HsaINT0056480 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000138185 | ENTPD1
Description
ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:3363]
Coordinates
chr10:97582994-97599565:+
Coord C1 exon
chr10:97582994-97583121
Coord A exon
chr10:97583122-97599447
Coord C2 exon
chr10:97599448-97599565
Length
16326 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
TTGGTCTGTGTTGCTTTCAGTAT
3' ss Score
8.31
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TATGGGATTGTGCTGGATGCGGGTTCTTCTCACACAAGTTTATACATCTATAAGTGGCCAGCAGAAAAGGAGAATGACACAGGCGTGGTGCATCAAGTAGAAGAATGCAGGGTTAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000138185-ENTPD1:NM_001776:2
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.025
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0115012=GDA1_CD39=PU(1.9=18.6)
A:
NA
C2:
PF0115012=GDA1_CD39=FE(12.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)