HsaINT0056486 @ hg38
Intron Retention
Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr10:95864724-95911359:+
Coord C1 exon
chr10:95864724-95864861
Coord A exon
chr10:95864862-95911300
Coord C2 exon
chr10:95911301-95911359
Length
46439 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATT
5' ss Score
8.83
3' ss Seq
AATATTTCTTATTTATTTAGAAA
3' ss Score
6.26
Exon sequences
Seq C1 exon
ATAAAAACATCTTACGCTGGAGTAAAGGAGAAGTACCTGAGTGAATACTGCTTTTCTGGTACCTACATTCTCTCCCTCCTTCTGCAAGGCTATCATTTCACAGCTGATTCCTGGGAGCACATCCATTTCATTGGCAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AAAGTTGAAATAAAAGGACCATCATGAAAAAATCTCAAAGAGAAGATATTTTTAAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000270099:ENST00000491114:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NA
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0115012=GDA1_CD39=FE(73.0=100)
A:
NA
C2:
PF0115012=GDA1_CD39=PD(7.9=50.0)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development