MmuINT0085602 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026824 | Kcnj3
Description
potassium inwardly-rectifying channel, subfamily J, member 3 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:104742]
Coordinates
chr2:55289567-55299453:+
Coord C1 exon
chr2:55289567-55290313
Coord A exon
chr2:55290314-55299236
Coord C2 exon
chr2:55299237-55299453
Length
8923 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGT
5' ss Score
9.72
3' ss Seq
TTTTCTGTGTGCTTGTCTAGTCT
3' ss Score
7.65
Exon sequences
Seq C1 exon
CTGCGCCTCCGCTTCGTGTTTGAATCTGGCTCGCCCCTCCGTATTATGTCTGCACTCCGAAGGAAATTTGGGGACGATTACCAGGTAGTGACCACTTCGTCGAGCGGTTCGGGCTTACAGCCTCAGGGGCCAGGACAGGGCCCGCAGCAGCAGCTGGTGCCCAAGAAGAAACGGCAGCGGTTCGTGGACAAGAACGGCCGGTGCAATGTGCAGCATGGTAACCTGGGCAGCGAGACCAGTCGCTACCTTTCGGACCTCTTCACTACCCTGGTGGATCTCAAGTGGCGTTGGAACCTCTTTATCTTCATCCTCACCTACACCGTGGCCTGGCTCTTCATGGCGTCCATGTGGTGGGTGATCGCTTATACCCGGGGCGACCTGAACAAAGCCCATGTCGGCAACTACACTCCCTGTGTGGCCAATGTCTATAACTTCCCCTCTGCCTTCCTCTTCTTCATCGAGACCGAGGCCACCATCGGCTATGGCTACCGCTACATCACAGATAAGTGCCCCGAGGGCATCATCCTCTTCCTCTTCCAGTCCATCCTTGGCTCCATCGTGGACGCTTTCCTCATCGGCTGCATGTTCATCAAGATGTCCCAGCCCAAAAAGCGCGCCGAGACCCTCATGTTTAGCGAGCATGCGGTTATCTCCATGAGGGACGGAAAACTCACTCTCATGTTCCGGGTGGGCAACCTGCGCAACAGCCACATGGTCTCCGCGCAGATCCGCTGCAAGCTGCTCAAA
Seq A exon
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Seq C2 exon
TCTCGGCAGACACCTGAGGGTGAGTTCCTTCCCCTTGACCAACTTGAACTGGATGTAGGTTTTAGTACAGGGGCCGATCAACTTTTTCTTGTGTCCCCTCTCACAATTTGCCACGTGATCGATGCCAAAAGCCCCTTCTATGACCTATCCCAGCGAAGCATGCAAACTGAACAGTTCGAGGTTGTCGTCATCCTGGAAGGCATTGTGGAAACCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026824-Kcnj3:NM_008426:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.098 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0100715=IRK=PU(55.2=79.9),PF117553=DUF3311=WD(100=15.0)
A:
NA
C2:
PF0100715=IRK=FE(21.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
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