RnoINT0077847 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000005369 | Kcnj3
Description
potassium voltage-gated channel subfamily J member 3 [Source:RGD Symbol;Acc:2958]
Coordinates
chr3:41019898-41029781:+
Coord C1 exon
chr3:41019898-41020657
Coord A exon
chr3:41020658-41029564
Coord C2 exon
chr3:41029565-41029781
Length
8907 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGT
5' ss Score
9.72
3' ss Seq
TTCTCTGTGTGCTTGTCTAGTCT
3' ss Score
7.36
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGCGCTTGGCTCCTGCGCCTCCGCTTCGTGTTTGAATCTGGATCTCCCCTCCGTATTATGTCTGCACTCCGAAGGAAATTTGGGGACGATTACCAGGTAGTGACCACTTCGTCCAGCGGTTCGGGCTTGCAGCCCCAGGGGCCAGGACAGGGCCCACAGCAGCAGCTTGTACCCAAGAAGAAACGGCAGCGGTTCGTGGACAAGAACGGTCGGTGCAATGTGCAGCACGGCAACCTGGGCAGCGAGACCAGTCGCTACCTTTCCGACCTCTTCACTACCCTGGTGGATCTCAAGTGGCGTTGGAACCTCTTTATCTTCATCCTCACCTACACCGTGGCCTGGCTCTTCATGGCGTCCATGTGGTGGGTGATCGCTTATACCCGGGGCGACCTGAACAAAGCCCATGTCGGCAACTACACTCCCTGTGTGGCCAATGTCTATAACTTCCCCTCTGCCTTCCTTTTCTTCATCGAGACCGAGGCCACCATCGGCTATGGCTACCGCTACATCACCGACAAGTGCCCCGAGGGCATCATCCTTTTCCTTTTCCAGTCCATCCTTGGCTCCATCGTGGACGCTTTCCTCATCGGCTGCATGTTCATCAAGATGTCCCAGCCCAAAAAGCGCGCCGAGACCCTCATGTTTAGCGAGCATGCGGTTATTTCCATGAGGGACGGAAAACTCACTCTCATGTTCCGGGTGGGCAACCTGCGCAACAGCCACATGGTCTCCGCGCAGATCCGCTGCAAGCTGCTCAAA
Seq A exon
GTAAGTGCAGCCCTCCCCTTCCTCATCAAGCAGATGCCACCCAGAAACCCAAAGATTCAATCCCCTGGGATCCACTCTGCTCCCTCCAGGGGTTTTTCCCTCCAGGGTTTTCCTTCTACCACAGGTAAACTTCTTTGGAGGAGGGGGGTGCGGGTGCGGAGAGGGGTAAAAAGAGCCGAAAATTGAGCAGAGGGCATAGTTTCTAGTTCTGTTTTTGCCCCTGTTCCTGTGCTCTTGTTTACAGTCCTCACCTCAGATGTGCTGTAGCACACCATAATGGTGATAAGGAGTGCTGTGGGCCCCTGCCCTCTCACTACTGTTTATCCTCAGAGCGCTTTTAGTTTGTTGCCAATTCAATTCTCTTCTAAACACGAGGCACTAACACTTCTTATGTGAAGAATTAGATGTTGGAAGTTGCCTCAACTTTAGTTTGGGCTTAGTCTTTAGAGTACCCCCTTCCAATAATACTGCCAGGTGGATTACTCTTCAGGACACAATTAAGTTTAACTGTGATCACCTTTTAAACAAACGTAACAGATCCAGGCAGCTCTTAGTAAAGAAGAAGACTCCATATATGTTTCTTTAAAAATTATTATTTTTCTGCTAAATATTTTCCTAGAGATGTATTCTGTGAAAGCTTGAGTGCTTTTCCTGTAGAGTCTCTTGTTAATTTTATTCTTAATTGCCTGTTTCTATGAAGACTTTGTCAATTATAGATTTCACTTGAAGCTTTTCAGCATCTATTAAAGAAGATTGCTTCCGCACACCAGTGCTGTAAATGCTAAAACAAATTGCTCATAGGGTAGTTATTAAGGTAAGGTCCTTGTAGCCCTTAGAAAGCAGCACCACGAACAACAAGAGTCCTTTATTTATTTACCAAGTAGAATCTGGGAAGGAGGGATTAAAGTCTAGTTCTCTTTGCAGGTCTACAGGTGTCACCAATTCCTCCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTCTCCTTCTGCTCCTTCTTCTCCTCCTTCTTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTTCTCTTACTCTTCCAGGGATTTTTCAGAGTGGTTTTTAAATGTTCAGAAATTGAAAAAGGATAACCACAAATTAATAGTTTATTATTGAACAAGATTAGTCTGAGATTATATAAGGAAGGATAGTCAGGTACCTAGGGGTAATAAAACTTAGAGGTAATAAAATGTCTGATACTCGAGTTGAGGAAAAATTTTGCCGTTGAAATTTCAACTTGCACCAGTCGACAATAGTCTTTTATCCAACCCCGATTTGTTATGCAATTAAAAGTATTCTCCCTAGATTAAAGGAATGTTTTGCTCCTCTGTCACTTTCATTAGCACTTATAAGACCTCATCCTAATTATTCTTGACCAAGTTGGCCAGTGCAGTGCTTGAATCAAAGCAGTTCAGTTGCCCTGTCACTTCTCATCACATGGGTATTTCCTGTGCTGCCTTAGTAAACAAAAGCTATTTTTGATATCAGAGTGTAAAATTCCCAGCCTGGCTCTGGTATACATTTTCATATGGATAGCGATGGTTATATAATTTTAATCGACTTTGTTCTTTTATGCAATTTAGTTGCACATAATTGTTGTATTTTAAGGTAGCATTTGTCTTATTCACAACCGTTTGGATTAAGTGGACAGGTAGATCCAGCTAAGTGGATGAGTTGCAGACATGCTATGCCAGTAGTATTTGTGTGTGCTCACTTCTATGTGCAGAACGAACTCTTCATGTGCTTCATTACTGAGGCCCCATGGGCAGACAGGAGCACTCTGAATGTTCAAACACTGTCAAGAAATCCGTGTGTGGATATCACTTGGAAATTCTTATTAAGAGTAGTTTATCATACTCACAAGAATTCAAGCTTTTGTCATTCTCTAATTCTTCAAACAAATAAGGTTATGTAATAAATTGATATGTTTCCACATACAACTTATTTTAGCTGTTGTAAACATGATCGATTTCTATTTTAACAAATTCAAGATACAATTAAAATCAATCTACAGATCACTAATATAGATGTGTACAATGAATAGAAGTTCTTGGTCTCTACAGTGGTGCATAGACCCACAGAAAATTAATACTTACTTCCGTGCACCGCCTTTACCAGAACAAGATCTTAAATTAAGAAATAAAACATTATAATGTTGCAGCAAGGTGCTATATTAACACAAGGTGATAAAGTCAATATCACATTCAAATAAGAGAGTAAGAGTGATATACATGTCTTATGATTTATTGGAAGCTGAAAGTATTAGCATGTGATATTGTTTATTCAAAAAATTATAGTGAAGTGAATGGAGCTCGTTTTAAGTTTGTTTTTCTGGTAGGCAGGGTAATTATAATGGATTCTTATAGTTGTTTTAATCATTTTCTTATACGATATTGGAAAGAACTCATGTTCTCCTGAGGAACTAATAACAGTAAGCAAAATTAGAGGGGATGGTTGTTTTCATGAGTGACCCCTATTTTTTTGTAAGAGACACTTGAAGTGACCTAAAACAGTCAACTATGATATATGAGAAAAACTAAGTAAAGAGCTAAAAGTTTTAAAACTTGTTATGAATTGTACATGTGCTTACTAATTATCAGTCCACTTATTCAGTTTTCTATTGTAAATCATTTTAACACTTTAAATGCTGTATTTTTGTCTTCAATACACAATATACAGAAGTTTCATGCCAAGAAATGCCAGTATATTATTGAATCATAATAATTATAGTACACATATATTTTCTTATAATTTTACTAACATTTTCTACTAGGATTTTATTTGCTGAAAAATATAATCCACAAATATAGATTTATTCAATCATTTATAAACTACTTTGAATTCTGGAGAAGACACCGAGAACAGGGTAGTGCCTTTCAAATAGTGGATAATATGAACCTTTTCACTCATCCTTCTATGGAAGTCCTAGTAATCTGGTGGAAATGATTTAACTATCCTGCCTAATTTCAATTTTACTTATCACTTACATGAAGTCAATCTGTGTTTAAACTCTACCCTCTAGTTACCAACTGAAAACACTGAAATTTCTTAAGACTCTTTTGTCCCCAGAGCACTCTTGGTTTGTTTTCAAATCATTCTTCTAAACATGAGGCACTAAAGCTTCTAAATTGAAGAATTAGATGTTGGAAGTCTATGTCATAGGTTGACATAAAGCGATTTTGCTTTTTATCATCCATAACCTTATCTTGCCTGACTGACCCCTCTAAAAGAGATCTTGGTGAAACTTTCCTTTATACTCTAACTTTCTTTTTAAAATATCTACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAATGGGTCAATATCTGAATAAGGTCAATATTTTCTGCCAAAATGTCATGGAATTCTAAGATAGAATCGATTAGAACTGCTAGGAGCTAGGCCTGATATTGGTTGTTTTAGATGAGCTCATTATAACCTCAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAACAAAGTACAGTAGCTATTTAGTTTAGCTTTAGTTTTGCTTTTTTTGACCCAAGCATGACAGTTCTCTAATAGGTCAAGATCTTGGGCTCTTTCTAAAATACTTTTAACACTACTAGTAATTGCTTTTGGTTGTTTTTGTGTTTTTGTTTGTTTTAATGTGGGTTCTAAAGAGTACAGGGTGCCTTGTACTAATAAATAAAGTATGAACAAGAGTAAGGGATGTAAAAGCACACAAGTAGCCAGCAGTAGGTAGGAACAGTTGATAAAAGGAAGCAGGAAAAGGCCTTTCATGGATTGAAGGGTGTTGTTTAGTAGGAAGGGAATGTGCAAACAGCGATACAGATCCTGCCCACAGTTATTATAAAGCCAACAAAGGGCCCCCATGGGGACACAAAGTACAGCTTTCATTTGAACAGTACAAAAGACTCACATAATCTACTACAAGATAAATTACATTGCATCTAAAATAAGGTGCATTCCTTTCCTAAAAATGGACATCTTGTGGGTTTAATTAACTTAGCATTAGAAACTGCTTTTTAGACTTAACATTGACTCTATAAGTCTACCTGTCCTGAAAGTTCAAGCTTTAACCATCCAAATGAATGTAAAAAAGTTTCATCAAAGACAGTCCAGATGAAAAGTCAGGTCTACGTGCTTCTGTTACTACCTCAAATTCTGACCAGCATGCCACAGGTTTTGTAATAATTGTTTTGAGTCACAGAGGCAGTTTAATGCTTGGTCTTAGCATGTCTTAGACAAAGTTCTTACTCTTGACTCTAGGATCTTACTCTAAGTACACTCAATGTATATTTTCTTTGTGACACAACCATATACCGCCATACACAAACTCATAGTTAAGATAGGGCACATTAAAAGATAAGGAACATTCTAGATGTAATGATAGAAGGTGGTATGAAAAACTATTTTGCTCTCTCCACCTTATCTTTTTCTCCTTTTCACTGGCTGTGCAGGACTTGGTCAGCTGAGAACTGTGGGAAGTGGAAGGACTATGAAGAGACTATGGCAAAGTCAGGCAGTGATGAGTAGGCATTTTATTCAGCAACCTCTGCCAGTTTCAAACTGGACAAAACTCCAGACCAGAGATGGAAGGTAGCAAGTGTCTGGGAAGGATCAGTAAAGCAGATGCTTTGAAGGATGAATATGGACACTTGGTCACACAATGCCTAGGACAATGGATGAATGCAAGTCTGCTTCTGTATGCTAGGACAATGATAAATGTGTATGTGTAGAAACCTTCAATTACCTTTGTTTCTTACATCGAAAGCAAGCTATTTGTCTAAAGTTCCTGAATGAGATGCTTTCCTGTGAGAGTCTGATTCTTTTTCTATCAGTAGTAAAATTGTACCTGGTTATCTTGTTCACTCTTTTGGAGTCCAAGAGGACCCAAAAGTCATTGGACAATAATTGATTCTTT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Seq C2 exon
TCTCGGCAGACACCTGAGGGTGAGTTTCTACCCCTTGACCAACTTGAACTGGATGTAGGTTTTAGTACAGGGGCAGATCAACTTTTTCTTGTGTCCCCTCTCACCATTTGCCACGTGATTGATGCCAAAAGCCCCTTTTATGACCTATCCCAGCGAAGCATGCAAACTGAACAGTTCGAGGTGGTCGTCATCCTGGAAGGCATCGTGGAAACCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000005369:ENSRNOT00000007335:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.098 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0100715=IRK=PU(55.2=79.9)
A:
NA
C2:
PF0100715=IRK=FE(21.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]