HsaINT0086386 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000122733 | PHF24
Description
PHD finger protein 24 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29180]
Coordinates
chr9:34958324-34971676:+
Coord C1 exon
chr9:34958324-34958401
Coord A exon
chr9:34958402-34971294
Coord C2 exon
chr9:34971295-34971676
Length
12893 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTAAGC
5' ss Score
8.8
3' ss Seq
CCTCTGCTTTTTGTCCACAGAGC
3' ss Score
11.89
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTGCCGTGGGCTGCGCGGGGCCCGCGGTGTGTAGAGTCCGCCGCCCCGGAGCCGCGTCCCGCACCCGGACGGTCCCG
Seq A exon
GTAAGCGGGGGCGGGGGCGGCGGGGACCGGGCCGTCACCTGAGGGGCGGGTCTGCGGCCGCGGACAGTCCTCCGGGACTCTGAGGTGCTTGTGTGGGAGCCGCCTCCAAGGTGGCCCCCCTGTGTCATTGGATGAACCCCAAGTAGCTGCTGCCTCTACGCCTTGGGGGAGTCCCTGAGGTGCTGTGGGGAGCCGCCCCCATAAAGACCCCCTGTGGGAATGGACTCCCGCGGCGCTGTCTGCATTTGCTGCCATAGGGAGCCCCAGCGTGGAGGGGACTGGCCCCAGAGAGCCCTTCTGTGTCACTGTGGGAGCAGGCACAAGGGTGGTCTCTGGAGCTGGCTCAATGGAAGACCACCTGGGAACATAGGGGAGCCGCAGGAACCTCGAGGTGGTGGAGCCCCCAGAGGGCTCCCTAGAAAAGGAGGACCTGAGACTGTGCCCTAGAACTGTGGGAAGCAACCTCTGACTGGGGAGGGGGATCCTCCCATGGGATCCATGAGTGACTTCCCACGGCTCCAAGGACTTTGGCCTCCACCGGGATCCCTGTAGGGTTCCATGTGCCCTTACTTGTATCCCCACACCGTGGCCCAGAGGTGGGGGCCTTCTAGGGCTGCAGCCTCTTTCCATTCCTCCTCTTTCCCCATTCGGATTTTTCTTCTCCATGGTAGCCCAGTTGCTCCACGCTGCATTTTAGTGGAGACAGAAACTGCTGCGAGAGCACAGGGCCCTAAGCCGAGGATGAGGACCAGTGAGGCCTCTAAAGCAAAGATAGGAGATTTGAGCCCCTAGGTTTGACCGTGCGGAAGGAAGCAGTAAGATCAGGTGGAATAACTGACTTTGGCAGGTCCTGGAGGGAAAGGCCTTTGAAGGAAGGAATAAAGGATGTATGGGATTGTTGAGCACCAGTACGCTAGGCAGTATACTAGGTATGTTTAAACATCTCATATAACTCTTACAACAGCTTTGTGAAATTATCCCCTTTTAAACATTGAGACTCAGAGAGGTTTAGCAATTTGCCCAAGGTCACAAAGCTGATGAAAAACATAATCATAAAATGTTTTTCAAATTTTATTTGGGAAAAAGTACTAAGGAGCAGCAGAAGAAAGAATAGATATTTGTTAATAAGTTGCATTAAGGTGCCTGCCGAGCATAGGGTTTTGCAGTGGTACAAGCTCAGTAAATGTGATGATTAAATAAGTGGATGAGGACAGTTTAACTGGCCATGAGATTGCTGCAGGAACTGATTTCCACAGAATCCCCAGATTTCAGGGTGTGGCTTCCTTCACTGGCAGTCCCACTGTCATGATGCCTTGGGGTGGCTCTGGACCTAATTGAGGCCTCTGGGTGTGGTTTTTGACAGGGCTTTCTCTGGGGATCTAGGGGGACCCTTCTGCGGATGGAGTGTCCCAAGACCACCCTACCTGCTACCGAATACTCGAAGGAGAGAAAGGAGAGACAGGATCACTTTTAGGAAGCACGATCCACACTGTCCTTGTGACCCTCTGACTACATGCACCGGTGGACAATGGTCCACAGATAGCACTCAGGACACTTTTGCCCAAGAGTGCCTCTGCATGAGGAGGAGGAGGACAGGAAAGGTGCAGAGCCAAGGAAGGCTCACTGGGAGTCTGTTAGGGGGAGCGCAAAGGGTCTGCGCCAGACATAGTGTTGCCTCCTCATCTCGCCCCCTCGTTGTTTTCATTCTAGCTGAATCCCAAGAGTTCAACTTTGAGCTCCAAGGATGGATTCTGGTTTCTTGTCCAAAAACGGAGTGGTGAGAGGGCCAAGCAATGATATTCATTAGAGCCATTCTGGAAGGGTTTTCCTGCTCCCCTTCCCTGCTTTCTTCCACACAGTCAAACCTAGTTAAATCCTCCTTGAACAGAAGTGGCTTCCTTTGGCTCCTGGAATTACATAGTGAGGAGAGAGACCAAGCTAGTGGGAAAACAGAACAACATAGTTTACCAGTTGTTAGATTTTTTTTCTTTTAACTCAGTGATGCTACCTTGCGCGCAACTCAGTGGAGTAAAGCCCGACAAAGGTTTTTGTTGGTTAGGACCTCCCCATTGTAAAGTTGTTTATAATCCCCCTTTCAGTTCAAACCCATCTGATCAGCTTAACAGATCAGAATAAATAGGTAGGCATATATTTAAAGAAAGTCAGAAGGACCAAACCTGAAGATATGATCTTTGTTCCAGATCATTGATTTGTCATTGAGGTTTTATTCCTAAATTGGTCTTTTGTTGAGGGTGCTTATTATCACACCCACTCATGACCCTGGAAAAATCACTAAATGGATCCAGGCTCTCCCCTAATCTTGGACCTTGGATATCAGCTTCCCCATGTCCAGCATTGGGTAAAATTAAGATTTCAAAAATCCTAAGAATACAGCCTAACTCTCCCTAGTCACAGCATGAGTCTGCAAATCAAATCATTCCAGAATGTGCACGAAAGATGTCACCAGGTGGCCTTAACCTTCTCAAAAATGCTCTCTCCAAAGGGAAATAAAAGGGGAGAGAACGGCTCACCCAGTTTCATTTGAGCTTACCCAAATGTGTCTGGATTTTACTGTCTGGATTTCTCAACCTTTGATCTTTCACATATTCTCCAATCTTCTAACATTGTCTTCTTCTAACATTTGCCATTCCTTTCCTTCAACATGGATAGTAAGACCTCCCCAGGCCCATTTCCCCGACTCCTTGCAATTTTTTCCACTACACCTGTTCCTAAGTGAATCACATTCATGCAAATAGTTTCCCTTCTCTTTAGCTACAGAATCTATTATCTTTTAGTCCCACACGCTTCTCTCCAGCAGTGCTGCTTGGCTTCTGCTATCTTCATGTCCCAAATTGATTTATTCATTTCTGATGGGAATATCATTATCCACTCCACCCCTCAATCTTAATGACCAAATTCTGACAGGAATTGCTTGCCAGCTTTGGACCAAGAAACCAAGACCATCAGTGTCCAGCTGAAGACATGATTATTTTTTCCATTAGCACATCCCCCTCCATTCTCCCCACTCTTCCAGCAATCCCCTCAGAGACTCACTTACATTTACTAAGTGCTACTTACTTGCCAGGCACTATGCTAGATAAATATGAGAGTTTCTTGCCCTTGAGGAGTTCACATAGAATCAGTCTGCATTTCTCTAATCATTCACTATAAAGAGTAGGAAAAGTAAGGGGGAAATTATGGCATTACAGAATATCCACAGGAACCAATATAGAGTATGCCTTTTCCCAAGCATCACTGAAACTCAGCTGCTGTGCTATGCCTCCTCTGGCAGCCACATTCAGCCCTCCTGCCAGTGCCCTGCCAAAATTACTTTTGCCCATATACTCTGAGTGTAAACTGACCACATTTTTGCCTTCCTTATGATAGTAATGACAGAACCTTTTATTTAGATAGCATGTTACAGTTTATGAAGCCCTTTTAGATATATGTTGGCTGTTTGGTTTTGAGAAATGCTTCATCTTACTGGGGTCCTCTCACTGAAGCAGAGCTGTGTGGGCTAATTGGCTCTCTCTCTTTTTGTATGTTTGTTTTTTTGAGGCTTAGGAGTCTCCCAGAGGGAAAGCCCCAGTGATTCACTACAGTCACCACCTACGAGCTCTTAGGTTGCGAAGGAGTTTCCTGTTGGGTCCTAAGGCCAAACAATGCACTCACTGGTCAGCGCTGGAACTTATCAGGGCAGTCCCTCTTCCTGGCCTCAGCAAATCCAATTCTCTGGGATTTTCTTCCTCCTTGAAACTCAAATACATATTCTAACAAATATTTTAAGCATACTATCTCAAACCAGTTCTTTGGGCTGATGCTAATTCTTATGTGAAGACACGTTTCCTTGCCTATTTCTATCTAGCCCCCAGGCTGGCTTCATACCATCTAAGTCATGATGGAGTCCCCATATAGCTCCATGCCTTGGCATGTGCTGTTACCTCTTCCTGGAATGCTTTTTTTTTTTTTCCTTATCCACTGATGTAACTCCTACTCATATTCAAAATTTAGCTCAAGCAACACCTTTTTTTTTTCAATCCTACACTTATGCCCCCTGCACACGCACATACTCACTGCATTCTCACAGGCTGAATGAGCTTCCATTTGTTCATTCTACCATCAGTTATTAAGCACCTGATTTGTGCCTGACGCATAGTAGGCTGTACTCGGCGAAAGTTTGCAGAATCAACAGAGAAGTAAATGGTGATAATTAAGGTGTAATAATTGCATTACATGGGGCTGAATCTGTGTTTCAGGGAACCAGAGCAGAAAACAGGGAGTGCCTCTCCATCTTGCTGAAAAGCTCTGCTTGCTAAGTGCAGTCTCACCAGCCAATCACTGATGGTGTGATGTTCCTTAACTGTTGCTCTGCCTCTGTGGGAAGTCAGCACTGTGGCTTTTAATGAAGACTCAGGCCCTAAGAGGCTAAGCTCATGCCATAATTTTGCTCTCATCTATATTAGAACTTTGTGAGCTTTCAGTAAATATTAAACAGCAGCAGGATGCCTTGTAGTCTTGAGCTGAGGCCAGAAAGACAGTTTTTCTGTCTAGCCTTTCTGTTCCTTGGAAACCCCAGAAAAGCCCCATGTAGTTGTGACTGTCTCATCCTGAATAAACAGGCTGAATGAAGAGAGGTGGGGAGGTACCAGGTAGACCTTTCAGGGTCTACAAACATGAATACTAAAATTAGTTTCTAGGCTACTGCCAGGTGACAAAATGTCTGAGTAGGAACAGGCTCCAAGAGCACTGTAGTGAGGCACTGGAATTTCCTAAAGCAACAGCCAGTCACTGGAGAACAATCGGACCCCTCGGGGCTTGGATTTCCTCAAAGACCCGCACGAGAACTCTTTTTGATGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTTAAAATCTTGAGGTTGATGCTGATGTTCACAGTAAGCTCAGAGTCTGTGCTATGCATTCAGCGTTTGTTTTGTTTTTTTACAGACCCTGGTTGTGTTGATTTTCCACACTCTTGCAGCTGG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Seq C2 exon
AGCCATGGGGGTGTTGATGTCCAAGCGGCAGACAGTGGAGCAGGTGCAGAAGGTGAGTCTGGCTGTGTCTGCTTTCAAGGATGGGCTGCGGGACAGGCCTTCCATCCGACGCACAGGTGAGCTGCCAGGGTCCCGCCGTGGCACTGTAGAGGGCTCCGTCCAGGAGGTACAGGAGGAGAAGGAAGCAGAAGCAGGAACCTCGGTGGTCCAGGAAGAGAGTAGTGCCGGCCGCGCAGCCTGGGAGCGGCTCCGAGATGGGCGCGGCGTGGAGCCTGAGGAGTTTGACAGGACAAGTCGATTCACACCCCCTGCGTTCATCCGCCCCACCCGGAAGCTGGATGATGACAAACCTCCAGAAATCTGCCTGGAGCCCAGAGAGCCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000122733:ENST00000242315:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.746
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development