GgaINT0049954 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012418 | KYNU
Description
kynureninase [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6469]
Coordinates
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Coord C1 exon
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Coord A exon
chr7:32176102-32192203
Coord C2 exon
chr7:32192204-32192256
Length
16102 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGCGTAAGT
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
GTTAGTCGGCTGGTGGGGTCATGAGTTCAAAACACGATTCCTCATGGAAAACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012418:ENSGALT00000020299:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0026614=Aminotran_5=FE(14.4=100)
A:
NA
C2:
PF0026614=Aminotran_5=FE(10.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]