HsaINT0062406 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000166147 | FBN1
Description
fibrillin 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:3603]
Coordinates
chr15:48892336-48903023:-
Coord C1 exon
chr15:48902925-48903023
Coord A exon
chr15:48892432-48902924
Coord C2 exon
chr15:48892336-48892431
Length
10493 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCAGTAAGT
5' ss Score
9.09
3' ss Seq
TCTTCTTCTTTTTTTTCAAGTAC
3' ss Score
7.13
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TACAACACTGCAATATTCGCTGTATGAATGGAGGTAGCTGCAGTGACGATCACTGTCTATGCCAGAAAGGATACATAGGGACTCACTGTGGACAAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000166147-FBN1:NM_000138:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)