RnoINT0052074 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000009781 | Dync1i2
Description
dynein cytoplasmic 1 intermediate chain 2 [Source:RGD Symbol;Acc:620174]
Coordinates
chr3:57854798-57864396:+
Coord C1 exon
chr3:57854798-57854942
Coord A exon
chr3:57854943-57864255
Coord C2 exon
chr3:57864256-57864396
Length
9313 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACCT
5' ss Score
8.49
3' ss Seq
AATTAACTTTTCCTTTTCAGAAT
3' ss Score
10.01
Exon sequences
Seq C1 exon
CAAAGCCGGAATCAGTGAGATGTTTGAGGGACACCAGGGACCCATCACGGGAATCCACTGTCACGCAGCTGTTGGCGCAGTAGACTTCTCACATCTGTTCGTCACTTCGTCTTTTGACTGGACAGTAAAACTTTGGACAACTAAG
Seq A exon
GTACCTGAAACACAACATTCTGCTCATTTGGTCAGTTTCCTGACACAAGGTGGTGCTCTAATACTGCAGGGAAAGACTTGGCTTAGGTCTTAGCCAGATTGGAGTTGTTTCCCAGTCAGTAGGACCCAGTGTAACAAATATGATGGCCCCACAAACAGTTGAAGAATAGGCTTCCTCCCACTTCAGGCTTCTCAAGCAAAGATCTGTTTACTCTGAATTGTGTTGGGGAGAAGGCCCTGGTATTCCCTATACTCCCTCATATAATTTCATCCAGCTCCACACAAAAGCCATTCATTTGCTCTGTGGAGAGCTAAGAGACTTAATTCAGGACTGCAGTGGTTCATAGAGGTGATGAGAAATAGAAGACAGAAACCATTTGCAGGAAGTCCTATACAATGAGACTACACAATAAACTTGAGTCATTAAATCATTGTGAAGGTACATGTGTGTTTGATTTTTTAGTGTAGTATAACTAACTTTGTTTATTGAAGCTTAGTAAACTGGTTACTTTGAAATAGGTACTTAATGATGAAAGTGTTTCCTGTTTGTGTTTCCTGTTCCTCCAGTAATTCCAGTGAGTGTAGCTTGGCTTGGCCAGTGACAGTCTCAAAGACAGAGCTTAGGGAGCATGTGATAGACTCTGTCATTTTGCTTGGCCTTATTTATATTTAATTTTAACTTGCTTGCTTTCAGGCCCTTCTGCACAACCGTAAGTTGCTAGTAAAACTGCACATTCAGTGTATCCTAGTCTATGTGAGCTGTGTTGAAAACCTGATTTTTCTTGTCAATCTTCTTTATCTTAATGTTGACTTTTTGACTCCTTCACCATGGAACAAAGTTTAGAGACGTGCTGTGGTTCTTGAAGATCTTTTAGAAAATCTAGTATCTAGCATCTTAAGAGATGCTGTCTGCGGGGCTGGGGATTTAGCTCAGTGGTAGAGCGCTTACCTAGGAAGCACAAGGCCCTGGGTTCGGTCCCCAGCTCCGAAAAAAAGAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGATGCTGTCTGCTATAGTGAGCTCCTGGTTGTGTGCTTACTACGTTCTGGCCTCAGCATCCAGAGTACACTCGCTGTTCACTCTTGTCCTGTCTTGGGCCCCACTCTCCGCCTAACATAGAATGGTTCAGAAAACAGCCTTGCAGAGCTTGCCCTCTAAAATTGAGCATTTCAGCTTTGACATTAACAGACACAAAAATAGCACTTAAGTCTATGAAGGAGCTCTCTAGGAAGTGGCTAACACACTGTCCAGCACATAAGCGCATCTAATTAGTCTTCTCATCCATCCTTGGATCTTACAGTAGAGAACAGGTAGAGAAGAGTCTCGTAGCCATGAGCAAGACAAGCGTGATCTACAACTTATATATGGGAAAATATACACTCTGCTAGTAAACAAGGCAAGACACAGAATTACAAAGATAAAATCTACCATTTCCACACAGGCTTCAAAGATCCAGACAAGTTGTAAGATTTCTGGGTGTACTTTCTCATGCACTAGCCCTGTTGGTGTCAAGAGAGACATTGTATTTTTGACACATTCTTGGCCAGCTTCTTTCCTATTTTGGCTATTTGGTGACTGACTGAGTGGTTGATTTTTAAATATCAGATTTTCAGTTTGCCAGCGTCCTTTAAATTTGAGTATACATTGGCAGGATGTGAAAATGAAGAGCCTGCCTTGTCTCCTGGAGAGTGAGCTCGCCTGTGAGAGCAGACCGATGGCTTCTAGGTGACACTTCATTAATGGCTCATATTTTAGTTTCTCTGCTTCAACATAGAAGTTGGTTTTATTTATTTGTATTTGTATGTGATATATATATTGTGTATGTGTGTGAATGCAGCTGTGCTTGTGCCAAAGTGCACAAGTACAAGTCTCAGGACAACTCCAGGGTTAATTTCTTCTGCTACTTACCAGATAGAGGGTAGAATTCGGATCATCAGGCCTGTGCTCGGCACCTCTGTCCACACAGCCATCTTCCTGTTCCCAAAGAGATTTGGGTAAGAATGATAGGAAGGCATCTCTCTTTTTCTCTCTAATTAAGTTTGGTTATTTCTTTTATTTACTCTCAAATATGATACATATCTCTCCCTGCCAACACCCTTCCTGGTGGCCAAAGGATGAGCCAGTATAGAATAATATATTTTTATATCATATATGACCAAGAACCCCCTAAAATATTAACATAATTGTCTTGGCCTATGTTGTTTTTATATAGTTTAGTGATAGTACTCTTGTCTACTGTGTATGAGGTCCTGGGTTCAATCCCAGCTCAGGAAGAAAAGTAAAGACTAAGAATTACTATCTGTTAGTTTATCCTTCAGCGAACAGTTCCGTTCTGCAATGGTCAAGCAGCCACATCTGCTAGGTGAATTTCTATCTATGGCCACACTGTGCACTCAGAGTCAACTGATTCAGACTTGAACTTCTGCCTCCTAGTTTAGTTGTTGCTATGTATCTACCTTTTAAGTAATTAGATTGAGGTCCTGCTTGTGCTGAATAATGAGTAGTATACGTACTCATTGATAATGAATGCTAATCAATAACCAGACAACGTCTTAAAATTGTGTTAACAATATTATTCCAATTCTATTGAAGCTTTTATTTTTAATTTTTTTAGCTTTATTTATTTTACATGTGTGAGTGTTTTGTCTGTATGGATGTCTGTGGACTACATACAGGCCCAGTGCTCTCAGAGGCCAGAAGAGGACACCAGACCCCCTGGAACTAAAGTTACAAATGGTTTTGAGCCACCATATGAATACTGGCAATTAAACCTAGGTCCTCTACCAAAGCAGCCTGTACTCTAAATTACACAACCATCTCCTCAGGTCCCCGTTTGAAGCTTGTAAAACACTTGCTCACATTTATACATTTAACAGACATGTGAATAGGCCTTGTTTCTCCACCTCTCCTTTTTAAGTGCTCTCCTGCCTTAGGAGCTGAACCCCTATTAACTGGAAGAATGAGTCATTGGATGCTGCCATATCTCTGTGTTTGTTAAGATCTGAATGAGACATCTTCCGCTTACTGTCTGTGTGAGTTTTGTAAGAGTGGGGTGCGGAGACTGCAGTCTGGCACTGCTCACATGCACTCACACGTACCCTAAAACAGTCACGAGTGTGAAGCTCTCTAATCCCAGCCTCATGGTTCCAGTTCACAGACTGCTCTGGGTACTTTCTGACTTAAGCTATTCGCAGTGTCAGAAACACAGAAGTAAATGATGACTGTCCCCGTATTGCTGAACTTGGTGTTATTGCTGCTTTGTTTTGATTTTGAAACAAGGTAGCCCTGACAGTCCTGGAACTCAGCAGCCAGACCAAGCCGTCCTCAGACTCAGAGAGCTCTGCTGGCTTCTCCCTCCCGGCACTGGCATTAAAGATGTGAGCCGCCATGCCTAGCCCTTTCACATTAGTGAGCATCAACAAGCTGCTTCTGTAATAGTTAGAAGACAGTTGAAATCTCAGGACACTAAACCGTAGAAGCAGATCCGTGAGTCTGGAAACAGCAGGGAGAATGCATGAGTAGTGACAGTTTCTTCAGGGTAGCTGGAAGATCAGGATTTGAGGTCTAACCGGTCATCAGCTGATGGTCCCGGCACATCTCACCAGACTGTCCTAGGTCTAGTCTGAAGCATTGCTAGGCGATGGCGTCTTACTGTGTGCAGTGTATATTCTGGTTTCACAACCGTTTTCACTACGAGGTGGCAGGGTCAGCATTGTTAATAGGGACATTCTGTAGAGTCATTTTTAGGTTTTGTGTAATCCACTTGCAACTTAAAATTTTCACAGTGCAATGTTTCAGTGGCCATCTTTAATCTGGTAGTGTGCCTGCTTAGTTCAAGCATCTATAGCATTAAACAGGGTTGGTTAGAGAAAGAAATGCTCCCTGGATGATGGTGTACGTCTTTTAATCAGGACTCTGGAGGCAGAGAAGGGAGGTCTCTGTGAGTTCAAAGCCAGTCTGGCCTACAGAGTGAATTCTGGGGCAGCCAGGGCCACACAGAGAATGTTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAGAGAGAAATGTTCGCATAGTAGACAAGTTAAAATGAAAACTCGATTTGAAACGGAGGGAAGGTCTGAGGGAAGGCAGGCTGGTGCTGCAGGCCCAGTTCCACCTGGGGGCACTACGCAGTAGTTGCTACGGCCAGTGTCTCGCCTCCTTTGCATATTTAGAAACTCAATTTTGTCAGCTACTGGAATTGATTAGATGGGGGAATGCTGAATGTAACTAACAGGCTCCTAAGACACTGGTACATTGGAGAATGTCAATTTATTAATTTATAGTCAGAAACTTAACTGCCAGAAGGGCCCAGATAGTCCTGCTGGCCTGACCAGCTCATTGTTTCTCTGTAGACTACCCACATGGGAAGCCAAATTATAATCAGAAGATTGCTTGGTGAGCAAGGAATTAGAACAAAAGGAGTTTTATCATTTGAATATTCAGTGGCATCAAGCTAAGATAGCTTGATTCATTCATCTTCAAGTAAAGATAGCCGTGCCATGGGGTAGTTGATTCTCAATCTGTTGTGTGTGACTCCCTCTCTCCTGGGCGGTGCTGAAGTGGTGCTGTCTTCATTTGCCTTGTAAGACTCGTTCTCACTAATACACTCTGCAAAGATTGTCTTAATCAGGTAATATGGGAAGTTATTCCTGACCTTGGGATGATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTATAAGAGAGTATGTGTGTGAGAGAGTGTGTGTAAGAGAGAGAGTATGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAATGTGTGTATATGAGAGTGTGTGTGTGAGAGAGTGTGTGTGAGAGAGTGTGTGTAAGAGAGAGTGTGTTTGTGTGAGAGAGAGAGAGAATGTGTGTATATGAGAGTGTGTGTGTGAGAGAGTGTGTGTGTGAGAGAGAATGTGTGTGTATGAGAGTGTGTGTGTAAGAGAGAGAATGTATATGAGAGTGTGTGTGTGAGAGAGTGTGTGTGAGAGAGAGTATGTGTGTGTGTGAGAGAAAGAGAATGTGTGTGTATGAGTGTGTGTGTGAGAGAGTGTGTGTGTGAGAGAGAATGTGTGTGTATGAGAGTGTATGTGTAAGAGAGAGAATGTATGAGTGTGTGTGTGAGAGAGTGTGTGTGAGAGAGAGTATGTGTGTGTGTGTGAGAGAATGTGTGTGTATGAGTGTGTGTGAGAGAGAGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGTATGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAATGTGTGTGTATGAGTGTGTGTGAGAGAGAGAGTGTGTATGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGCGCATGTGTGTGTGTGAGGAGAGAGAGTGTGTGTGTGTGTTTACTTGTGGGTATGTGTGCAGAAGCATGGGATCCCTGGTGTAGGAAGGGTATTGTCCTCGGCAAGGGCAGTACATGCTCTTAACCCCTGCGCCTTCTCCAGCCCTGGAATTTCTTTTCAGGGAAACTTGTTTATTTCTCTTATCATCCAGATTGAGGGCATAGTTATTTCTAGTTCCCTGTGAATCCTGGTGTCTTGACTGTGGAGACTCTTGTTATTAGTCTAGAACGTCCCAGTTCGCCCAGCTTTGCAGACAACTGTCTGTATCAGGTTAGTGTTGGTGCTGTAGCAGCTTCTCACAGAGCGGCTTGAAATGACAGGAAGTTGTCAGCTTAGGTGGCTGCTTAGCATCGGGAGTCTGAGAAAGTGTTCCATGCTTGTCTCCTAGCACCTAGGGAGTGGCAGGAATCCTTACTGTTCTTTGGCCTCAGCTGTGTTCGCTGCAGTCCCTGCCTTTGTCATGAGCATGTGACGTTCTGAACCCATTTGCTTCGTTAGGTCTCTGCATCCACATTCTCACTGTTTAAGAATGCAGGTCATAGCAGCTGTAGCCAACCTGATCACTATAACCTGTGCAACTTGGTTACGTTTACAAGTACTAGACAGACATGAATTTTAGGGTAGCATTCCACCCAGTGCATACCTTGAGCTTAGAAAGAACAGCATGGTCTGTCCCTTGGCCACGCAGTGCTCATTGCTACAGCAGAACCAAATGGTTGTTCTGTCTATTCAAATGCTAGCTGTTCTTCACAGAAGCCCTTCGTCTTGATTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGCGCTTGCTAGGCAAGCGCTCTACCACTGAGCCAAATCCCCAACCCCTTGATTTCTTTTTGGCAAATGTTTTTGCAGGTTGTTTGTAAGAGTAAGAGCCCAATCTATTATGCATTATATGGGTTAGAGGTTCTCGTTCTTGGTCATCTGTGAAGCAGCCTTTTAGACTTTTAAGTTCTTCCTGATACCCAGACTATTGAAATCAGACCTCATGAGAGAGACCCTCACAACACTATACTGAAAGTTTTTTTAAGGTGGCCCCAACGAACGGTCAAGCTTCGCAACCACCAATTTGAAGCCTTTGTTTTATATACAAGGAAACAGGCTTAAAGAGAATGAGTGAGTTGTCTGAAAGCCTAAAGCTGGTTGCTGGCTGGACTGAAACAGCAGGCTGGGTCCCATCCCTCCCCAGCGCTCCCTGCTGCCTCAGTGCCATTTAGGCAGAAGTGCTCTTCAAAGTAAAGGAAGACAGCACTTTAAAAAGATAGTTAAAATGTCCTACTTGGGATTTTAATTTGTAGTATTATATATTAAATTACTGCACTATGAAACATTATTTGATGTTAAATATGTATATTTTCTCAGTGGGGTAAAACTCTGGCTAATCCTTAGATAACTATGTGTTTTTTCCAGTTAGGTTAGAGAAAAGTTTTAAAATAGTCACATTTTAAATCGAAAGACATTTTGCTTCCTTTTACATAATTTTAAAAATTGTGATCTTTTCAGCTAGGGGGGTGGTAGCACACACCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTCTGAGTTTCCCAGCCTGGTCTACAGAGAAAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACTTATTCTTGAAAAATCAGTTTTTAAAATAAAAAATTGTAATATTTTATCCACGCTACATAGCAGTCATATCCACTGACTAGATTAAATATTTGATCTAACCATTTCCTGAGATAGTTAACAATCTTCTTTTCATTTTAAATGTTTTAATTAATTTTCATATTGCTTTTTAAATAACTCGTGGTTTATAAGAAGGAGTATGTACTCATTCTGGCTTGCTGACCTTTGTTACTGTGAGTCTCATGCACCCGAGTGTAGTTCCAGGTCATTCTCCGGCCATGGAAATAAAACAGTTCATGTGTCTATTCTGCTGACAAAGTGTGGGTGACTTCAGTTTCACTTGGAGAAGATACTGTCTTTCTCTCCCTTTAGTTTTTTGTGTCTTGCTGTGAAGCCCAGGCCGCCCTCAAACTTACGATCATTCCAGATACTGGGATTACAGGAGTAGCCCATGGTGCCAGGTCATAGTTGTCCTTTGGTGGCCATGAGCAGTCAGTTCTGAGTGAGCACACACTTAGCATGGACTGGCGTGGTCAGAGGACATGTGTAGGTGTCCAGCTTGAAGAGATAGCACCTGGCAATTCCAAAAGAGTCTGCCAGTTCCTGATGCACGAGGAGGGTATGTGTGGGTCTGCTTGCTCTGCACCTTGTCCCTACTTAGAGTTTCTGGTGTTTTCCCTTTTAACCTTCCAGTGGGTGAAGTGACATTGCCAGGTGTTTTCATGTGCAGCGTGGTGATTAAGCAGCCTTCATGACATTATTGCCCATTTTGTGAAATGTTCATGACTTTGCCCATTTTTGCAGGACTTGGCTTGAACTCAGAGTCTAGCACATGCCGGGCAGTTGTTCTACCATGGAGCTATGCCCAGCATGTAGACCATCACATTTTTGTTCCCTCCAGCGTGGACACTAACTCTAGTGCCTCCAGAATGCTAGGCAAGTGCTATGCCTCTGAGCCGCTCCCCAGTCCCCAGCACCACATTCTGATTGAATATAGGAATATGACTGTTAGCAACTTTGTTTTAGGTTTTCAGTGATAGACCTTAAAACTGCCTGTAGGGGTTGGGGATTTAGCTCAGTGGTAGAGCGCTTGCCTAGGAAGCGCAAGGCCCTGGGTTCGGTCCCCAGCTCTGAAAAAAAGAACTAAGGAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTGCCTGGAAATGGGGTGTCTAAAGTACTGTCACAGTAGTCAAAGCTTTTAGAATCATTAGTGTGCCGGAAATACGAGTGAGTTACCCTCTGGGGTGGCTTTACAAAGCTCACGGGTGATTGTAAACACCTTTCGGGGGAGGCGGTCTGTGTCGCTATTCTCTTAACAGTGACTTTGAAAGAAAAGAACTACCCTTGTCTCTGTTTGGCTTAGTTTTTTTGTTTTTGTTTTTTAATTTTTTGTTAATTTGCAGGGGGTATTAGGTTTTGTTTTTATGTTTTGTTTTTAGTTAAGCATTATGGGCTACTGCAATAACCATGATATTGACATTAACTATCATACCTTTTTTCTAAAATCGGGCTGGTAAGATAGATGGCTTAACAGGTAAAGGTGTTTTCCACCAAGACCGACGACCTGAGTTCAAGCCCGAGACCCACATGGTAGATCAAGAGCCGCCTCCCACGGGTTGTCCTCCACCTTCCAGCTGCTCCCGCACTCAAGTCTGCCAGCTTAGAGTGTGTGAGACCCAGACGAGAGCAGGAGACCTATAGCGCTCAGTGTACATGGAGAGATGCGGAACTCCTCTGGTTTCTGCTGTTCTCAGACTGCTCCACATCACAGTGCCAAGCGAGCGTCTGCGTGCACTGTGGCCGTCAGTCTCTTCTCACACAGATGCTGACACTCTGGGTCTTACAACCTGCAGAGCCTGGCTCGCCCGGCTTACCGCTGACGTCTCTCATTTTTGCTGGAGACACTGTGAGACTTTGCTTTGGCTCTCTAGTTGCTTTACCTGCTTCCATAGGGAGATTTCCAGGCGATTCAAGAAGACCGGTGCCTCTGCTGTCGTTGTTCAGGGACTGTTCACTGACATGTGTTCTGAGGCTTATTTTATTCCTTTCTCAAAGGTAGCATCACTGCTACTGGTTAAGAGGAAGGTGCTACCCAGTACTTAGTTCGCAGTGAGAGAGGGAGACAGTCTAGGCTGAGCTGGTGTCAGACTGCCTTAGGATCTCTGGCGTGTGTCGGGGACGAGTGGGGAAGGATTTCTGTGCGTCTCCTATGCTGACTGTGCTAAAAATTAACTTTTCCTTTTCAG
Seq C2 exon
AATAACAAGCCTTTGTACTCATTTGAAGATAATTCAGACTATGTCTATGATGTTATGTGGTCACCCACCCACCCAGCCCTGTTTGCCTGTGTGGATGGCATGGGGAGACTGGATCTATGGAATCTCAACAATGACACAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000009781:ENSRNOT00000013400:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0040027=WD40=WD(100=85.7)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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INCLUSION PATTERN[edit]