HsaINT0097911 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000150556 | LYPD6B
Description
LY6/PLAUR domain containing 6B [Source:HGNC Symbol;Acc:27018]
Coordinates
chr2:149987397-150017349:+
Coord C1 exon
chr2:149987397-149987467
Coord A exon
chr2:149987468-150017277
Coord C2 exon
chr2:150017278-150017349
Length
29810 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTTGTGAGT
5' ss Score
6.59
3' ss Seq
TCTTTTTTTATCTCTGGTAGGCT
3' ss Score
8.25
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GCTGATTACTCTGAGTGCAAACCTTTTCACTGTTCCAGAGAGGAGCCTGACAACCACATTCTCCTTCTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000150556-LYPD6B:NM_177964:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)