Special

BtaINT0083811 @ bosTau6

Intron Retention

Gene
Description
kynureninase [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6469]
Coordinates
chr2:53855309-53883460:-
Coord C1 exon
chr2:53883387-53883460
Coord A exon
chr2:53855362-53883386
Coord C2 exon
chr2:53855309-53855361
Length
28025 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGCGTGAGT
5' ss Score
7.55
3' ss Seq
TGTTACTATATATGTTTTAGGTT
3' ss Score
9.97
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTAGTGGGATGGTTCGGCCATGAACTAAGCACCAGATTTCAGATGGATAACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000032277:ENSBTAT00000045767:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
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  C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0026614=Aminotran_5=FE(7.2=100)
A:
NA
C2:
PF0026614=Aminotran_5=FE(5.4=100)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]