HsaINT0100294 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000015479 | MATR3
Description
matrin 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:6912]
Coordinates
chr5:138661852-138667366:+
Coord C1 exon
chr5:138661852-138661973
Coord A exon
chr5:138661974-138665033
Coord C2 exon
chr5:138665034-138667366
Length
3060 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
GTAATTCTCTTTCTTTATAGAAA
3' ss Score
8.45
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATAGACTATGTGATACCTAAAACAGGGTTTTACTGTAAGCTGTGTTCACTCTTTTATACAAATGAAGAAGTTGCAAAGAATACTCATTGCAGCAGCCTTCCTCATTATCAGAAATTAAAG
Seq A exon
GTAAGGTTGAATGTAAAACAGTTCTTTTGTGAAAACTTAACAAGTTATGGAAATAAGTGGGGTATATAAGTAAAATGTGTATAGTGTTCTCTCTAGACTCAGTGCAGTGCTTTCTCCTGAAGATAACTTTTTATTTACTTTTTTTTTTTTTTTTAAAGACAGTTTCTCTCTTGTTGCCCAGGTTGGATTGCAATGGTGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCTACCTCCTGGGTTCAAGCAATTTTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGAGATTACAGGCATGCACCACCACACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAAATGGGGTTTCACCATGTTGGCTAGCCTGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCACCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGCGCCTGGCCTTTTCTTTCTTTATTGATGGGTTATCAAAACATCTGTTGAACCTCTTGTCATAGTTTACCCTTGCTACATAACAATTTAGTGTTTTCTAACCATATTATAAATTCTGTGGTAGAATTAAACTTATTCAAGTATTCTCAGATTGTTGTTGGGCTGTACTTTCTCTAATTTGAAAGATGCTGGGAGTCTGAATACTAAAAGTGGCATGACCATTCATATTAAAATAATTTTTAATATTGACATTATTATTGACACTTCAGTTATTTTTATGACCAAAAGTATATAAAGATCAAAAGCATAAATACATAAACCACAACATCACTAAAGAATAATTCCTATTGAGATATATTGAAATTTGTTTTTGTAATTATCAGCTTCTTTGGACTACCTATTGAAATAGTGACTGAAACTTAAAAGTAGTTGCTAAACAAGTCAATTATAGATACCTTGGTTTTTCACACTGCTTTATAATAAGTTAACTATAGTTACTCAGTCATTAGATATGTTCTCTGTTGACTAAATGGATGAATGTAATCTTTAATTTTGGAAATAATTCAAGTTCTTGGCTGTGTGTCACTTCTGTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATGTAACTGCTCTTTGCCACCTATATGTCTTTTACCATCCTGTATATGAAGAAAGAATTGTGGCTATTTGCAATGGTAGCAGCAATGTAGTACAAATTATTTTATTTTATTTTTTTGAGACAGTTTTGCTCTTGTTGCCCAAGGCTGAAGTGCAATGGCGCGATTTTGGCTCACCCCAACCCCCGCCTCCCAGGTTCAAGCCATTCTCTTGCCTCAGCCTCCTGAGTATCTGGGATTACAGGCATGCGCCACCATGCCCAGCTAATTTTGTATTTTTAGTGGAAATGGGGTTTCTCCATGTTGGTCAGACTGGTCTTGAACTCCCAGCTTCAGATGATCCTCCCACCTCAGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCCTGAGCCATAGTGCCCGCCCTGGTACAAATATTTTTATCTGCTTTGATTTTAAGCTGTTTGGGGTCAAAAACTATATGTATTGTCGAGAAGAATATGGAAATAATATAAAAGATTGCTAGGTGCTTCTTGTGGCTCCTTTTATTATTTCCTTATATTTTATTTATTTTTTTTTTATTTGAGACAGAATTTTGCTCTTGTTCCCCAAGCTGGAGTGCAATGGCACAATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCGTCCCGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGGCTCCCGAGTAGCTGGTATTACAGGCGTGTGCCACTTCGCCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAAACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGCTGGTCTTGAACTTCTGACCTCAGGTGATCGCCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCATCATGCCCGGCCTATTATTTCCTTTTATTAAAAAAAAAAAAAAAACTTTGTCACCTTCATCAAGAAACTGTTAAGCATTACAGTAACTTGCTAATGGTAAATTGATACTTTCCTAACTGGATGTTTGTGGGGTGATTTTTTGTTGTTGTTGTTTTTCTTTAAAAGATATAATGGCTTTTAATTCTTACTATTTTGCATTAACTATATAAAGTTGAAATTCCAATGAGATGGAAAGAAGCTTTGGACATTTTAGGTTAGATTTTTTAATATGTCTTTTGTACTTTCATTAGTGTCTTAATGGAGCTCCCGTGTCTAGAAACTCTAGCAGTCACAGGTTTAATGGCAGGGGTCAGCAAGCTACACTCGTGGCTCAGTCATCTGTTTTTGTAAGGTTTTATTAGAACCCACAGCCATAATCATTTAAGTGTCATCTATAGTTGTTTTAGTTTATAATTGAGTGCAGGATTGAGTAGTTGTAACAAAGACTGAATGGCCCAATGAGTCTAAAATATTTACTGCTGGCCTTGCAAGAAAATGTTTGTTCAGGTGATTTAATGAGTAGTGCATTGAGGCCAGATGTGATAGCTCTTGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCGGGGACAGGCAGATCACCTGAGATCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACACGGTGAAAACCCCGTCTCTACCAAAAGTACAAAAAAATTAACTGGGCTTGGTGGCGGGTGCCTGTAATCCCAGCTGCTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTTAGCCGAGATCACGACACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAAAACTCTCCCTCAAAAAAAAAAGAATAAAAGTGCATGTCATTTAAACCCATAGTTCTTGAATAGTGTCAGTTCAGTGTGACTGTGGTCTTTGTTTTCTCATCTCTAAAAATTAGGGTTAATTATAACATTTGAAATACCCATTTTATACCTTTTACCATTTTTTCCCCGTGCCTTATTGTAATGTCCTGAAAGTTTTTGTGTGCTAATGAGGATTAACTAATTGTTGAAAATATTGACAAAATTATAGTTTAAGTCCCTAAACTTGGATATAGGATATTTGATTTTGGAATTAATCCATTTTGCTGCATTTCTCTTAGGTGACTTAATGGCTGTAATTCTCTTTCTTTATAG
Seq C2 exon
AAATTTCTGAATAAATTGGCAGAAGAACGCAGACAGAAGAAGGAAACTTAAGATGTGCAAGGAGATTTAATGATTTCAAAGAAAATAATGGTTCTTTGTTTTTAATGTTAACCTTTTTTAAATACAATACTGATAGTTAGAAGAAAACTATTGTACTCTTTTGTTTTAGTGGAGAAATAATAGATGTCTGTTCATGTGTTAAGTGTTATAGCAAAAAAAATACACATATGGTTAAGTTAATGAATAGTTTTTGTTTTATCAGAATGGCAACAGACAGAAGTACTTTGTAGAGATTGACTTCCTAAGCTACTTAAGACAACTTGCACCACTAAGAAAAAAATGTAGAACCATTTGGAAAAATGAAATTTAGTAGTTCCAAGTTTCAAAGAAATGTCAACATTTTATTCCATTCAATAAAGAACAAAACCAATAGTGTTTTTATTACTTTCATCTGAAACATTCCATGTTTTAATCTGAGCCTTGCAGACTTTCATTTGGAGTTTGAACCCGTTTTGGTTGCATTTCATTTTTGGAGAACTTAATTAACGTGAGATTGGCAATTGAAATGCAGGTGCAGTTTTCTGTTAATGTCATGCTGTTGTTTAGGTAATAAGAAATATTAAGTAATTGGCTTTAGATTTTGTAATTTTTTTCCCTGAGTTCCTGCTAGATTTCGTATTCTAGTAGTCAATGTATTTTCAGTGAAATGCAAAAATATTCCCGTTATCTTTGACCAGTATTAATTTTTGAGATCTTACTGCTTGTCACTTGAATCCCGTGATTGTCATACATCTCTGGTATAAGCAACATTTGATTTTTGAAGTGTGTAGACCATCTCTTCATATTTTCAAGATGTAATTTTACATTTCTGCATTTTTAAAACAGTTTGGCCATAATCCTAGATGCACGCTTCTAATTCATGTACCTGCACATGTGACCTTTGTGAACAGAAATTTGCATGTATAATTTGTGTTTACTTGTAACTTTCTGGTTATATACTGCTTATATCTGTGGATTCAAGTTACTGAAGTGAATACCAATAAAAAGAAAACCCTAGGCCATGTTAATTGGTTATACATGTTTGGAATGTTAACCAACGTATTTGTCAGTTGTGGTTTTTATTCGCTCTTAAACTTTGTGCATGCTTTAACAATTTATTACTTTTAAATCTAGAGTGAATTCTAAAGACTGCCGCTAAAGATCTGAGTTTTAAAAATGTTGTTGCTGGTGGATTTCTTGTTCCTGTTACATAACTAAAAGTGAGGCCATTTGTGGTTTTTAAAAACCTTATGAATTAAAAATGCTACAGGTGAACAAACAGAAGCTTATGTTTAGAGATATTGATGACTTAACAGTACAATTGGAAGTAATACGGATGAGCAAGAATTAGTTCTGCAGCTTTTCAAAATAATTACGTAGAGACTCTTGGTATATTGGATTATCTGTTGTAAACAATTTTTTTTTCTTCCCTGACACAGGGTCTCACTCTGTCACCCAGACTGGAGTGCAGTGGCACAGTTCTCTGCAACCTCAGCCTTTGGGCTCAAATGACCCTCCTACCTCAGTCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCTCATGCCACTATACCTGGCTAGTTTTTGGTTTTTTTGTATAGATGGGGCTTTGCCATGTTGCCCAGGTTGATCTTGAATTCCTGGGCCCAAGTGATCTGCTCGCTTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGACTGTAGGCATGAGCCACCATCCCTGGCCAAGAAACAAAGTTTTAATTTCAAAAAAATCTACAAAAACAGGATAGGCATTGTCTTTCAAATGTTCAGACCCCAGTTTATTAAAGGATACTTCAAATAGTTGGCTAAATTTTATGATCTCTCCCGTTGAAAAGTAGGTGATGATTTTAATGTGACATGCACAAAAAATCCTTGCCAGTTTACTTCTGCAATTTAATTTTAGCCTTTACTAATTACCCACTTCTGTTTAATTCCAATTTTTAACAGCAGGTACATAAAGCATTATGTGCACAATGGAGTTCTTCAGTGTTTCCTTTCAGTGATGGCTTTTTCATAGCTTCAACTTTGTTGGATTTAGCAAGTTGAAGGAAAGAATGCTATGTTTTTAATACCTACATTTGAGAGCATTTAGAAATCAGAAATTATAATAAGCTGTTAGTGATAAATCTGTAACAGCCCTTCGATTACGAGAAAACCTCTTTTTAGTAGGAATGTTTCCACTCATGTTTGCTGTAAAGTTTAAGAACATTTTTCCTACGGCTATGTCAGCCCTTAGTTTAATCTTACATTATCCTACAAAAGTGAATGAAACTTCTAGAAGTACCTTGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000015479-MATR3:NM_001194955:14
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.058 A=NA C2=0.695
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF121713=zf-C2H2_jaz=WD(100=65.9)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)