HsaINT0097911 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000150556 | LYPD6B
Description
LY6/PLAUR domain containing 6B [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:27018]
Coordinates
chr2:149130883-149160835:+
Coord C1 exon
chr2:149130883-149130953
Coord A exon
chr2:149130954-149160763
Coord C2 exon
chr2:149160764-149160835
Length
29810 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTTGTGAGT
5' ss Score
6.59
3' ss Seq
TCTTTTTTTATCTCTGGTAGGCT
3' ss Score
8.25
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GCTGATTACTCTGAGTGCAAACCTTTTCACTGTTCCAGAGAGGAGCCTGACAACCACATTCTCCTTCTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000150556:ENST00000409642:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.071 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development