HsaINT0056486 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000138185 | ENTPD1
Description
ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:3363]
Coordinates
chr10:97624481-97637023:+
Coord C1 exon
chr10:97624481-97624618
Coord A exon
chr10:97624619-97625933
Coord C2 exon
chr10:97625934-97637023
Length
1315 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATT
5' ss Score
8.83
3' ss Seq
ACTTTCCCCACTGTTTGCAGATC
3' ss Score
9.83
Exon sequences
Seq C1 exon
ATAAAAACATCTTACGCTGGAGTAAAGGAGAAGTACCTGAGTGAATACTGCTTTTCTGGTACCTACATTCTCTCCCTCCTTCTGCAAGGCTATCATTTCACAGCTGATTCCTGGGAGCACATCCATTTCATTGGCAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000138185-ENTPD1:NM_001776:9
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0115012=GDA1_CD39=FE(10.4=100)
A:
NA
C2:
PF0115012=GDA1_CD39=PD(6.5=40.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
ACATTCTCTCCCTCCTTCTGCA
R:
GAGGAAAATGCTCCCTGGACG
Band lengths:
344-1659
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)