MmuINT0054185 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000027012 | Dync1i2
Description
dynein cytoplasmic 1 intermediate chain 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:107750]
Coordinates
chr2:71088899-71096281:+
Coord C1 exon
chr2:71088899-71089043
Coord A exon
chr2:71089044-71096140
Coord C2 exon
chr2:71096141-71096281
Length
7097 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATCT
5' ss Score
7.56
3' ss Seq
AATGATCTTTTCCTTTTCAGAAT
3' ss Score
11.32
Exon sequences
Seq C1 exon
CAAAGCTGGAATCAGTGAGATGTTTGAGGGACACCAGGGACCCATCACTGGAATCCACTGTCACGCGGCTGTTGGAGCAGTAGACTTCTCACATCTGTTTGTCACTTCGTCTTTTGACTGGACAGTTAAACTTTGGACAACTAAG
Seq A exon
GTATCTGAAACGCAGCATTCTGCTCATTTGGTCAATTTCCTGACACAAGGTGGTGCTCTAATGCTGCAGGGAAAGGCATGGTCTTAAATCCTAGATGGCTTGGAGTTGCTTTGCAGTAAGCAGAACCCAGTAAGTAGTCACACAGTGTGACAAATACGATGACCCCACAAACAGTTGAAGAGTAGGCTTCCTCCCACCTCAGGCTTCTCAAGCAAAGATCTGTTTACTCTGAATTGTGTTGGGGAGAAGGCCCTGGTATCCCCTATACTCCCTCATATAATTTTATCCAGCTTCACACAAAAGCCATTCATTTGCTCTGTGGAGAGCTATGAGACTTAATTCAGGACTGCAGTGGCTCACAGAGGTGATGGGAAATAGAGAAAAGACCGAGACCATTCACAGTAAGTCCTGTACAGGACTACACAGTAAACTTGAATCACTAAGAAATCATTGTGAAGGCACACCTGTGTGTTGTCTTAGTGTAGTATAGCTAGCTTGCTTTATTGAAGCTTAGTAAACTGGTTACTTAGTGATGAAAGTGTTCCCTGTTCCTCCAGTAATCCCAGTGAGTGTGGCTTGGCTTGGCCAGTGACAGTCTCAAAGACAGAGCTTAGGGAGCGTGACCTCTGTGACAGACTTTGTCATTTTGCTTGACCTTATTTAATATTTAATTTTAACTTACTTGCTTTCCAGTTCTTCTGCACGATCATAGTGTGGCTAGTAAAACTGCACACTCAGTGTACCCTAGTCTAGGTAAGCTGTGCTGTAGGCCGTGTCTTTCTTGTCAATCTACTTTATCTTAATGTTGACTTCTTGAATCCTTCACCATGAAACAAAGTTTAGAGACATGCTGTGGTTCTTGAAGATCTTTGAGAAAATCTAGTATTGTTAAGAGATGCTCTCTACTGTAGTGAGCTGGTTGTGTGCTTACTAAGTTCCGGCCTCAGCATCCAGAGGTTACTCCATGTTCACTCTTGTCCTGTCTTGGGCCCCACTCTCAGCCTAACATGAAATGATTTAGAAAACAGCCTCACAGAGCTTGCCCTCTAAAATTGAGCATTTTCAGCTTTGACATTAACAGACACAAAAATAGCACTTAAGTCTATGAAGGAAATATCTAGAAAAGTGCCTGACACACTGTCCAGCACGCAGCAGGCGTCATTCTAATTGGGTCAGAGCCTAAGTGCATTTAATCATTCTTCTCATTCATCCTTGGATCTTACACGGGAGAAAGGGGAGAGAAAAAGGAGTCTCACAGCCAGGAGCAAAGACAAGCATGATCTACATCTGTATATATGGGAAAATATACACTCTACTCGTAAGCAAAGCAAGATGCAGAATCACAAAGATAAAATCTACCATTTCCACAGAGGCTTCAAATAGCCATATAAGTTGCAAGATTTCTGGGTGTGTTTTCTCATGTATTAGCCCTATGAGAGTCAAGACACATTCTTGTCTAGCTTCCTTCCTATTTTGGCTATTTGGTGACTGAGTGGTTGATTTTTAAATGTCAGACATTCAGTTTGCAGCGTCATTTAAATTTGAATATGCATTAGTAGGATTTGAGAATGAAGAGCTCATCTTGCCTGTGATGGCAGACTGATGGGCATTTGGTTTTGTGGTTCTATATAGATGCTTTATTAATAGTTTATGTTTTTGTTTTCTCTGTTTCAACATAGAAGTTGCTTTTATTTATTTGTGTTTTTGTGTGTGATGTATGTATTGTGCATGTGTGTGAATGCAGGTGTGCTTGTGCCAAAGTGCACAAGGACAAGTCACAAGACAACTCCAGGGCTAGTTTCTTCTGCTACCTTGCCAGACAGACTATGGCGTTTTGATCATCAGGCCTATGCTCGGGCACCTCTTTCCCCTCAGCCATTTCCCCTGCCCCAGAAGAGAGTTGAGCAAGAGCGATAGGCAGGCATCTCTCTTTTCCTCACTAATTCAGTTTTGTTGTTTCTTTTATTCACTCTCAAATATGATACATACTCTCCCCTGCCCCTAACACCCTTCCTTGTGGCCAAAGGATGAGCCACTATAGAGTAGTATATTTTTACATTATATATGACCAAGAACCCCCTAAAATATTAACAGAATTGCATTAGCCTATCTTGTTTTTATATAGTTTAGTGATAGTACACTTGTCTACTGTGTATGAGGTCCTGAGTTCAACCCCAACTCCGGAAACAAACAAACCAAAAGACTAAGGATTACTATCTATTAGTTTGTCCTTTCTGCAAACAGTTCTGTTCTGAGTGGTCAAGCAGCAATGTGTGCTAGGTAAATGTGTGTGTGTGTGTATGTACATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTATATATTTATATGTATGTGTGTGTGTGTGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAGCTACACTTGTGTCCTTAGCGTCAGCTGATTCAGACTAAACATATGCTTCCTAGTTTAGGTGTTGTTGTGTATCTACCCTTTTAAATAATTGGATTGAGGCCCTGCCTGTGCTGAATAGTGAGCAACGCTAACATTAAATAGGGTTAAAAGACATTCCCATTGCTTAGAGAAAGAAGTGTTCCCTGGGCGATGGTGGTGCATCTCTAATCGAGACTCTGGAGGCAGAGGAGGGAGGATCTCTGTGAGTTCAAGGCCATTCTGGTTTACAGAGCAAGTTCCGGGACAGCCAGGTTTACACAGAGAAACCTAGTTTCAGGGGGAAAAAGGAAAGAAATGTTCACATAGTAGACAAGTTAAAATGAACATATGGTTTGAAACTGAGGGAATGTCTGAGGGAAAGCTGGCTGATGCTGCAGACCCAGTTCCGCCTGGTGGCACTTACCACAGCAGTTGCTACAGGCCAGTGTCTAGCCTCCTTTGCATATTTAGAAACTCAATTTTGTCAGCTCCTGGCATTGATTAGATGGGGGAATGCTGAATGTAACTAACAGGCTCCTAAGACACTGGTACATTGGAGAATGTCAATTTATTAATTTACAGTCAGAAACTTAACTGCCAGAAGGGCCCAGATATTCCTGCTGGCCTGGCCAGCTCATTGTTTCTCTGTAGACTACCCACATGGGAAGCCAAATTATAATCAGAAGATTGCTTGGTGAGCAAGGAATTAGAACAGAAGGAGTTTTATCATTTGAATATTCAGTGGCATCAAGCTAAGATAGCTTGATTCATTGATCTTCAAGTAAAGATAGCCTTGCCATGGGGTAGTTGATTCTCACAGTCTGTTGTGTGAGACTCCCTCTCTCCTGGACAGTGCTGAAGTGGTACTATCTTCATTTGCTTTGTAAGACTAGTTTTCATTAGTTTTAATAGATATACTCTGCAAAGATTATCTTAATCAGGTGATATGTGAAGTTATTTTTGACCTTGGACTGATTTATAATTGAGTGTGTGTGTTTACATGTTAGTGTTTACATGTGTGTGTTTACATGTGGGGGTATGTGCAGCAGATTGGGGCAGAAGCATGGGATCCCTGGAGCAGGAAGTTTGCTGGATGTGGGTGTTGACCTCAGCAAGGGCAATACGTGCTCTTAACCCCTGAGCCGTCTTTCCAGCCCTGTAAAGATTTCTTTTCAGGAAACTTGTTTATTTCTCTTATCATCCAAATTGACTGTGGAGACTCTGGTCTAGAACTTCCCAATCACCCCAGCTTTGAAAACAATTCTCTGTATCAGGTTATTATTGCTGCTGTAGCTGTTTATCACAGAGCAGCTTGAAATGGCAGGAATTTGTTATCAGTTTAGGAGGCTGCTTAGCATTGGAGCATCTGAGAATTTGTTCCTTGTTTGTCATCTAGCATCTGGTGAGTGCCCGGAATCCTTAGTGTTCTTTGGCCTGCAGCTGTAATCACTGAGGTCTCTGCCTTTGTCAGGAGCACGTGACGTTCTGAACCTGTTTGCTTCATTAGATCTACATCCACATTTGCACTACTCCACCCTGATACAGTGTAACCCGTGTAACTTGGTTACATTTACAAGTCCTAGACAGACATGAATTTAAGGGCAGCATGTTCCACCAAGTACAGACCTTGGACTTAGGAAACACAGTGTGGCCTGTCCCTTGACCATGCAGTGTTTGCTGTTACAGCAGAATCAAATGGTTGTTCTGTTTATTCAAATGCTAGCTGTTTTTCACAGAAGCCCTTTGTCTTGATTTCTTTTTGGCAAATGATTTTGCAGGTTGTTTGTAAGAGTAAAAGACCTATAGCATTATATGGCTTAGAGGTTGCTCTCATTCTTGGTCATGGACAGGAGCAGCTTTTTAAGACTTTGAAGTATTTCCTGATACCCAGACCATTGAAATCAGACCCCATGAGAGAGACCCTCACAACACTTAAAGTTTTTTTAGGCAGCCCCAACATACAGTCAAGCTTCACAACCACCAATTTGAAGCCTTTGCTATGCGTGACTCGTCTGAAAGCCTGAAGCTGGCTGCTGGCTGGACTGGAGCAGCAGGCTGGGTCCCTCCCATCCCTCTCCAGCTCTCCCTGCGGCCTCCGTGCTATTTAGGCAGAAGTGCTCTTCAAAGTAAAGGAAGATAGCACTTTTAAAAAGATAGTTAAAATGTTCCACTTGGGATTTTAATTTGTAGTATTATATACTAAATGACTGTACTATGAAATATTATTTGATGTTAAATATGTGCATTTTCTCAGTGGGGTAAAACTCTGGCTAATCCTTAGATAACTATGTTTTTTTTTTCCAATTAAGCTAAAGAAAAGAGTTTTAAAATAGTCACATTTTAAATTGAAAGACTTTTTTTTTTGCTTTTCTTTTACATACTTTTAAAAATTGTTATCTTTTCAAAAGGGGTGCTGTGGGGTACATGCCTTTAATCCCAGCACTTGGCAGGCAGAAGCAGGCAGATTCTGAGTTTGAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACTCTGTCTTGAAAAAAACAAAAAACATTTTTTAAAATAAAAAATTGTAATCTTTTA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Seq C2 exon
AATAACAAGCCTTTGTACTCATTTGAAGATAATTCAGACTATGTCTATGATGTTATGTGGTCACCCACCCACCCAGCCCTGTTTGCCTGTGTGGACGGCATGGGGAGACTGGATCTATGGAATCTCAACAATGACACAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000027012-Dync1i2:NM_010064:13
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0040027=WD40=WD(100=85.7)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: