HsaINT0101654 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000160563 | MED27
Description
mediator complex subunit 27 [Source:HGNC Symbol;Acc:2377]
Coordinates
chr9:134889724-134952973:-
Coord C1 exon
chr9:134952829-134952973
Coord A exon
chr9:134889855-134952828
Coord C2 exon
chr9:134889724-134889854
Length
62974 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
TGTTTTGTTTTTCTCTGCAGTTG
3' ss Score
11.13
Exon sequences
Seq C1 exon
TGAGCTGGAACGTCTGAGCAATCTGGTAGGCAAGCCATCTGAGAACCATCCTCTTCATAACAGTGGGCTGTTAAGCCTGGATCCTGTGCAGGACAAAACTCCTCTCTATAGTCAACTCCTTCAAGCATATAAGTGGTCAAACAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)