HsaINT0100294 @ hg38
Intron Retention
Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr5:139326163-139331671:+
Coord C1 exon
chr5:139326163-139326284
Coord A exon
chr5:139326285-139329344
Coord C2 exon
chr5:139329345-139331671
Length
3060 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
GTAATTCTCTTTCTTTATAGAAA
3' ss Score
8.45
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATAGACTATGTGATACCTAAAACAGGGTTTTACTGTAAGCTGTGTTCACTCTTTTATACAAATGAAGAAGTTGCAAAGAATACTCATTGCAGCAGCCTTCCTCATTATCAGAAATTAAAG
Seq A exon
GTAAGGTTGAATGTAAAACAGTTCTTTTGTGAAAACTTAACAAGTTATGGAAATAAGTGGGGTATATAAGTAAAATGTGTATAGTGTTCTCTCTAGACTCAGTGCAGTGCTTTCTCCTGAAGATAACTTTTTATTTACTTTTTTTTTTTTTTTTAAAGACAGTTTCTCTCTTGTTGCCCAGGTTGGATTGCAATGGTGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCTACCTCCTGGGTTCAAGCAATTTTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGAGATTACAGGCATGCACCACCACACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAAATGGGGTTTCACCATGTTGGCTAGCCTGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCACCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGCGCCTGGCCTTTTCTTTCTTTATTGATGGGTTATCAAAACATCTGTTGAACCTCTTGTCATAGTTTACCCTTGCTACATAACAATTTAGTGTTTTCTAACCATATTATAAATTCTGTGGTAGAATTAAACTTATTCAAGTATTCTCAGATTGTTGTTGGGCTGTACTTTCTCTAATTTGAAAGATGCTGGGAGTCTGAATACTAAAAGTGGCATGACCATTCATATTAAAATAATTTTTAATATTGACATTATTATTGACACTTCAGTTATTTTTATGACCAAAAGTATATAAAGATCAAAAGCATAAATACATAAACCACAACATCACTAAAGAATAATTCCTATTGAGATATATTGAAATTTGTTTTTGTAATTATCAGCTTCTTTGGACTACCTATTGAAATAGTGACTGAAACTTAAAAGTAGTTGCTAAACAAGTCAATTATAGATACCTTGGTTTTTCACACTGCTTTATAATAAGTTAACTATAGTTACTCAGTCATTAGATATGTTCTCTGTTGACTAAATGGATGAATGTAATCTTTAATTTTGGAAATAATTCAAGTTCTTGGCTGTGTGTCACTTCTGTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATGTAACTGCTCTTTGCCACCTATATGTCTTTTACCATCCTGTATATGAAGAAAGAATTGTGGCTATTTGCAATGGTAGCAGCAATGTAGTACAAATTATTTTATTTTATTTTTTTGAGACAGTTTTGCTCTTGTTGCCCAAGGCTGAAGTGCAATGGCGCGATTTTGGCTCACCCCAACCCCCGCCTCCCAGGTTCAAGCCATTCTCTTGCCTCAGCCTCCTGAGTATCTGGGATTACAGGCATGCGCCACCATGCCCAGCTAATTTTGTATTTTTAGTGGAAATGGGGTTTCTCCATGTTGGTCAGACTGGTCTTGAACTCCCAGCTTCAGATGATCCTCCCACCTCAGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCCTGAGCCATAGTGCCCGCCCTGGTACAAATATTTTTATCTGCTTTGATTTTAAGCTGTTTGGGGTCAAAAACTATATGTATTGTCGAGAAGAATATGGAAATAATATAAAAGATTGCTAGGTGCTTCTTGTGGCTCCTTTTATTATTTCCTTATATTTTATTTATTTTTTTTTTATTTGAGACAGAATTTTGCTCTTGTTCCCCAAGCTGGAGTGCAATGGCACAATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCGTCCCGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGGCTCCCGAGTAGCTGGTATTACAGGCGTGTGCCACTTCGCCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAAACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGCTGGTCTTGAACTTCTGACCTCAGGTGATCGCCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCATCATGCCCGGCCTATTATTTCCTTTTATTAAAAAAAAAAAAAAAACTTTGTCACCTTCATCAAGAAACTGTTAAGCATTACAGTAACTTGCTAATGGTAAATTGATACTTTCCTAACTGGATGTTTGTGGGGTGATTTTTTGTTGTTGTTGTTTTTCTTTAAAAGATATAATGGCTTTTAATTCTTACTATTTTGCATTAACTATATAAAGTTGAAATTCCAATGAGATGGAAAGAAGCTTTGGACATTTTAGGTTAGATTTTTTAATATGTCTTTTGTACTTTCATTAGTGTCTTAATGGAGCTCCCGTGTCTAGAAACTCTAGCAGTCACAGGTTTAATGGCAGGGGTCAGCAAGCTACACTCGTGGCTCAGTCATCTGTTTTTGTAAGGTTTTATTAGAACCCACAGCCATAATCATTTAAGTGTCATCTATAGTTGTTTTAGTTTATAATTGAGTGCAGGATTGAGTAGTTGTAACAAAGACTGAATGGCCCAATGAGTCTAAAATATTTACTGCTGGCCTTGCAAGAAAATGTTTGTTCAGGTGATTTAATGAGTAGTGCATTGAGGCCAGATGTGATAGCTCTTGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCGGGGACAGGCAGATCACCTGAGATCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACACGGTGAAAACCCCGTCTCTACCAAAAGTACAAAAAAATTAACTGGGCTTGGTGGCGGGTGCCTGTAATCCCAGCTGCTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTTAGCCGAGATCACGACACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAAAACTCTCCCTCAAAAAAAAAAGAATAAAAGTGCATGTCATTTAAACCCATAGTTCTTGAATAGTGTCAGTTCAGTGTGACTGTGGTCTTTGTTTTCTCATCTCTAAAAATTAGGGTTAATTATAACATTTGAAATACCCATTTTATACCTTTTACCATTTTTTCCCCGTGCCTTATTGTAATGTCCTGAAAGTTTTTGTGTGCTAATGAGGATTAACTAATTGTTGAAAATATTGACAAAATTATAGTTTAAGTCCCTAAACTTGGATATAGGATATTTGATTTTGGAATTAATCCATTTTGCTGCATTTCTCTTAGGTGACTTAATGGCTGTAATTCTCTTTCTTTATAG
Seq C2 exon
AAATTTCTGAATAAATTGGCAGAAGAACGCAGACAGAAGAAGGAAACTTAAGATGTGCAAGGAGATTTAATGATTTCAAAGAAAATAATGGTTCTTTGTTTTTAATGTTAACCTTTTTTAAATACAATACTGATAGTTAGAAGAAAACTATTGTACTCTTTTGTTTTAGTGGAGAAATAATAGATGTCTGTTCATGTGTTAAGTGTTATAGCAAAAAAAATACACATATGGTTAAGTTAATGAATAGTTTTTGTTTTATCAGAATGGCAACAGACAGAAGTACTTTGTAGAGATTGACTTCCTAAGCTACTTAAGACAACTTGCACCACTAAGAAAAAAATGTAGAACCATTTGGAAAAATGAAATTTAGTAGTTCCAAGTTTCAAAGAAATGTCAACATTTTATTCCATTCAATAAAGAACAAAACCAATAGTGTTTTTATTACTTTCATCTGAAACATTCCATGTTTTAATCTGAGCCTTGCAGACTTTCATTTGGAGTTTGAACCCGTTTTGGTTGCATTTCATTTTTGGAGAACTTAATTAACGTGAGATTGGCAATTGAAATGCAGGTGCAGTTTTCTGTTAATGTCATGCTGTTGTTTAGGTAATAAGAAATATTAAGTAATTGGCTTTAGATTTTGTAATTTTTTTCCCTGAGTTCCTGCTAGATTTCGTATTCTAGTAGTCAATGTATTTTCAGTGAAATGCAAAAATATTCCCGTTATCTTTGACCAGTATTAATTTTTGAGATCTTACTGCTTGTCACTTGAATCCCGTGATTGTCATACATCTCTGGTATAAGCAACATTTGATTTTTGAAGTGTGTAGACCATCTCTTCATATTTTCAAGATGTAATTTTACATTTCTGCATTTTTAAAACAGTTTGGCCATAATCCTAGATGCACGCTTCTAATTCATGTACCTGCACATGTGACCTTTGTGAACAGAAATTTGCATGTATAATTTGTGTTTACTTGTAACTTTCTGGTTATATACTGCTTATATCTGTGGATTCAAGTTACTGAAGTGAATACCAATAAAAAGAAAACCCTAGGCCATGTTAATTGGTTATACATGTTTGGAATGTTAACCAACGTATTTGTCAGTTGTGGTTTTTATTCGCTCTTAAACTTTGTGCATGCTTTAACAATTTATTACTTTTAAATCTAGAGTGAATTCTAAAGACTGCCGCTAAAGATCTGAGTTTTAAAAATGTTGTTGCTGGTGGATTTCTTGTTCCTGTTACATAACTAAAAGTGAGGCCATTTGTGGTTTTTAAAAACCTTATGAATTAAAAATGCTACAGGTGAACAAACAGAAGCTTATGTTTAGAGATATTGATGACTTAACAGTACAATTGGAAGTAATACGGATGAGCAAGAATTAGTTCTGCAGCTTTTCAAAATAATTACGTAGAGACTCTTGGTATATTGGATTATCTGTTGTAAACAATTTTTTTTTCTTCCCTGACACAGGGTCTCACTCTGTCACCCAGACTGGAGTGCAGTGGCACAGTTCTCTGCAACCTCAGCCTTTGGGCTCAAATGACCCTCCTACCTCAGTCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCTCATGCCACTATACCTGGCTAGTTTTTGGTTTTTTTGTATAGATGGGGCTTTGCCATGTTGCCCAGGTTGATCTTGAATTCCTGGGCCCAAGTGATCTGCTCGCTTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGACTGTAGGCATGAGCCACCATCCCTGGCCAAGAAACAAAGTTTTAATTTCAAAAAAATCTACAAAAACAGGATAGGCATTGTCTTTCAAATGTTCAGACCCCAGTTTATTAAAGGATACTTCAAATAGTTGGCTAAATTTTATGATCTCTCCCGTTGAAAAGTAGGTGATGATTTTAATGTGACATGCACAAAAAATCCTTGCCAGTTTACTTCTGCAATTTAATTTTAGCCTTTACTAATTACCCACTTCTGTTTAATTCCAATTTTTAACAGCAGGTACATAAAGCATTATGTGCACAATGGAGTTCTTCAGTGTTTCCTTTCAGTGATGGCTTTTTCATAGCTTCAACTTTGTTGGATTTAGCAAGTTGAAGGAAAGAATGCTATGTTTTTAATACCTACATTTGAGAGCATTTAGAAATCAGAAATTATAATAAGCTGTTAGTGATAAATCTGTAACAGCCCTTCGATTACGAGAAAACCTCTTTTTAGTAGGAATGTTTCCACTCATGTTTGCTGTAAAGTTTAAGAACATTTTTCCTACGGCTATGTCAGCCCTTAGTTTAATCTTACATTATCCTACAAAAGTGAATGAAACTTCTAGAAGTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000280987:ENST00000394800:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains