HsaINT0084458 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000157551 | KCNJ15
Description
potassium inwardly-rectifying channel, subfamily J, member 15 [Source:HGNC Symbol;Acc:6261]
Coordinates
chr21:39644429-39668945:+
Coord C1 exon
chr21:39644429-39644479
Coord A exon
chr21:39644480-39668847
Coord C2 exon
chr21:39668848-39668945
Length
24368 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
TGTGTCCCTCTTTCTTTCAGGCA
3' ss Score
12.19
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGATCTCTGGGATCTTCAGCTGAGATTGGGCCCCAGCACCTGGACTCAAG
Seq A exon
GTAAGGCCCCTTAGGATGCTTGTAGCTGATCAATCAGGGTAGTGCAAAGGAAGAGGGGAAAAAGCCACCCAGACCTTAAAGGAGATTTCTGGAAGATCCAATCAAAGTGATTCACCTTAACCTCAGGCATGACTTTTCCCCATTATCTGCTGTTTTTAATTTCAAGTAGTATAAATCTTACTGATCTGAAGAAGACTTCTGCTTCTGAAACTACCAGCGCTTAACAATGATTGAGCCCTACTCTATGAGATTGCAAATAAAAATATATTAACCTTGGCAGGAAATCAACTGATTAATACTTATACCCTACACTCTAAAGACTGGAACCTCAATTTATCTGCATAAACAGAGGCTTTGGGTATAAAAGTAAAATGTAGTTGGTTATGCCAAAGACTGCTTTCAATAGTAATGCACCAAACATGCTTTTGAAAATAGCAATAAACTATTCATTTAGGTTAGATATACAAATAAGTAACTTTCAGAGTTAGCACTAAGTTTTAAGCCTCAAAGACTTTGATTTCAGTGACAAGATGTGTAAATGCAGCGGTTAGAAAAAGTACACATACTGAGGTTTCTTTCAAGATTATATATAGTATTATTCAAAAGTCTTATTGTATATGAAAAGTGACAAGATTTTTGCAATATGAAACAACAGTAGCTAGCTAATACTCTAGTTACCTTTACAGATTGTCTAGTTGGTCACATTATACCTTAATTTTTCAGGATCCAACCAAGGCCTGGTTAACTCTTACTGGCAATGTTTGAAAGGGATGAAAGAGGTCCTATGCATATTACTCTAAATTAATCTTAGTGCAGGAAGACAAGTCATATTTGAATAACTTTATTTTGTATCCCTAGCTACTGTCATCCTAGTATTTGAAAAGCTCCTTTTCTCCCAATGTTCAGAAAGTCATTTTCCAAACTTGCAAATATTAAAACCTATTCATGTCTAATACTTTTCTACTTGGTCTATTTCCATGTCCTGTCAATGACCTATCAATTACCCTATTCAATTACCCATGTCACTTGAGATTTCTCCCACCAGAATTTAGGTTGCATATTTTCACAGGGCAATTTATTTTAAAATCAGAATGGTCCATAAAACTAATAGCTTTGTGTGCACAGACCTAAAAGATTTGTAGTAGCTCTGCAGCTGCATTTTTGAACATCAATAGTTAAACGATCAACATAAATGTTAAAGAAGTAAATTAACTTTCAGAATTTCACGTGTGCTCTAGCATTCACCATTGACCATGCTGGAAGAAGACTTTGAGGTCATTTCATCCAACCCTCTCATTTTACAGATGAGGAAAACAGGACTAATTGATAGCTAGCAATACTAAATTATAGCTCTTCTAAAACTAGACAGCAGCGTCAGTAGGCTTCTTCATGTGCTCAATTACTGTATGGATTCCACGAGTTGATGAGCGTGCTGTGACCTTGAGCATTTACATTCTGTGGTTTTCAAATGTTTATGTTTCTAATGTGGTATTTGTAAACCTGGGCCCCAGTAACCTTTACCACTGAGGCTTTGCCAATCCCAACTCTGGGCAGCCCACCTCTTCCATATGCAGCAGTGCTTGCAGGCTGTTCCGCCTGGGCAAAGTCATGTTAGGTGTAAGCAAAGACGTGAACTAGTGTTCATGCTTGAAAACCTCACAGAGACCTGCCTGCTGGCTGAATCCTTTCTTCATCTCTTGTTGCCTCTCCTACATGTGACTCAAAAGCTAGCCAAGTTTGTTCCACATCCTTCAGCTTGTTCCTCTTACACCAAAGTGCCATACCATCATCCCCTTTAGTAAGATCACACTTCTCCAATTTCTGTCCTCCTCTACTCCTCAATAAACAGGAAGATGCTGTCTGTGGAAAATGCACGTGGAGCTCTTGCACACGTTTTCTATAACTTGTCTTCCTTCCACTTCCCCACAACTAGAATATAAGCCTCATGAGAGCAAATGCCTTGTCTGGACTGTTATCTCCCCTGTGTCTAGTATAGTCAAAAATAGTAGGTGATGGGTAAATACATGTGCAATAAATATATCCTTTCATCTTTCCTTCCTATCTTAGGGAAACAAATGTCCCTTTCTTTTCTGTCTTACCTCCCTAATAACATCAGTACTTCTTTGTCCCTCCTCCAATATTGACCTCTGAATCACGTCCTCCTTCTTGAAATCTTGCCTTCTTAATTGTCTGCTTTTATTAATTTACATAGGTGTCCAGCCATCTGGCTGGCCTTTCTCCAGTTCTTTTGCTGGAAAATCCTCTCCTCTTCTCTTTAATACAGGCAGCCTCTAAGATTGCCCCTTCAGTTGCTTTCTTCCCTTGGTATTTTTCTTTTTTTTGCAGTTCTCATTGACTCATATCTGGTCAACTTTTACCTCTAGGTACAATGATTCTTCAATTTCCACCTCCAGCCCCAAATTTAATTCCTAGATATGGACATGCTTGGAGCCAACACCACCATGTCACCTCAATACACTCTGCTTTTCATCCAAATCTTCCTTTCCATCCAGGCAGCAAACTCCAGAGTCCTTTCCACTCCTGTTCAACCTTTCTACTTCACATATGACAGGTGTGTGAATTTTACCTGGTGGCAAACCAACGTGGTGATTCTCTTGAATTCATGTATTACTTAGACAAATTCAACAGCCTCCTAAATGATCTCCTTCTAGCTGCTCTCCTCCCTCTCCATCTGTCTTGCTAGATGAGCCTGGCTTCTTTTTTCCTGCAGAAAGATCAAACTTTTCAGTTTAACCCGCATCACCTTTTAAAATTCATTGCCAGTGTAGTTCCCAATATGGCCTCATACTAACTTCAGATACCCCAGTGTATCTGAAGAAAGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCATGAGAATTGCTTGAACCGGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCACTCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGACCGAAACTCCGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAAAAAGCAAATGGGAAACTTTTTTTTGAAAAGATCAGAGGCTCCCTTTTTAAAAGAGCAGAGCTCAGGCTCTTACTCACATCCCTGTGCCCCACCAAAATATTCTGATTTTATTGTCCTGTGTCAGAGCCAAGGCATTAGTTCATTTTAAAATCCCCCTAGGTGAATCTCATAGGCAGCCATGGTTGAAAGTCGCTGATAATTGATAAACCCTATGGCCCAATCAATTGGGAGTACTTGAAACATACTTTGCCACCCCATAGTTTTGCCTGGGCAATTCCCCTTGTCTGTAATCTTCTTTCTCCTATTTTTTTTTCCTACAGAAAACACATGATAACTTCTTTGATTTTTCCAGTTAGAAGGAATCAGTCCTCCTCCTGGAAATCCTTAATACCTTTTAATATATCATATTCATTCATGTGATCTAGGCAGACCTTGTGTTAGATATGGACAAAATGGAGAGAAATAAGACAAGGTCCTTGTCTTTAAGCAGCTTACAGTCTTGCCAGCTCACTGGTTACACATGAACTAGTGAGTATCAACTTTTATGATAGAAGTGTCCATGGGATACTGTTAAGGCATGAAGGAGCCTATTCTGCTTGGCATGATAACAATTTATGTATATGTCATCTCTTATATCAAATGGTATACTTTCGAGGGCTAAGATCATGCATCTCTCACCTTTACGTATTTCAAAGACCACAGTAGTATAAAATGTTTGCTGAATAAATGAGCAAATGAATGATGTTTTGGTAATTAGGAGTCACTGGGGAATAATGGCAGCTCTTAGGAAATGGTACCATAGTTCCATTCTTGGGGTAGGGCTGGGCGTGTCCCCATGGAGTTCACAGAACTATGTCATAATTTCAGTACTAAATTATGTGTGTTTTACAGTTTCTCTCAATCACCCATTCTATGTTTTATTTAAAATGGTAATAGGAATAGCATGTTAGAAACTGGGTCCTGTACTCATTAACAAAAAGAAGGGAGCAACAGACATTGGGGTCTACTTGAGGGTGGAGGGTGAGAGGAAGGAGAAGCAGAAAAGAGAACTATTGGGCACTGGGCTTAATACCTGGGTGTTGAAATAACCTTTACAACTAACCCCCATGACACAAGTTTATCAATGTGACAAACCTTCATACCCTTTTTTTGGTACCCCGAACCTAAAATAAAAGTTTAAAAAATTATATTTTAGAATATATTCAAAAAGTAGGATATTATTTCTCAAAGAAAACATCTGAATTCATACTTTAAAAATATTTTTTAAAACTTGAAGTTTGATCAAGGCATTTACATCCTAGGAGACAAAAGCAATCATTTCAGTATGCATTCTAGATTTATCAACTGCATACATATTTTAGGAAGATTTTAAGATATTTCAATATAATATCTAAAAATGACCACTTAATTTTAGTAAAAAGAGACTCCCACCTTCTGGTAATTGACAATTACTATGGTCTGAGAGTGTTTAGATTAAAAAATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAAATTATCACAGGAAAATCAATACATCAATAGTAGCACCAAAAAAGAAAAAAAAAAGGAAAGAAACTAGGTCCTATTTTTCATGACTAAGAAGTTGACAATGGTCTTTCCAAATTAAGACTCGGCATCTTTGATTTTTGTAAACATATCCTGGAGATCGAATGTGAACATTTGATGGCTGATGGGAAGAATTGAGGAGGATTAGGGGAGCACTTGACTTTGCCATGATTCTCAAGTTAAATCCTTGGACCTCTTAAAGATGTTGTTGATGAAGCTGCTAAAATGGTCACCAGATGAATATAAACAAGTAGGACCCGCAGTAATTTCCAGGCTAATTTTGTGCACGTGCGTTTAGGGGCGAGTCAAATTAAATGAATGAGGAGCTGATGTTCATGTGAAAGTAATTACTCTCCTCCAGTAGAAATCCTAATCCTACAAGTAACTGCAGAAATAATTAATCATAACTAAGAAGCAAACCACTCTCAGGGAGAAAAGCTGTATCTGAACTT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Secondary ID
ENSG00000157551-KCNJ15:NM_170737:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)