RnoINT0066891 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000023589 | Gpr107
Description
G protein-coupled receptor 107 [Source:RGD Symbol;Acc:1305882]
Coordinates
chr3:10679745-10694649:-
Coord C1 exon
chr3:10694499-10694649
Coord A exon
chr3:10679868-10694498
Coord C2 exon
chr3:10679745-10679867
Length
14631 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGG
5' ss Score
6.6
3' ss Seq
ATCAACCCCAATCTCTGTAGGAT
3' ss Score
7.5
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAAGCAGCTGGTGATGCTGGAATAAATATGGCCGTCCGGGTACCCCTCGGCTGCACGGGCTCCTTCTGCCCGCGGCTGCTACCACTGCTGGCATTGTTGGAGCTGCTCGTCGACCCCAGCTTGGGCCGCGTCCATCACCTGGCGCTCAAA
Seq A exon
GTAAGGCCTGGCAGGCTGGGGGCAGGATCAGGGAGTGGCGACGGGGGCGCGGCCGCTGTCCGGGGCTGAGCCAACTTTAGCCCTGCGGGGTCTCTAAGTTCGGCCCTTGAGCTAAGGGGTCTGCGCTGCCCTGTGGGGATGGACTACGCCTTGCGGCCGCCTGGGATAGTCTGATCCCTGCGGGTTTGAGGTCGTAGGGAAGAGGTCCAGCCGCGGCCTAAATCTCCAAAGACCCGGAGGCCGCTCCTGCGATTCCCAGCTGGCCTCCCTGGATTCCACGTTGGTGACAACCTTCCCCACTCACCCTTTCATAAATGTAATTACGATTTCTCTTGTCCGCCTTCTCCGCCCTTCTGTGCTCCTTGATCTGGCGCGTTGAAGTTGTGCGGAATCCTAGCCTGTTTTTCCTGCTTGGTTTGGGATGCTCAATTGACTGACCAAAGCCAGGATTTTTTTTAGTAATTCAAATCTTGCTTGAAATACATGCCTTGATTTCAAGAAGAAAAAACAAGCCTGAGAATTTACTCATCGTTCAAAGTGTTTCTAAGTAATGGGCCTTTTTCTTTCTCCCTCTGTGGTCATTGCCTAAGGAAGACGTTTATGACAGGCCTGAGATGAACACCAAGAACCGCTATAGTAACTAACCCACAATATAAAGTTCTCTAAGACTTACACAGGATTGTCAGCCTGTTAATATACCTGGAGAACAGAAGATGACATCATTATGACTCAAAGCCTTGTACATATTCGTAATAGTCAATGTTCCAAGAAGTTGTGGATCTGGGCACAGCTGTCTTTTAAAAATACTTTCCATTAGGTGTGAAGAATAAAGTCTTGTAAATGTAGAGTTTAAAGGGTACAGACAGACTGTACTTGGGCATACTCGGGCTATCCGCTTTTGTTTGTAAATTAAGTTGATCTTGAGTGGAGTGGCTCTTACCCGCAAGACAGGTCAGTCTTGGCTCCTTATAAAATCCACTGAAAGCTGCAGGAGCTCTCCCCAGAGAAATGCTTCCTGAAGGCCACCCAGCTTTCTTGGCCTTCCTGTAGCTTCACAATCTTGGTACAGTTTATCAGTGTATCCAAGTTTGCAGGTTTATCACTCTGTGGCTGAGAACCCCTGATTTCTAAACTCTCCCATTTTGAGGTTTGCAGATTGTTTTTTATTGAGTATATAATTTAGCTGAGTTCATAAAGCTTAGGAATTAGAAACAAAATTTGCAACAGGACACACTGGGACCATCTCTCCTGGCTCCCTGTCCAACATTTCTAGTATTAAAGTGCCATGTGCCAGGTATCAATAGGCAAACGCTGGCAGTATTTATATTGGCCAGCCTGAGTAATGAGTATATTCCAACCTTCCAGACCAACCTTTTTATGTAGTAGTAGTAAACTTAGAGTAGTTCTGTGGTTGACCTCTCTCTTGCGTCAACCTAAGTTTAGTTCTGTGATTGATGTCTCTCCTGTGCCAAATGGCTTGATGGTTTTCTCTCTTGTAACATGTTCCCTGAGATTATCCTATAATTGGAACTAGAATCTTTTTTTCTTAGGCAGCCTTTATTTATTATCTTCCCGATCAGGTTAAAACCCAGGCTTGCAAGAACACGAAATGATCATCAAACGTCAGGAATGTGCATTGATTCTTTTTCAAAAGATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGGGGTCTCTTGGAGATGGAATAACAGCAGTTGTAAGCTCTCCCATGAGTGTGCCAGGAATTGATCTTGGGTCTTCTCAAGAGCCATACGTTCTCTTAACTGCTGAGCCATTTCTATAACATTGATCCTTGTGAACGTGCTTTAACATGGACACTTTCAAATGCACCAGAGTAGGTACAGTTGCATAATGAACTCCCATGTACCTGTCCTGTGCCTCAGTAGCCATTACCTACTAATCCTGCCTACTAACCCCACCCTGCTGAGGTTACTTCTCTGCAACTTTAGTTTTCTAAATTAAAAACAAAACAAAAACAACAAAAAAGAAACTTTTATTTTCAATTCCCTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTCTTTTTTGGAGCTGGGGACTGAACCCAGGGCCTTGCGCTTCCTAGGCAAGCGCTCTACCACTGAACTAAATCCCCAACCCCTTCAATTCCCTTTCTTTATTTTCCATCTTTCGTTTGTTTTCCCTGTCTCACATCCCTTATACTCTGACCTTTCTATATATTCTTTATTTTTTAAAAGCAACCTTTTGAGGTGTAATTTCTGTACATAAAAGTCATACATTTTCATTGTTAGACCCTCCTCGTGAATATTTACTATGATTGTCACTATTACCCAGTTATAGGACATTGCAATTGCCTCCCAAAGATCTCATATGCTGACTTATAAATCTCCTTTTCATCCCTGTGCCCAAGCATCAGAGCCAGTCTGCATGCCCCAGGCATGCATGTGCTGAAAGGCATACATGCAGGCAAAGTAGCCATGCACACAAACATTTAAAGATGGAAAGGTAGAGTTCTTTCCTTGCTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTTTCTGTCTTGAAAACCACACTTCTTCTGCTTTGTGTCTCACAGAGCTGCCCTTGCAGGTACCCGTGACAAAGGGGTTGTACAACAGGTAGACCTTGTCTCTGGCTTCTTATCCTTTTTACATTTATCCATGCTATGCCATGGTTCAGTAACTTTATCTTCTGTGTGGACGTGTGCTGTGTGTGCACGTGTTTGTATGTGTGTATGTGTCTATGTATGTGTGCACTGAGGTGTTCATGTAGAAGTCAGAGGACAGGCTTAGACACCCTTACCGCCTATCTTGTTTGAGGCAAGTAATTTATCTTTTTGCTTGCCGTTGTATCTGTCAGCTTAGCTCTCAAGTTTCTGGGAATTCTCCTGTCTCTGCCTCTCATAGACATGCACGCTGAAATTAGAAGAAGTGCCATCCCCTCTGGCTTTCTGTGGGTCCTGGGGCCTCCTGCTTGTATGGCAAACTCTTTCCCACTGAGCCCTGTCCTTAACCCAGTCAGTTGTTCTTGAATATCAGTGCACTCTGCGGGTGCCCTTCTGCCTGGTCCTGCTGGCCTCTGTTTTCCTGCCTCAGTCTTCCTAGTTCTAGGTACAGGTTCAGGCCCCATGCCCGTTTCTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGTCCTTTTTTTCGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGTGCTTCCCAGGCAAGCGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAACCCCTGTTGTTTTTTTATTATGACTATGTCCTACCAACATCATTCATGTGCTAGTCTGTGAAACTTGGGTGACACCCAGGACTGGAGTGGAATTGCCGGACCGGACGGGAGGGTTGTACTTAATTCTAAAAAAGTGCCACAGTGTATTTTCCAAAGTGGCTATTTTATGTACTACTAGCAATGTATGAGGGTTCCCTTCCCCCACAGAGTTGGCAGGATTTGTCATTGTCACTCTATATTTAGAGACAATCAAAGTTATCCTGTTGCCCATCTGAAAAGTACTCAGTACATCCCTTGAACATGTAAAACACTGAAAACAACTCAGAAGCCATTAGAAGTGCCTAGTCCTGCTGGCCTCTGTTTTCCTGCCTCAGTCTTCCCAGGGCTAGGATTACAGGTGTGTGCTAAATCCCCAACCCCTGTTGTTTTTTTATTATGACTATGTCCTACCAACATCATTCATGTGCTAGTCTGTGAAACTTGGGTGACACCCAGGACTGGAGTGGAATTGCCGGACCGGACGGGAGGGTTGTACTTAATTCTAAAAAAGTGCCACAGTGTATTTTCCAAAGTGGCTATTTTATGTACTACTAGCAATGTATGAGGGTTCCCTTCCCCCACAGAGTTGGCAGGATTTGTCATTGTCACTCTATATTTAGAGACAATCAAAGTTATCCTGTTGCCCATCTGAAAAGTACTCAGTACATCCCTTGAACATGTAAAACACTGAAAACAACTCAGAAGCCATTAGAAGTGCCTAGTCCTGCTGGCCTCTGTTTTCCTGCCTCAGTCTTCCCAGGGCTAGGATTACAGGTGTGTGCCCCATGCACACAAATCCTTAGCATCAAATCAAGTCAGATCCACATTCTCTCTGGTTTTAGAAAGTGTCAGACGTTGCCTCCATTCTACCTGTGATTGTGTATGTGCAGTGAGCAAGACTTTGAATATTAATCTTCTGAGAGTAGGGTCTCCTGTGCCCGGCAGATGGTAAGCAATGGTAGTGTTCTTTTCTAGTGGAGCGATGACTGCAGTGCTGAAAGGTGCTTCCTGCTTGGTTTTGGATCTGATCACTGTTTTGATCAGAGCTGGCAGACTCATGCTGTGAGCAGTCAGGTAGGTCTGCTGTGGAAGGTGGCTGCATTCAGGCAATAGAGTGCACTCTTTCAGCCTTGCTAATGTGCCCCACAGAGTCTGGGTTTCCTTCTCTCTTCCCTTTCCCTACCCTCTGTGAGTCAGGATCTCCTTAGACAGCCTGGTTTGGACTTTCATTCACTGTTCTCCTGCCTTAGTCTCCTGAGTGCTGGAATTATGGCCTTCATGCCTGGACAGCAGGGATTATGGGATTATGGCCATCATCCCTGGATAGGGCCTTTTTTTTTTTTAAAGAGACACTCGAGGGCTAGAGAGATGGTTCAGCAGTTAAGAGTACTGGCTACTCTTCCAAAGGACCTGGGTTTGAGTTTTAGCATCTACATGGCAACCCACAATTCTGTAATTCTAGTTCCAGAGGATCCAATGCCCTTTTCTAGCCTTTGCGGACACCAGGTATGCATGGGATGCATAGGCATACATGCAGGCAAAAAAATAGCCATATACATAAAAATCATATAAAAGAGAGAGAGACTAGAAATTAGAATT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Seq C2 exon
GATGACGTGCGGCACAAAGTCCATCTCAACACCTTCGGCTTCTTCAAGGACGGGTACATGGTGGTCAACATCAGCAGCCTCTCTGTGAACGAGCCTGAGGGAGTCAAGGACAAAGACACTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000023589:ENSRNOT00000037742:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.033
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]