCTATAACTGGAGCTACAGCTAGCTATGAGCCATCATGTAGAAAATGAATTTTGGGTCCCCTATATTGGCAACAAGTGCTCTTAACCACTGAGACCTTTCTCTAGGTCCTAACTTAATTTTTTTTTTACAGTTTTTCCCTCCATGCAGTTTCTATCTTTCTTTATTCGTTTTCATCCATTATTTCCTTTTGTGTAGCATCCATTATTCATCCATTCTCCATTCACCATCCTCATCAAGTCATTATCTTTAATATCTTTCTCAAGTTCAGAGCTTTAGTCAGTGTTGAGGATAAACAAGAATGGCTGATTCATTTCTTGGGCTGGATTCAATGTTGTCTGTACCCCAGACTATCTCCTTTCTTGGCTTCTCATTTTATTTTTGCTGTAGCCTCACCTCAAGTCACTTCCTCAGGAAAGTGCTGTGTTAAGTGAGAAGTAAATTTTTA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Seq C2 exon

CACCTTAATGAAAACCTGGCGAAGCTCACCACCAAGTTTGAGAAAGCAACAGCAGAGAAGCTCAAGTGTCAGCAAGAAGCTGAACTGACCGCAGGCACCATTTCGCTTGCAAACCGTCTG

VastDB Features

Vast-tools module Information

Secondary ID

ENSMUSG00000056752-Dnahc9:NM_001099633:50

Average complexity

IR-S

Mappability confidence:

NA

Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available

Features

Disorder rate (Iupred):

C1=0.009 A=NA C2=0.000

Domain overlap (PFAM):

C1:

PF127772=MT=PU(72.1=99.2),PF151201=DUF4561=PU(40.0=33.6),PF093255=Vps5=PU(57.6=30.4),PF104734=CENP-F_leu_zip=PU(43.1=24.8),PF083176=Spc7=PU(48.6=27.2),PF097314=Mitofilin=PU(48.1=31.2),PF141821=YgaB=PU(50.0=24.0)

A:

NA

C2:

PF127772=MT=FE(22.7=100),PF151201=DUF4561=FE(37.1=100),PF093255=Vps5=PD(39.4=65.0),PF104734=CENP-F_leu_zip=FE(54.2=100),PF083176=Spc7=PD(48.6=85.0),PF097314=Mitofilin=FE(48.1=100),PF141821=YgaB=PD(46.7=70.0)

Main Inclusion Isoform:

NA

Main Skipping Isoform:

ENSMUSP00000079494