MmuINT0085857 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000052726 | Kcnt2
Description
potassium channel, subfamily T, member 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:3036273]
Coordinates
chr1:142471306-142480896:+
Coord C1 exon
chr1:142471306-142471434
Coord A exon
chr1:142471435-142480595
Coord C2 exon
chr1:142480596-142480896
Length
9161 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTTTGG
5' ss Score
3.53
3' ss Seq
CATATTCATTTCCCTTAAAGTCT
3' ss Score
5.15
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGAAAATCACTGAAGATGACTTGTGGATCAGAACGTATGCCAGACTCTATCAGAAGTTGTGTTCTTCTACTGGAGATGTTCCCATCGGGATCTACAGAACAGAATCTCAGAAACTAACGACATCTGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
TCTCAAATATCCATTAGTGTGGAAGAGTGGGAAGACACCAAAGATGTCAAAGACCCAGGGCACCACCGCAGCCTTCACCGCAACTCAACGTCTAGTGACCAGTCGGACCATCCCTTGCTGCGGAGGAAGAGCATGCAGTGGGCCCGAAGGCTGAGCAGAAAAGGGCCGAAGCACTCTGGTAAAACTGCAGAAAAAATAACTCAACAGCGACTGAACCTCTACCGGAGATCCGAAAGACAGGAGCTTGCTGAACTTGTGAAAAACAGAATGAAACACCTGGGCCTCTCGACGGTGGGCTACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000052726-Kcnt2:NM_001081027:25
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.023 A=NA C2=0.632
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
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INCLUSION PATTERN[edit]
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- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
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