Special

RnoINT0081202 @ rn6

Intron Retention

Gene
Description
kynureninase [Source:RGD Symbol;Acc:71061]
Coordinates
chr3:28508281-28556218:+
Coord C1 exon
chr3:28508281-28508354
Coord A exon
chr3:28508355-28556165
Coord C2 exon
chr3:28556166-28556218
Length
47811 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGCGTGAGT
5' ss Score
8.2
3' ss Seq
ACTGTTATCTTATATTTCAGGTT
3' ss Score
11.14
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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TTTTGGTATTCCAGATGAATTTGCAAATTGTTCTGTCTAACTCTTTGAAGAATTGGATTGGTATTTTGATGGGGATTGCATTGAATCTGTAGATCGCTTTTGGTAAAATGGCCATTTTTACTATATTCATCCTGCCAATCCATGAGCATGGGAGATCTTTCCATCTTCTGAGGTCTTCTTCAATTTCTTTCTTCAGAGTCTTGAAGTTCTTGTTGTACAAATCTTTTACTTGCTTGGTTAAAGTCACACCGAGGTACTTAATATTATTTGGGTCTATTATGAAGCGTGTTGTTTCCCTAATTTCTTTCTCGGCTTGTTTCTCTTTTGTATAGAGGAAGGCTACTGATTTATTTGAATTAATTTTATACCCAGCCACTTTGCTGAAGTTGTTTATCAGCTTTAGTAGTTCTCTGGTGGAACTTTTGGGATCACTTAAATATACTATCATATCATCTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTTTAGTGGGATTGCTTCAAGTTTCTCTCCATTTAGTTTAATGTTAGCAACTGGTTTGCTGTATATGGCTTTTACTATGTTTAGGTATGGGCCTTGAATTCCTATTCTTTCCAGGACTTTTATCATGAAGGGGTGTTGAATTTTGTCAAATGCTTTCTCAGCATCTAATGAAATGATCATGTGGTTTTGTTCTTTCAGTTTGTTTATATAATGGATCACGTTGATGGTTTTCCATATATTAAACCATCCCTGCATGCCTGGGATGAAGCCTACTTGGTCATGGTGGATGATTGTTTTGATGTGCTCTTGGATTCGGTTTGCCAGAATTTTATTGAGCATTTTTGCGTCGATATTCATAAAGGATATTGGTCTGAAGTTCTCTTTCTTTGTTGGGTCTTTGTGTGGTTTAGGTATAAGAGTAATTGTGGCTTCATAGAAGGAATTCGGGAGTGATCCATCTGTTTCAATTTTGTGGAATAGTTTGGATAATATTGGTACGAGGTCTTCTATGAAGGTTTGATAGAATTCTGCACTAAACCCGTCTGGACCTGGGCTCTTTTTGGTTGGGAGACCTTTAATGACAGCTTCTATTTCCTTAGGAGTTATGGGGTTGTTTAACTGGTTTATCTGTTCCTGATTTAACTTCGATACCTGGTATCTGTCTAGGAAATTGTCCATTTCCTGTAGATTTTCAAGTTTTGTTGAATATAGGCTTTTATAGTAAGATCTGATGATTTTTTGAATTTCCTCTGAATCTGTAGTTATGTCTCCCTTTTCATTTCTGATTTTGTTAATTTGGATACGCTCTCTGGGTCCTCTCGTTAGTCTGGCTAAGGGTTTATCTATCTTGTTGATTTTCTCAAAGAACCAACTTTTGGTTCTGTTGATTCTTTCTATGGTCCTTTTTGTTTCTACTTGGTTGATGTCAGCTCTGAGTTTGATTATTTCCTGCCTTCTACTCCTCCTTTGCGTATTTGCTTCTTTTTGTTCTAGAGATCTTAGGTGTGCTGTCAAGCTGCTGACATATGTTCTTTCCTGTTTCTTTCTGCAGGCACTCAGCGCTATGAGTTTTCCTCTTAGCGCAGCTTTCATTGTTTCCCATAAGTTTGTGTATGTTGTACCTTCATTTTCATTAAATTCTAAAAAGTCTTTAATTTCTTTCTTTATTTCTTCCTTGACCAGGTTATCATTGAGTAGAGCACTGTTCAATTTCCATGTATATGTGGGCATTCTTCCCTTATTGATATTGAAGACCAGTTTTAGGCCGTGGTGGTCCGATAGCACGCATGGGATTATTTCTATCTTTCTGTACCTGTCGAGGCCCGTTTGTTGACCAATTATATGGTCAGTTTTGGAGAAAGTACCATGAGCTGAGAAGAAGGTATATCCTTTTGCTTTAGGATAGAATGTTCTGTAAATATCTGTTAAGTCCATTTGGCTCATGACTTCTCTTAGTCTGTCTACGTCTCTGTTTAATTTCTGTTTCCATGATCTGTTCATTGATGAGAGTGGGGTGTTGAAGTCTCCTACTATTATTGTGTGAGGTGCAATGTGTGTTTTGAGCTTTATTAAGGTTTCTTTTACGTATGTAGGTGCCCTTGTATTTGGGGCATAGATATTTAGGATTGAGGATTGAGAGTTCATCTTGGTGGATTTTTCCTTTGATGAATATGAAGTGTCCTTCCTTATCTTTTTTGATGAATTTTAGTTGGAAATTGATTTTATTTGATATTAGAATGGCTACTCCAGCTTGCTTCTTCTGACCATTTGCTTGGAAAATTGTTTTCCAGCCTTTCACTCTGAGGTAGTGTCTGTCTTTGTCTCTGAGATGTGTTTCCTGTAGGCAGCAGAATGCAGGGTCCTCGTTGCGTATCCAGTTTGTTACATCTATGTCTTTTTATTGGGGAGTTGAGGCCATTGATGTTGAGAGATATTAAGGAATAGTGATTATTGCTTCCTGTTATATTCATATTTGGATGTGAGGTTATGTTTGTGTGCTTTTCTTCTCTTTGTTTTGTTGCTAAGACGATTAGTTTCTTGTTTCTTCTAGGGTATAGCTTGCCTCCTTATGTTGGGCTTTACCATTTATTATCCTTTGTAGTGCTGGATTTGTAGAAAGATATTGTGTAAATTTGGTTTTGTCATGGAATATCTTGGTTTCTCCATCTATGTTAATTGAGAGTTTTGCAGGATACAGTAACCTGGGCTGGCATTTGTGTTCTCTTAGGGTCTGTATGACATCTGTCCAGGATCTTCTGGCCTTCATAGTTTCTGGCGAGAAGTCTCCTGTGATTCTGATAGGTCTGCCTTTATATGTTACTTGACCTTTTTCCCTTACTGCTTTTAATATTCTTTCTTCATTTTGTGCATTTGGTGTTTTGACTATTATGTGACGGGAGGTGTTTCTTTTCTGGTCCAATCTATTTGGAGTTCTGTAGGCTTCTTGTATGCCTATGGGTATCTCTTTTTTTAGGTTAGGGAAGTTTTCTTCTATGATTTTGTTGAAGATATTTACTGGTCCTTTGAGCTGGGAGTCTTCACTCTCTTCTATACCTATTATCCTTAGGTTTGATCTTCTCATTGAGTCCTGGATTTCCTGTATGTTTTGGACCAGTAGCTTTTTCCGCTTTACATTATCTTTGACAGTTGAGTCAATGATTTCTATGGAATCTTCTGCTCCTGAGATTCTCTCTTCCATCTCTTGTATTCTGTTGGTGAAGCTTGTATCTACAGCTCCTTGTCTCTTCTTTTGGTTTTCTATATCCAGGGTTGTTTCCATGTGTTCTTTCTTGATTGCTTCTATTTCCATTTTTAATTCCTTCAACTGTTTGATTGTGTTTTCCTGGAATTCTTTCAGGGATTTTTGCGATTCCTCTCTGTAGGCTTCTACTTGTTTATTAATGTTTTCCTGTGTTTCCCTAAGTGTGTTCATGTCTTTCTTGAAGTCCTCCAGCATCATGATCAAATATGATTTTGAAACTAGATCTTGCTTTTCTGGTGTGTTTGGATATTCCGTGTTTGCTTTGGTGGGAGAATTGGGCTCCGATGATGCCAGGTAGTCTTGGTTTCTGTTGCTTGGGTTCCTGCGCTTGCCTCTCGCCATCAGATTATCTCTAGTGTTACTTTGTTCTGCTATTTCTGACAGTGGCTAGACTGTCCTATAAGCCTGTGTGTCAGGAGTGCTGTAGACCTGTTTTCCTGTTTTCTTTCAGCCAGTTATGGGGACAGAGTGTTCTGCTTTCGGGCGTGTAGTTTTTCCTCTCTACAGGTCTTCAGCTGTTCCTGTGGGCCTGTGTCTTGAGTTCACCAGGCAGGTCTCTTGCAGCAGAAAAGTTGGTCTTACCTGTGGTCCCGAGGCTCAAGTTCGCTCGCGGGGTGCTGCCCGTGAGCTCTCTGTGGCGGCAGCAACCAGGAAGATCTGAGCCACTCTTTCCGGGAGCCTCCGTGCACCAGGGTTCCAGATGGCGTTTCGTGTTTTCCTCTGGAATCAGTAACGTGTGCAGAGTGCAGTCTCTTCTGGTTTCCCAGGCGTGTCTGCCTCTCTGTAGGTTTAGCTCTCCCTCCCATGGGATTTGGGTGCAGAGAACTGTTTATCTGGTCTGTTTCCTTCAGGTTCAGGCGGTGTCTCAGGCACAGGGTTCCTGCCGCTCCTGGGCCCTCCCCCACAGGAACCCAGAGGCCGTATACAGTTTCCTCTTGGGCCAGGGATGTGGGCAGGGGTGGGCAGTGTTGGTGGTCTCTTCCGCTCTGCAGCCTCAGGAGTGCCCACCTGACCAGGCGGTGAGGTCTCTCTCCCACGGGGTTTGGGAGCAGAGAGCTGCTGCGGGCCGGGATCCGAGGGTGTGGCGGAGGTGAAGCTTTAATACCGTGTTAAACGAACATCGTTTCCAAGTCCCGTCTTTCATAAACCTTGTTTTCGGGTAGGGCAGAAATTATTCTGCTGCAGGATTTCTGTCATTCCATGTAGCTTGCTCTGTGTCTTCTTTGTCAATAGTCCTGTATCTGTCCAGAAAAAAAATTATTTTGATTCTTTGAGCCAGAATCTATGTATTCCTGCCTGCTCTGGAACTCACTATGTAGAACAGGCTGGCCTTGAACTCACTGAAATCTATGTTTCTCTGCCTTCTGAATGCTGGGATTAGAGGCGGGCAGAAATGTACAGAAATTTTTAACTGTTTTTGCTGCAAGTCACCACTAGTATAAGAGATACCATTTTTATTATTTAATCATTTTAATAAGAATCTACCTCGTCAGACATGAAGGTTGCATCTTGCTTTAAAAAAAAGAAAATAACTATATTTTTCCTTTATTTTTATTCACTTCCGAATCACTCATTTTGAATGAATCTGCTTGCTTTCTGACACAATCAAATATTGTTCTCTTTCAAGACTGCTCCCTGGACACATTGGCACTTGTTTTGACAATGTGTCTAGAATTTATTCAGTGTTGTTTAATGTTGTGTCTTCTGTTTTACGTTCCTTTAAAGGAGCATCTCAGCGCATCTTTTCTGCTCAAGATTTTAAACTTCTGAATCTTATAATTTTATTTAAAAATTATTTTTAAAAATTGTCATTTTCTTTCATTGAATAATGATGGGTTTAGCACATCTCTTCCTTTTTCTGCCTAACCACCCATCAGCCTTTGCTGTGACTTCCTTTCCTTTCTGAGCTCCGTGTAACCTAACCTTCTAATACCCAGGCTAGTCAGTGTGCCCTGTGACTCACAGATGTCACTGTGTTTTTTCAGTATAAAGATTCGAATCAATCCTTATTCAGTAAAATACTTCAGAAATAATCCAAAAAAACTCAAATGTTCTATTATTTCGCTTTTTTTTTAGTAGAATCTCAGTTGATGATAAAATTTTTCATCTTTGGGGCAGATGATAATTACCACTCTGTCCGTAAGTCGCCTAATGCCTCCTTCCCTGACATGTCTCTCCTGCTGATTCCTCTGTTCTGTTCTCTTCGCCCACCCTGTCTTCATCATGGTCCTTCCAAATCCTTCATTGCTTCTTTCATATGTGCTCATTTCCATAATCACATTTCCCAGATGTATGTCATATGTGACACTTTCCTATGAAGAAACCAAACACATACACACAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTCTTTTTCTCTCTCTCTCTCTCAAACACACACACATACACAAACTCACATACAGACACACACATACATACACATATACATACATACCACACACACCACACACACATACACACACATTCATGAACATACATACGCATACATACAGAGAGACATACACATACACCACACACATATATACACACACACACTCATACACACACATACCCACATGCATACATAAGCCACACACACATAATACACTCATATACACACACACATACACACACATACACACACATACCCACATGCATACATAAACCACACACACATAATACACTCATACATATACACTCATACAAACACATACACACACACACACACACACACACACACGCATGCACGTCTACTCACTTCAGGGAGGGAAAACACAATAAACCAGAGTGATATTTGCACGAGAGTCAACTATGTAAAACACAGTTTTCACTGGGATTACTAACAAGGGTTTCTTACAGGAGCAGATATGACTCAAAACAGTACTATCACCAAAATGGCCACCCAATTACCCATTGTGACTGATAAAAGCCCATGAGCTCTGTGTACAACTTGCAGGCAGCTGCTGAAGTCCCAGAATCTCCTCCGGGCATGGGGTTGGTCACAATCCTTGATGGCAGGGTTGTTGTTGCTGTTGTTTTGCCTGTAGAATGTGTTGTAGAGCACTGCATTTGTCTCTTTCCTACATTTTCCTGAGGTGTCTTCATATTTTGAATATTGTTCACAATGTTCCTCTGCATTTATTTATTCCATGCTCTACCCTTCCATGGCCTCTGTGGCCACTCCCTGTGGTTTGCGATTTCCTTCTGCATATTTCCATGTACACAGGCGTGCGGCTTTTCTTGAGAATTTCATGTAGATTTTTTTCATGGTGTGGCTACCCCACTCATCTTGTCATACTGTCCAGACAGACTCGAATGCTTGCAGTCCACGTCACTCAACAACTAAGTCCACATCACTCAATAACTAAATCCACATCTTGCCTTTCAATGCTCGGCAAAGGTCCTTCCTCAAGTTTACATCATAGTGTTAAGTCAGCACCTTCAGTGTAGTTTCATTCTTCTGTTACATGAAATTTTTCTTGACTTGGGAGACTAAGATGCGTGGTTTATATTGCTGGATGGGGGATGCACAGTTGCCCTTCCTCTTTGGTCAGATTTGTGCCCTGTTCCAAGTGTGGCTCGTGGAACATCTTACTATTCTCTTAGAAAAACGAAAATGTTCTTGATAAAATCCCTCAAAAATAGCAAGATCATTTCTTTCCCTATTTGACACATTCGTTAATTTGGTCAACCTTTATAACACAGGATTATAAGCGTCTGTGAACCTAGTGTATATTACTTTTTATTTTCTTTTGTTTATATTTAAAAAGAAAACTACTTTAAATTTATTGGAAGTAGAAAACTCAAGGTTCTGTTTTTCTCAAAGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTATTTGACTGATTAATGACTGATTGATTGGTGATGATTGATGATATTGATGATGATTGATGATTGATTGATTGTTTATTCTAAATTGTTTTGTCCTGTTTGGCTTCTAACAGAGACAAACAAATTTTTCCCTATAAAATCTAGATTTTCTATCTTGCTCAATAAAATAATATTTAATAAAAACTAAGTCCAAACCAAAGGAATACATTTTTTAGGAAATTATTCAAACATTCTAATCACTCTATCCAGTCTTGCTAGAGCAAGTCTCTAGGGTTCTGTTGTAAAATATCATAAGATAGTTGGTGACATCAGCCTTTAACCTTCAGTTTGGCATTTAAAAAGAAACCACCATTAATGTTTTTCTAAATTATTTGAAAAATGAAAAATAAAATAAACTATTTTTATTAAAAACTAAAGTCATTGTATAAGAAAATATTAATTGTAATTATATTTAACTGTACTAAAATAGTATGAGAAATCGATTTTTTCTTATTTTTGATAGTTTTTCATTCTATCGTGTAACATTTATATACTTAAGTATTTGATAACTTACACCACAATTTATTCTAATATTCTCACCACAAATTTCCTACTGTTATCTTATATTTCAG
Seq C2 exon
GTTAGTGGGATGGTTCGGCCATGAACTCAGTACAAGATTTAACATGGATAACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000029993:ENSRNOT00000043533:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0026614=Aminotran_5=FE(7.1=100)
A:
NA
C2:
PF0026614=Aminotran_5=FE(5.3=100)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]