HsaINT0084745 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000162687 | KCNT2
Description
potassium channel, subfamily T, member 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:18866]
Coordinates
chr1:196451461-196459067:-
Coord C1 exon
chr1:196458968-196459067
Coord A exon
chr1:196451510-196458967
Coord C2 exon
chr1:196451461-196451509
Length
7458 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGG
5' ss Score
9.33
3' ss Seq
TATTATTATTCTTTTTATAGGTC
3' ss Score
10.1
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCTAAGGATACGCCTGTTCAATTTTTCTCTCAAATTACTAAGCTGCTTATTATACATAATCCGAGTACTACTAGAAAACCCTTCACAAGGAAATGAATG
Seq A exon
GTAAGGTACCTTTTTCTGACCTTCAACAATATTATTTTGATTATTTTGAGTTGTATCACATTTTAAATTTAAAGCATGTTGTGTAGAGCTTAATTTTTAAGGGTATTTTAGGTGTTTGTCACAAATAAAATTGATCGATTTACAGGCACTACATAATTCTTGTAGGTTCTTTGTAAGTATCTTTTATTATTTTTCTGTTTGTCTGATGCTAATATTGGACTGTTAGGCATAAAATTTTATTGCTAGCCAAAGTGCATTAAGTAGTTTTTGTTTTAAAATGGGTAAGTCTCTTTAAAGACCCGAATGCAATTTTGTTCTTGATTTTCAGATACTCCCAAAAGATAATATGAAGCTTCCTATTTAACATTGTAATCTCCTCATAAGACTCCCTTAATAGTTTTCTTCTTTTTCTTTTTTTTTCTCTAGAGACTGTTTCTCTTTTACATATTCTACCTAATTTTAGTCATTTATTTTGTTTTCTGTGGTATTCCATGAATACTAGAGAGGATATTCCATGACAGCAAGGATCTTTGCCTGAATCCCCAGAGCCTGGCACAAAGTGGCAAACAATAGTTATTTGTTAAATGAATGAATGGATACATGAGTAAAAGAAGTTCCTTAGTAATCTAACTTTTGCCTACTCTACCTCATCAGCCCCCTACTCCAGCTATGCTGAACTGCTTGAAGTAGCTTATGCACCTTTGATCTCCCTTCCTCTGGGGCTTTTAACATTCTTCTCCCTCTTCTGGGAAATTAAGTTTCCTGCTCCTCACAACCCACACTTTTTTGACTTGCTTCTGGACTCCAGGACCTTCAGGAAAACAACTTTATGGATAACAGTTAATCTAAAATCCTTATGGGTATTGTGCCTTGTAGCCCAGTTCCACTCTGGCTTAGGAGTATCTTCTGGGTGCTCTCCCACATACTTCTCTCACAACAGCCAAAGCATTGCCCTTGATTTTACCATTCACTTATCAGTCCTTTCTATATGCTCACCAAGGGCAAGAACCATGCTGTGTTTTCCTCCATAGCTCTCACACTAAGCATAGGACTTGGTAGGTCAGTGAATGCTGCTGAATTAATGAAATGATGCTCAGCAATTTTATTGATAGTGTGTTGCACAATAAAAATGATTGAGGACTACTGCCTGGAGATGTCAGTGTTATTAAAATGGTTCATGTAACAAATTATTCTACAATCATATCAGCATTATTTTTAAAATGTGGTGATTTATAAATAAAAAGTACACTAGTGGGACCTGAAAATCATAAAATGAAGCATGATGGAATCCTTCTAAGGGTAAAAGGGCATTTGGTGGGTGTTAGCAGAGTAAAATTATATTATTTGAAAACATTAAGAGGAACAAAGTTTCCTACAATTAACTTCTATGTAATATCACTAAGAATGTTTGGCCATAATTGTAGAGGATATACATTTGAAAAATCAGATTACAGTAATTAAAAAATATTTATGGTTCCATTTTGAATACAATGTTCTGTTTAGCTCCCATGGTTAGTGCAGTATTGGTTAATGAAAAACAGAAGTCGCCTTTATGGGTGCAGGCTCTATTTTAAAATAATGAGGCTAATTAAGCAAAGAGATTTATTTAATTAGAGCTTCTGACATGATAAGTCTGCAGATATTTTGTGCTGCTTTGCTTTATTTTTAAATCCCTTTCAGGAATCAAAACTGATACGAAAACATTATAATATGGGAAAACTGAATAATATGAAAAGAATTTTACTGTTAATATACCATGTGTGAATGGTAAACTGTGATGTACAGATAATGTGTAGTAAATGATTTAAAGATGTTAGGAAAGGAAGCACACCTGAAGCATGTAGTTTATAAATTACACTGAAAGATGAGCCATCAGCATTAACTCATTGCCTGCTGATGCTTACAGTTCATCACTGTGTCCAAACTCATGCATCTGCATCTACTTTAAAAATTGTTCAAATGATTATTAGTTTTTAACATCAAGTGATAGAGACACAGGTAAGAAGCACATGAACATGCTTCTATTTTATGGTATTTGGATTCCATTTAAAATCAATGCCTAATATAGCAAATGGTGTGTTTAAGTGAAATTCAAATTTTAAATACGATTTCTTCCTCAGGGTAACAACTATTAAAGGAAGAAAACAGAATTTTTACAATAGCTCTTAAATATTTGATGATCAATAGGAATGAGTATTTTAATGCAGACCTTTTCTTCTTTTTTGTATATTGATTATTTTTTAGATTGAAGTAGGACTAAGTTCTCTAACAAATCTCAAAAATTTAAAAGCATTTTTTTGTTTACTGGAGTCTAATACTGGTGTTTCTGGTCATTGTGAACCTTTTCTCCATATAATGATTCACATACACAAACATACACACACAGACACAGACACATACATACACACACACACACACACACACACACTCCATAACATGGTAGGTACTATATGTACAAGCCCACTGCATTTTGTGATTATGTGTTGTCCTAAGACCGGAATCTTTGCATCCTGATTTCAGAAAGAGAAAGAGAGCTTGGAGAAGGCATATATGTTTTTAAAAATTATTGGCCAACAAATGACAAACATCACTTTTGCTTGTACTTCATACTCAGGTCTCACATGAGAACCAGTTATATCATCATACCTTGACACAAAGACTGAGAAATGTAGTTGACTGAAGAGTGACTTTTTTGCACTCGACTCTATGCCGTGGAAGGGGGAGAATGAATGTTAATTAAAGAGCCAACTCTGTGACAGCTAACGTTGTCTGGTGGAAGGGCCCTTAATGTCCATTCTTTCAAAGAGTTAGTTATCAGTCTTCTCCGTAACATCCTTGATAGTTGGTTGTCTAACCTGGGATTAAATGTTTCCAATATTTTGAAAGGATTCAAATACCGAAAAGTCTTTCTAACATATTGGCAAGACTCATATGCTTTCATATTTTGGTCACCTAGTTTTTGGATGTGTATTAAATATTTTATGTTCGTCTTGAAATGTGGGCTTAGTATCATATCTAGTATTCAGATTTTAGTGTATATTATGGTCAGGGGGGTTGTATAATTTACCCTCCTGTTTTATTTATTATTTGTTAATACATTACAAGCTTATATTAGGGTTTTTTTTTAGAGCTACCAGTCTTTGAGTTCATCTTGGGTTTGTGAGCAACATATCCTTTCATATGAATTATGTCCTGCATGTTAACCCTATTACTTTCAAATGCTTTGTTCTTCTGCTAAATGTATTCACCTCCTGACTCCCACCTCCTCTGCCAAAGCTGTTCTCACACTTTTACCCTCTATTTTCCTACTTTTAAGACAGTTCATAAGTGTTCTGGGAAAAGTGGCTGAGGCCACATTACTAAGTTCCTATATTTAACTTTTGCTTTTCCTTCTATTGTTTGGTATGGTTCCTTTAGTTTTCACAATAATGCTTCATACATGAATTTTATCAACAGGACAGTCTAATTCAGAATAACTAAATGATATATATTTGGGTTTTGCTTTGCATTTTTTTATTTAATTTTTTATATTTTGGAAAGGGAAATTTGTTTATTATTTAAAAATGTTTCATGCATATTACAATATAGATATATATGGCAAGGAAGTAAAAATTATCTGAGATCACAACACCTAGAATAAATACTTTTAGCATTTTTAAAGACTCCATTTACAAATTCTCTCTATACACAGACATATAGATAACATATACATACTGGTATGACCTAAAGTAATATTTTAATGACTTTTTCCTCATTTGTAATGTTTTTGTTGTTTTACTTGATGATGATGCATCTGCTACTTAAATTCTCTTCTTATTAGGTATTCAGGTAGATTCCAGTTACTCTCCTGCTGTAAATAATACTGAAATAAATATTATTGTGCATGTTTTCTTTCCTCCTAGTGTTTTTTTTATCAATGAGATTAAATTTTCATTTGAAATTATAATTTGGCTGTCAGCTTTGGTTTCACTCCTCATTTTGGAGGTTATCTACGAATGTGCAGATTAGATCCCACATTCTTTTTTTTTATGATAAATTCATTTTATGAAGGAGGGTTTGAACACTAGTTTTTACCAAAATATATACATTTCCTTCTATGTATTTATCCAACTTAATGTTAAGGAAACTGGTAAAAGTATGTCTTTCCATTGGAGATCTCTTTGAAATTTATATATGAGATTTGTAGGACTTTTTTTTTTATGGATTCTGAAGCCTATTTCACAAGACATAGTCTAGACTGGGAAATAAGTATGTCTTTTTTAAAACTCTTATTTAAATTCTTTATGACATTTCAATTGCCTACCAATATCACAGACCAAAGAAAATGCCATTAGTTTGACGTAAGCAGATTTCTTTTGGAATTTTAAAAATACGAAGTTGATTGTATTACAAATTTCAGATATACACATTAGAAAATTATTTCTTTTGGACCCTTTAGGAAAGTATTAATTTCACCAAATCTGCTATACTGGCAGTGTAAAAGTCTTAAACTAACTTTATTATTATTTTTGTCCATTTTCCTTCCCCTCGCCCCCCAATCCCCAACAGGCCTTGGTATGTGTTGTTCCCCTCCCTGTGTCCATGTGATCTCATTGTTCAATGTCTACCGATGAGTGAGAATATGTGGTGTTTGGTTTTCTGTTCCTATGTTAGTTTGCTGAGGATGATGCCTTCCACCTTCATCCATGTCCCTAAAAAGGACCTGATCTCATTCCTTTTTATGACTGCATAATATTCCATGATGTGTATGTACCACATTTTTTTATCCAGTCTATCATTGATAGGCATTCTGGTTGGTTCCATGACTTTGCCATTTTAAATAGTGCTGCAATAAATATAAGTGTGCTTGTGTCTTTAGAGTAGAATGATTTATACTCCTTTGGTTATATACCCAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATGGTATTTCTGGTTCTAGCTCCTTGAGGAATCGCCGTACTGTTTTTGACAATGGTTGAACTAATTTACATTCTCACCAACAGTG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Seq C2 exon
GTCTCATATCTTTTGGGTGAACAGAAGTCTACCTTTGTGGGGCTTACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000162687-KCNT2:NM_198503:3
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)