Special

HsaINT0056480 @ hg38

Intron Retention

Gene
ENSG00000138185 | ENTPD1
Description
ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3363]
Coordinates
chr10:95823238-95839808:+
Coord C1 exon
chr10:95823238-95823364
Coord A exon
chr10:95823365-95839690
Coord C2 exon
chr10:95839691-95839808
Length
16326 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
TTGGTCTGTGTTGCTTTCAGTAT
3' ss Score
8.31
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TATGGGATTGTGCTGGATGCGGGTTCTTCTCACACAAGTTTATACATCTATAAGTGGCCAGCAGAAAAGGAGAATGACACAGGCGTGGTGCATCAAGTAGAAGAATGCAGGGTTAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000138185:ENST00000490659:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.003 A=NA C2=0.022
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0115012=GDA1_CD39=PU(13.6=18.6)
A:
NA
C2:
PF0115012=GDA1_CD39=FE(16.5=100)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development