HsaINT0084468 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000162989 | KCNJ3
Description
potassium voltage-gated channel subfamily J member 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6264]
Coordinates
chr2:154698299-154709819:+
Coord C1 exon
chr2:154698299-154699477
Coord A exon
chr2:154699478-154709602
Coord C2 exon
chr2:154709603-154709819
Length
10125 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGT
5' ss Score
9.72
3' ss Seq
TTTTCTGTGTGCTTGTCTAGTCT
3' ss Score
7.65
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGGCAGGTAAAGGCAGCTTCTTAGGCAGCCAGCGAGTTGGCAGGTGGGTTGGGACTCGCTTGTCAACTCATTAATTTTAAGCAGTCAGTTTGGGGGTACTGCAGGATAATCAGGAGGGCCGTGGGGAGTCAAGAGGTGACCCGGGATGCCGGTGGTGGGGAAAGAAAAGAGGAGCCTCTGGAAGCTTGGAGGCAAAATTGCGCTTGGGTTCCTGTTCCTTGCATCCCTCCTGGCTTGAGTGCGGGAGAACACTTTTTAAAGACTCACCTTGGAAAGAAGGCCTCCGTCCCAGGGGAGAAGGAGAGGCGTCTGCAGGGGGCAGAGACCGCAGCTACCTGCCGGGTGCGCCCCCCACCCAGGAGCGCTCGCTTCGCCCCCTTTCCTCCCCCGCCCCCACCTCCTTATTGGTGCTAGTTTGCAGCGCCCAGCTCCTGCGCCTTCGCTTCGCGTTTGAATCTGGCTCGCCCCTTCGTATTATGTCTGCACTCCGAAGGAAATTTGGGGACGATTATCAGGTAGTGACCACATCGTCCAGCGGCTCGGGCTTGCAGCCCCAGGGGCCAGGCCAGGACCCTCAGCAGCAGCTTGTGCCCAAGAAGAAGCGGCAGCGGTTCGTGGACAAGAACGGCCGGTGCAATGTACAGCACGGCAACCTGGGCAGCGAGACAAGCCGCTACCTCTCGGACCTCTTCACCACGCTGGTGGACCTCAAGTGGCGCTGGAACCTCTTCATCTTCATTCTCACCTACACCGTGGCCTGGCTTTTCATGGCGTCCATGTGGTGGGTGATCGCCTACACTCGGGGCGACCTGAACAAAGCCCACGTCGGTAACTACACGCCTTGCGTGGCCAATGTCTATAACTTCCCTTCTGCCTTCCTCTTCTTCATCGAGACGGAGGCCACCATCGGCTATGGCTACCGATACATCACAGACAAGTGCCCCGAGGGCATCATCCTCTTCCTCTTCCAGTCCATCCTGGGCTCCATCGTGGACGCCTTCCTCATCGGCTGCATGTTCATCAAGATGTCCCAGCCCAAGAAGCGCGCCGAGACCCTCATGTTCAGCGAGCACGCGGTGATCTCCATGAGGGACGGAAAACTCACGCTTATGTTCCGGGTGGGCAACCTGCGCAACAGCCACATGGTCTCCGCGCAGATTCGCTGCAAGCTGCTCAAA
Seq A exon
GTAAGTGCTCCCCGCCCCTTCCCCACCGGGAGACCTGCGTCCCCCAAACCCGCGGAGTAACTCGTCTGAGAACCAGCCCGGGCCCCCTCCCCTGGTTCTACCTATAGCCACAGGTAAACTTCCTTTTGGGGGGTTGGGGGTTGGAGGACTGGGCAAAGAATGCGGTTGACAGTTCTGTTCCTTTTCCACTCACTCTCGTGCTCTTGTTTATATTCGTCATTTCGGATCTGCTTGTATCACTTACTGGACTAGTAACACGTGAGGACTGCTGTTGGCTCCTGGAGCCATGAGGGCAATTAGTGCCCTGTTCGCCTTCCTGTCCCTGTTGCTTCGCTATTCAGAGCGATTTTATTTGTTGTCTACACACTACCCCATTCAATGCGAGGTACTAGAACTCAACTGAACAGCTGTTATTTTGAAGAAATAGGTGCTGAACTTGCCTCAACTTTCACGATGGGCTTTTCTTATTTTTTTCTTTCCTTTTTTTCCCCCTAATAATATTAGGAGGCGGATTACTCCTCTGGACCCAATGACTTTAACTCTATGGTCATCTTTTTAACAAACACACAGATACAAGAAGCAGATAGTAAAGTGGAAGAAACCACACTTGGTTCTTTTAAATTTTTATTTTTACTAAATATTTTCTTGGAGAAGTATTCTTTGAAAGCTTGAGTGCTTTTCCTGTAGAGCCTCTTGTTAATTTTATTCTTAATTGCCTGTTTCTGTGAAGCCTTTGTCAATTACAGATTTCACTTGAAGCTTTCAGCATCCATTAAAGAAGAATTGCTTCCTACCATCAACGGTGTAAATGCTAAAACAAATTGCACATGGAGTGGTTATTAAAGCAAGGTCCGTCTAGTCGTTAGAGGGCACCACCACAAACAAGAGAAGTCCTTCTTAATCACTCATCCAATTAGAGTATGGGAAGGAAGGCTTAAAGCCCAGTTGTTTGTCTCTGTGTGTGATTTACAATTCATTTTTTTCCCTAGAGGGATTTGTCTTAGTAGTTTTCAGATGTCCATAAATTGAAAAAGATGACCTTAAATAAATAGTTCGTACAATGAAAAATATTTATCTGAGGTTGCGTAGAGAACTGAAGCCAGAGTCTGAATTTAGTATTAATAAAATGAAAATCTGATCAATATTTGAGATTTTGCCTTTGAAATTTCAATTTCCAATCCACAAGTATATATTGTTTTACACAGCCCCAACTTAATGTTGTAGTTAAAAGGGATCCAATGTGCTTTTAAAAAGTTTTGCTCTTGTGTCATTTTCATTATTCACTTACAAGATCTTACCATAATTATCCTTGACCAAGTTGCTCAGTAAAGTGTTTAAATTAAAGCAGTTCACTTGTCCTGTCACATCATATCATATGCATATTTACTGTGCTACATACAGTAAATAAACTACATTTTGTACACCACAGTGGAAAATTATCAACCTGGTTCTGATGTAAACGTTCATTAACTATGAATAAATAATTTGGGTAGATCATATTCATATATAATTAATTTCAATGAACTGCATACAATTTTTTAAAATTTAACTTAGTGTATTGTTATTGACCGCTGTTTGAACCAAGCAGTTTGTCAGATCAAGCTGGGCAGTTGTGTTGTAGATATGTTTATTACAATAGTAACTGTATGTGTCTTTAGCTTTGCATAGACCACAATATAGCACCTGCTTCTTTAGGTTAGGCCTACTAGACAGATAGAAATACTTTGTTAGTATAGTGGCAAGGTTTCTGTTCAAGCAATCCATGTTTATGTATCACTTTGAGACTTACTGAAGAGTAGTTTACAATATTAACTGATGTAATGGAAATTGACAATTAGACATTAAAGGTTATTTATAGACATTCTTTAGTTTTTTAAACATTTAAGGTTATTTATTACAGATGTCTTTTCCAGACAACATATTTTTGATGTTTATAGATTTTATTACATTTTATTTCAACAAAGCCAGTCATAATTAGAATTAACCTATATGTTAGTTTTTGTTTATTTTCTTCATACAAAGGTACAATGATTCTGAAGCACTCAGTCTCTACACTGGTGCAGGGTACTGATAATAATTTTTCTGCCTAAGGAAATGTACCACATATACCATAAAGAGTATCCTAGTTAAAAAGATGAAAGATGTATAGTGTCGACAAATTTGGAGCAAGGTGCTATATTAACACAAGGTGATAAAAACATCTAGTTAAAACAATACATATAATATTCTTATAAAGTCTTTTACTTTTGATTTGTTAGGAAGATGTCAGTGCTAGAAGTAAACACGATTTACCTGTGGCATCAATTTATATTTAAACAAAATTATGGTGAAATTCTCCCCATGGCGAAGGGAGAGAGTTGATCTGTGAGTAGCTCTTCAACTAGTCAGTTAGCGTAGCTTGTTCAAAGTTAATCTTTCCTGTAGGCATGGTAATTTAAATGAATTGCTGTAGTTCCTGTTATTCCTTAGACTTCATTAAAAAGGAGTCATGTTTTATTGGGGAAATAATAACATTCAGCAAAATTAGAGGGGAGATTTGCCTTTAATAAGTTGCTCTCATTTTCTCTTAAGAACTGAGATTAAGTGACCTAAAACAGTCAACTGTATTTTTAAATAGAAGCTATACCAAAATCTTGGCATAATAATATGTCCCTATCAGTTTTATACATTATTCTGATTAAATATTACACACAATTTCCCCCTTTTAACCTCCATTTAACAATTTAAATGCAAAATTTATGTGTCTTTAATGCAGAATGTGTAGAATTTTTAAGGCAACAAAATCCAGTATAATATTTAATGCTAGTAACTATAGTGCATGTATTCTTTTCCTACTACCTAATTTAATTTACTAATTTTTCTATTACTGTTTTCTTATTTGCTAAATAAAAGCTTCTTTAGATAAATGTAAAACTTCTATTTAATAATTATAAAGCACTTTTTGATTCTTGGGGAGACAATAAGAACATGGGCATGGCTTTCTAATGCTTTCTGTTATGAAATTTCTCATGTATAATAGTTTTTAAATGCCTAACTTTTGATGGAAGTTTTTTGTAAAACTTATTTGCCTAATTTTTATTATGCTTTTCACTTATTTGAAAGCACATTTTATCTCATCTCTATTCCTGTCTTCCAGCCTTACAAACACTAAAATATCTTTCAGTAGTCAAATATAGATCTTTCAACTTTATGCCTGGAGGGGTCAGTCCTTTTTCTACTCATAAAAAGAGAAAGTAGATTACATAAAAATCAAAGGCTATAGTTTGAAGTTCCTCATTAAAATCTGTGATTGAATTATAAATATAGCTATAGACAGCTCTTTTAAGATGAATATTCTTTCTTCCTCTTCTCCCCATATTGAATTTTTACTTGAATTTTCCATTTATTTTAGTTATCTTCTTTTCTCTTTTTGTTTTACCCAGAAAATAAGGACTAACTAGTATCATGGCTATGCTAAGTTAATATGTCATCCAATCGAAAGTTTTTATAAAAATGCCTGGATTAGGGATTTGAGACCAGTAGTTGTAATGTTGAACCCTATAGTTTAGTGCTGGGTTTAAAGGATTTGGAAGTCTTACTTACCCCTTTCTACCAACCTAATAATAATGGTTGATAGACCTAGGCATACAACTTGTTAGGGCAAGAATTAATTACTATTCTTTGATAACTGTTCGAGAAATTACAAATTTATTATCTCAATGCCATCATATATATGGTTATACTCATCCAGTCAGCACACATTTTTTACATAAAGTAAACATAAAATAAACTATGGTTGCATTCATATTTTGAAACAAAAAGGTAAGGATTAATTTTCTGGAAGCATAATGTTACTTCTTTATAGTTCTATTTATTGCCAATAGGCATCCTCTTTCTTTCCTAAGAGGTCAGCTGTGCAATCCTTAACTTTCACTTGTCAAAAGGTAATAGAGTACATTCCTTTCCTCTTCTAACATCACATATGTTATTTTTGTGCTCACCTTCTTTTATCCTCCATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATACATATCCTCCATATATATATCTATATTCCAAATTGGATGTTGTCTTGTTTCTCCATATGACTATTATCAAGTGCAGATGCAATAAAAAAATGGTGGTCTGAAAGACCATATATGTCCTAACATTTTGCTAATCTAACCACAACGATTCCTGAATCACAGGATTCCTGCAGTTTTCTCATATATTTATAGGTTTGCTTTCATTTTATATCTTGCACTGAAATGTGATTATGTTTTTGACTCAGTATGATCTTAATTTTATAACTGACTCTTCACCAATTGACCGTGGCCAATTTGAACTTTATTTTTAATCACGAGACAATTATTTACCTCCCTTTCCAAAAATAAAATCCACAAATGAATGTCTATATTTGTAAAAGCCCTGTTCTGAACATCATCTAAGCCATTAGTAAAAATATTCAAGAGGTCTAAAGCTGAGTACCTCAGAATGCTCAGGAGCTAGGTCCTGTATTGGTTGGTGAGTTCTTCAGGTAGATTCATTTTATCCTTAAAATTAGCACAGTTCCTATTTAGTCTAGTTTTTCTTTCTCTGACACAAGTATACTAATTCTCTAATAAGTATAGAACTTGGCTTCTAAAAATATATAATTATTATTCTTTTTAAAATAGTGGTAATATATTTTGTTTAGTTTTGTTTTTTATTTTTAATATTATTCCTGAAAAGTAAAGGGTGGATTGTGCTCAGGGAATAAAAAGTGAACAGAAATTAGGGGCATAAAGAGCCATAAATAAACAGCAGTAGGTAAGAACAAATGATAAAGCGAAGCAGGAAAAAGCATTTAATAGATTGGAGGGTATTTGGCGAGTAGGAGGAAATGTGCAAGTAGGGTTACGAAGCCTGTCCTCAATTATTATAAATGCCACAAAGGCCCTCAAGGAGTTATAAAGCCGCTCTTTCATTTGAATGGTATGAAAGCCTCACATAATCTATTATAAAATAAATTACATTG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Seq C2 exon
TCTCGGCAGACACCTGAGGGTGAGTTCCTTCCCCTTGACCAACTTGAACTGGATGTAGGTTTTAGTACAGGGGCAGATCAACTTTTTCTTGTGTCCCCCCTCACAATTTGCCACGTGATCGATGCCAAAAGCCCCTTTTATGACCTATCCCAGCGAAGCATGCAAACTGAACAGTTCGAGATTGTCGTCATCCTAGAAGGCATTGTGGAAACAACTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000162989:ENST00000295101:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.103 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0100715=IRK=PU(55.2=79.9)
A:
NA
C2:
PF0100715=IRK=FE(21.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development