Special

HsaINT0071239 @ hg19

Intron Retention

Gene
ENSG00000148358 | GPR107
Description
G protein-coupled receptor 107 [Source:HGNC Symbol;Acc:17830]
Coordinates
chr9:132815985-132838028:+
Coord C1 exon
chr9:132815985-132816352
Coord A exon
chr9:132816353-132837914
Coord C2 exon
chr9:132837915-132838028
Length
21562 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAG
5' ss Score
9.06
3' ss Seq
ACCACTACAAATCTCTTTAGGAT
3' ss Score
7.02
Exon sequences
Seq C1 exon
TGGCTTCATCTCTAACTGAAAGTCTGCACAGGAGCGGCCGATCGAAGGGCCCCGAGGTGGGCAGCACAGGCTCCTCGACGACTTCCTAGGTCGCAATCTCCAGGAAAACGACCACAGGGTCAGCGGAGCTAGCCGCCGAGCCCCGCTCCCCGGGCCCTTCCGGCGGCTGCGCCCTTTCACCCCGGACGTGGGCGGGAGAGGAAGCGGCTGGTGATGCTGGAACAAACATGGCCGCTCTGGCGCCCGTCGGCTCCCCCGCCTCCCGCGGTCCTAGGCTGGCCGCGGGCCTCCGGCTGCTCCCAATGCTGGGTTTGCTGCAGTTGCTGGCCGAGCCTGGCCTGGGCCGCGTCCATCACCTGGCACTCAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GATGATGTGAGGCATAAAGTTCATCTGAACACCTTTGGCTTCTTCAAGGATGGGTACATGGTGGTGAATGTCAGTAGCCTCTCACTGAATGAGCCTGAAGACAAGGATGTGACT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000148358-GPR107:NM_001136557:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.003 A=NA C2=0.026
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development