MmuINT0089098 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026866 | Kynu
Description
kynureninase (L-kynurenine hydrolase) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1918039]
Coordinates
chr2:43631546-43671411:+
Coord C1 exon
chr2:43631546-43631619
Coord A exon
chr2:43631620-43671358
Coord C2 exon
chr2:43671359-43671411
Length
39739 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGCGTGAGT
5' ss Score
7.55
3' ss Seq
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3' ss Score
9.33
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTAGTGGGATGGTTCGGCCATGACCTCAGTACAAGGTTTAACATGGATAACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026866:ENSMUST00000028223:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0026614=Aminotran_5=FE(10.1=100)
A:
NA
C2:
PF0026614=Aminotran_5=FE(5.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types