HsaINT0071239 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000148358 | GPR107
Description
G protein-coupled receptor 107 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17830]
Coordinates
chr9:130053921-130075749:+
Coord C1 exon
chr9:130053921-130054073
Coord A exon
chr9:130054074-130075635
Coord C2 exon
chr9:130075636-130075749
Length
21562 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAG
5' ss Score
9.06
3' ss Seq
ACCACTACAAATCTCTTTAGGAT
3' ss Score
7.02
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTGGAACAAACATGGCCGCTCTGGCGCCCGTCGGCTCCCCCGCCTCCCGCGGTCCTAGGCTGGCCGCGGGCCTCCGGCTGCTCCCAATGCTGGGTTTGCTGCAGTTGCTGGCCGAGCCTGGCCTGGGCCGCGTCCATCACCTGGCACTCAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GATGATGTGAGGCATAAAGTTCATCTGAACACCTTTGGCTTCTTCAAGGATGGGTACATGGTGGTGAATGTCAGTAGCCTCTCACTGAATGAGCCTGAAGACAAGGATGTGACT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000148358:ENST00000493417:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.022
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development