HsaINT0089864 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000115919 | KYNU
Description
kynureninase [Source:HGNC Symbol;Acc:6469]
Coordinates
chr2:143743517-143787248:+
Coord C1 exon
chr2:143743517-143743590
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr2:143787196-143787248
Length
43605 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGCGTGAGT
5' ss Score
7.55
3' ss Seq
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3' ss Score
10.23
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
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Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
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A:
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C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)