HsaINT0084742 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000162687 | KCNT2
Description
potassium sodium-activated channel subfamily T member 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18866]
Coordinates
chr1:196258194-196280988:-
Coord C1 exon
chr1:196280860-196280988
Coord A exon
chr1:196258495-196280859
Coord C2 exon
chr1:196258194-196258494
Length
22365 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTTTGG
5' ss Score
3.53
3' ss Seq
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3' ss Score
5.94
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TCTCAAATATCTATCAGTGTAGAAGAGTGGGAAGACACCAAAGACTCCAAAGAACAAGGGCACCACCGCAGCAACCACCGCAACTCAACATCCAGTGATCAGTCGGACCATCCCTTGCTGCGGAGAAAAAGCATGCAGTGGGCCCGAAGACTGAGCAGAAAAGGCCCAAAACACTCTGGTAAAACAGCTGAAAAAATAACCCAGCAGCGACTGAACCTCTACAGGAGGTCAGAAAGACAAGAGCTTGCTGAACTTGTGAAAAATAGAATGAAACACTTGGGTCTTTCTACAGTGGGATATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000162687:ENST00000294725:25
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.009 A=NA C2=0.755
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development