BtaINT0053561 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000002646 | DYNC1I2
Description
cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001069351]
Coordinates
chr2:24811647-24824367:-
Coord C1 exon
chr2:24824223-24824367
Coord A exon
chr2:24811788-24824222
Coord C2 exon
chr2:24811647-24811787
Length
12435 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATCT
5' ss Score
7.56
3' ss Seq
AATCAACTTTTCCCTTTCAGAAT
3' ss Score
10.25
Exon sequences
Seq C1 exon
CAAGGCTGGAATCAGTGAGATGTTCGAGGGACATCAAGGACCAATTACTGGCATTCATTGTCATTCAGCTGTTGGAGCAGTGGACTTCTCACATCTTTTTGTCACTTCATCATTTGACTGGACAGTAAAACTTTGGACAACTAAG
Seq A exon
GTATCTAAAAACAGATGTCTGTGTCAGGTGCTCAGGTTTCTGACACAAGGTGGTGCTCTAATACTACATGGAAAAGACGAAAAGCCTCCTAATAGCTTGGAATGATGTACTGATAAAGCTAGTCACAGAACATGAGTGTAAACTAGATGTTGAAGTTTTTAAAAAATATGCTTACAGGTATGATAACTCCACTCATAACCAAGACCGGTTGTCCCACCACTTCTGGCATTTCAAGCATAGAAATTGTTATTCTGAACTGAGCTGGGAGAAAAGCCTCTGAAGATCTCACATGACTCTCATATAGCTCCCCTATAGCCTGGCACAAAAGCTGTGCATTTGCTCTTTGAAGAGCTTTTAGAAGATGTTCAGAACTGCAGTGATTCACAGAACTGATGGAAACTGGAGAAAAGATAGATAAAAACTGTTATACAACAAGACTGTGTCATAAACTTGAGTCATTAGGAAAGTATTGTGTAAATACTTGTAAATTATTATAGTATAAGTAAATTTATTTATATTTCATATTTAAATTATTTTATATTAAATAAGTAAATTTATTATAAATACTTATACATAAGTAAATCCTTATACTTATGGATGCATATTTATTTTTGTTGACCACAATACATAATACAAGTTGTTTGTGTTTAAATAACCCTTGGAAAACCTTTTATGTTATGAAGTGCTTCCTGATCCTCCAGCAATTCCAGAAACATGTGACTTGCCCTGAATTATTAAAAGTCTCAAGGCAAATCCAAAGTGCCTTTACTTTGCTGTCTATCTTTTCTGTAGTATTACATTGTTGCTGACAAAGTCCCTTTCTTAGAATATCATATTCTGTTTAAATTAAGTTAAATTTTAAGCTGTGTTTTTTCATGTTTTCATCTGCCTTAACTTTCATTCTTCAATTTCTTTGAGAAAACCTGGTGCTTTTAAGAGATTTTCTTCACTATTACAGTGGAATCATTTATTTATCAAGTGTTGATCTTGTAAATCAGGGATGAACTCACTATTCACTCTTGTCGATGCTTTCTTTCAGTGTAGTAGGAAGTGAGGTAGCAAATTGTCTCTTAAAATTCAACATTTTCATGTTTGGGATTGCTTTCCTGGTAAAGAATCTGCCTGCAATGTAGGAGACCTTGGTTTGATTCCTGGGTGGGAAAGTTCCCCTGGAGAAAGGGATGGGCTCCCCACCTCCAGTTTTCTTGGACTTCTGTGGTGGCTCAGATGGTAAAGAATCTGCCTGCAATGCGGGAGACCTGGGTTCTATCCCTAGTTTGGGAAGATCCCCTGGAGGAGGGCATGGCAACACTCCAGTATTCTTGCCTGAAGAATCCCTCTAGACAGAGGAGCCTGACAGGCTACAGTCCATGGGGTCGCAAGGAGTCGGACATGACTGAGCAACTAAGCACGTTTGGGATTAATTCAGTTCAGTTCAGTCGCTCAGTCGTGTCTGACTCTTTGTGACCCCATGAATTGCAGCATGCCAGGCCTCCCTGTCCATCACCAACTCCCGGAGTTTACGCAGACTCACGTCCATCGAGTCTGTGATGCCATCCAGCCATCTCATCCTCTGTTGTCCCCCTCTCCTCCTGCCCCCAATCCCTCCCAGCATCAGAGTCTTTTCCAATGAGTCAACTCTTTGCATGAGGTGGCCAAAATATTGGAGTTTCAGCTTCAGCATCAGTCCTTCCAAAGAACACTCAGGACTGATCTCCTTTAGAATGGACTGGTTGGATCTTGCAATCCAAAGAGTTCTCAAGAGTCTTCTCCAACACCACAGTTCAAAAGCATCAATTCTTTGGCACTCAGCTTTCTTCACAGTCCAACTCTCACATCCATACATGACCACTGGAAAAACCATAGCCTTGTCTAGACGGATCTTTGTTGGCAAAGTAATGTCTCTGGGATTAATTAGCAGGCATTAAAAACAGCATGTAAGTCTAATGAAGGAAAATGGATTAAAAACTGTTTAACACAGTGTCTATCTAGCATGATAGAGACTTCACAGTGTTCATTCAGTTCCTCCTCTTCTCCTCCATGGAGATCAGGCAGAGTGTTAATACATTTTGTTTATCATCTGTTTTCCTTCCTGGATTGCTCTTGAATTTTTGCTTTTGAATGAGATTTATACAGTGGAGAAAGGTAGAGGTAGAAGATTCTCATGTCTGTAAGCAAAGAAATGCATAATCCAGCTAGCAAAACCAAAGCAAGATGCAAAATTGGAGAGATGAAGCCAATTGTTTCTCTCTAGCTGTAGGTGGCCAGCTAAGTGGCTAGATTTCTGGATATCTGGATACCTTACATCTTAGATTGTTGGTCAGTACCCTTTTTCAGTATTTGAAAAGAATCTTTTATCTATTTGTAGATTTGTTATTTTTAATATCTCAGGGCTTCAGTTTGCCATCCTTTTATCTTTAAATCTGAGGTTTCCATTCTTAAATATACCACTAAATAGGACTAGAAAATGAAGACTTCATCTTGCCTAAATAAGAACAGTACCTACATCTGTGATAGTGGACTGACTGGTGCTTGCTTTTTTGTACTACACAGCTGGTTGCATGGTGGTTGATATTTTTTGTTTTTGTATTTTCCTGTATTTCAACATAAAACTGCCTACTGAATAAGAATGACAGCCAGCCATATCTCTTTCTTTGCTAATTGAGCTAGGCATTGCTTCCTTCTTATGCTTCATATAGAAGACTCATTTATTCATTCAACTGTAATACATGGCTCCCTTCCCCCCACCACCCTATTCTTTGGTCACTCCAATGTTAGTGAAGATTTTATAGAAGATAAATCACATACCCTCAATACTGCTGACTGCTACTGCTAAGTCACTTCAGTCATGTCCAACTCTGTGTGACCCCAGAGACGGCAGCCCACCAGGCTCCCCCATCCCTGGGATTCTCCAGGAAAGAACACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAGTGCATGAAAGTGAAAAGTGAAAGTGAAGTCGCTCAGTTGTGTCCGACTCCTAGTGACCCCATGGACTGCAGCCCACCAGGCTCCTCTGTCCATGGGATTTGCCAGGTAAGAGTACTGGAGTGAGGTGCCATTGCCTTCTCCCACCCTCAACACTGTATCAGAAGAATTACCTTTTTAATCTGACTTTTCATCACACAAATAGTTCTAGTCTATGAAGGAAGAAAGAGCAACAATCTGCTAAGTATTTTTTTGTTTGGCCATATTATGACTCCCAAAGTCATTATTGCTTTGATCTTGGATTTATACTTCATGGTTAATTGTGTTACTGGTCTTCATTTCTTCTCTAAAAACTTGGTAGAGCCTGTCTGCTCTCCAATACAATGATAATGAATAATAGGCAAAATTTTAAGATAATCTCTTCTTAAAAACATTGTTCCAGCTTAAAAAGCTTTAAGCTTTTTAAACCGGTATCTTCAAATTCATAAATTTAACAGACTTTAAATGTTTTTTTCTTTGCCTCTACTTTTTAAGTGTTTTCTGACTCTAGGAATTGGGTCCCCATAAACTGGAGGAATGAATCATTAGATATTGCTGTATCTTTGTATCCTTTAAGAGGTGACTCTGCCCCAGTAGCAAAACAAGATTCTTTCTTTTTCTCCCTTTCTATAAATCCTCTATCACTTGAAATCTCAATTGGTATTGCCTCAAATTTCATTTAAGTAATCTATCTTCTGTCATCTTCTAGTTTTTGCAGAGTCAGGGATTTTAATGCAGTGACAGGGTTCTGGATCATCAAATTGTTTTCTTTACTTTTTTGAACTCAGTTATTTTTAATAAAGAAGATAAAGATAGATAGTTCTCCACATTTTGGTGAAGTTTAAACCAACCAAGATATTGCTTCTAAATTAAGGACACTGTTAACTTTTTAAAATACCAAATTTGAAGATTCACAACAGAAGTACTTTGGCAGTCCTGAAGAATGGTAGGAGGAATAGAATGGTTATCTTGAAGATAACTTGAGGATTCCATGAGTACTTGATTAGGGGTAGACCTAATAAATGAGCTTAATATTCCAACCACATTTAACTGTACTTACTACATACTCTTAAAATATAAGAATTATTTATTTGGAGGACAAAATATTAATATATGCACAATATATTCTAATCTCAGAACTGATGCCTTTCAGGAGCATATTTACCATAAAGTGACAAAGTTAACATCATTAATGTATTTCTCAGAATAGGTAGTTCTTGAACTTTTATAGTCCATATACACCTTAAAATTATTTCACAGTTTCTGATGTCTTAAATTCCCTCCTTATTTGAAAAGCTTAAACCTATTTAACTCTTGGAAAATATCTGCTTTAAAACAGGGTTAAAGAGATTTTACTAATGCTTCTAATAGCAACTATGCACCTATTAGACAAATTAAAATGAAGAAATGCTCTGAAGTTGGGATGTTTCTTGGAAAATGCTGCCTGACCATCAGGACCCAGTCCTCCAGGGCAACATTTACTGTAATAACTTGTTGTTGGCCAGTGTCCAGCCTGTTCTTTGCATATTCAGAAACTCAGTTTTATCAGTCTACTAGAGTTGATTAGCTAGGGAGTGCTAATTAGAACTCACAGGTGTCTACGACACTGATACGTGGGAGAAGGTCAATTTATTAATTTACACTGAGAAACAACTGCCAGAAGGCCCAGATACTCATACTTGCCTGACCAGTTCATTGTTTCCCTGTATTGGACAACCCACATGGGAAGCCAAATTATAATCAGAAGGTTGCTTGGTAAGCAAGGAATTGGAGCAAAAGACGTTTTCTAATTTGAATGTTTAATGGCATCAAGCAAAGATAGCCTGATTCGTTCATCTTCACATAGAGATAACCCTGCCATAGATGGTAATCCTCAGAATCCGTTGACAGAGACACTGTCTCCAGGACAGTGCTTGAATTAGGCGTTTCTTCAGTTTTCTTATAAGATTGCTTCTTTATATTTCCATTTCTTTTTAGGATACATACATTCCTTCTCAAAAAGTTAGTATCT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Seq C2 exon
AATAACAAGCCTTTGTACTCATTTGAAGATAATTCAGACTATGTTTATGATGTTATGTGGTCACCCACTCACCCAGCCCTGTTTGCCTGTGTGGATGGCATGGGTAGGCTGGATTTGTGGAATCTCAATAATGATACAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000002646:ENSBTAT00000003429:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0040027=WD40=WD(100=85.7)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]