HsaINT0053160 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000077380 | DYNC1I2
Description
dynein, cytoplasmic 1, intermediate chain 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:2964]
Coordinates
chr2:172586219-172600699:+
Coord C1 exon
chr2:172586219-172586363
Coord A exon
chr2:172586364-172600558
Coord C2 exon
chr2:172600559-172600699
Length
14195 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATCT
5' ss Score
7.56
3' ss Seq
AATCAACTTTTCTCTTTCAGAAT
3' ss Score
10.53
Exon sequences
Seq C1 exon
CAAAGCTGGAATCAGTGAGATGTTTGAGGGGCATCAAGGACCAATCACTGGCATCCATTGTCATGCAGCTGTTGGAGCAGTAGACTTCTCACATCTTTTTGTCACTTCATCGTTTGACTGGACAGTAAAGCTTTGGACAACTAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AATAACAAGCCTTTGTATTCATTTGAAGATAATGCAGACTATGTTTATGATGTTATGTGGTCACCTACCCACCCAGCCCTGTTTGCCTGTGTGGATGGCATGGGGAGATTGGATTTGTGGAATCTCAATAATGACACAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000077380-DYNC1I2:NM_001378:15
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0040027=WD40=WD(100=85.7)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)