HsaINT0056480 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000138185 | ENTPD1
Description
ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3363]
Coordinates
chr10:95823238-95839808:+
Coord C1 exon
chr10:95823238-95823364
Coord A exon
chr10:95823365-95839690
Coord C2 exon
chr10:95839691-95839808
Length
16326 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
TTGGTCTGTGTTGCTTTCAGTAT
3' ss Score
8.31
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TATGGGATTGTGCTGGATGCGGGTTCTTCTCACACAAGTTTATACATCTATAAGTGGCCAGCAGAAAAGGAGAATGACACAGGCGTGGTGCATCAAGTAGAAGAATGCAGGGTTAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000138185:ENST00000490659:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.003 A=NA C2=0.022
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0115012=GDA1_CD39=PU(13.6=18.6)
A:
NA
C2:
PF0115012=GDA1_CD39=FE(16.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development