GgaINT0125248 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000003683 | MED27
Description
mediator of RNA polymerase II transcription subunit 27 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001264204]
Coordinates
chr17:6387698-6414404:-
Coord C1 exon
chr17:6414260-6414404
Coord A exon
chr17:6387829-6414259
Coord C2 exon
chr17:6387698-6387828
Length
26431 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAACA
5' ss Score
8.92
3' ss Seq
TATGTTTTTTCCTTCCCCAGCTG
3' ss Score
10.18
Exon sequences
Seq C1 exon
TGAGCTGGAGCGTCTGAGCAATCTGGTTGGTAAACCATCTGAGAACCATCCCTTGCACAACAGCGGACTGCTGAGCCTGGATCCTGTTCAGGACAAAACGCCTCTTTACAGCCAACTTCTTCAAGCCTACAAATGGTCAAATAAG
Seq A exon
GTAACAGAATACATCAGCGTAGTTTAGTTGTATATTTCTCCAGAATGACTGGTCTGTGATACAGGAGACCTCTCAGTATATAAGAGCGTCAAAACAGTATGAATTTGGCCAGCACAACGTGTACCCGGATGTACTTTCAAGGGTGAAAACTGTGTTGCAATTAAGGAGGCTTGTCTACAACATCATGGTTGGGCCCTTGTTTTTCTAAGAGGTGTGTTAATTCCCAAGCTGAAACATAGTTTCCGAGATATCTGTTTAGCATTGTCTGAAGTAGATTGTATCTGTCAGTAAACACTGTAGCAGAAATCAGTGGGATGTTAAAGCAGAGGATGTTGAGTTTGTCCCCTACCAAACTTACTTCTAGAAAGGAAACTGGGAGGGAAGTTGTCATTGTCAGAAGTATCGATGGCTTTCTGTGCTATTTTCTGTCATTAACATTATGTGAACTTGACTTTAAAAGAAACTGTGGATTGGAATGTATTTTTAAGTAATGTAAAAAGAAATTGCAGGTAATGATAATGTACTTTGTTATGCTTTTAAAAATGAATTGTTGAGAGAAACTTTCTTCTGGTGAGAATGATTCAATAGTACTGTTTGCTGAATATGTCAAGGGATAGAAACTGATAGACGTATTTGTTCTGAACATACTGTTCTCATGGAGGGTCAAAAATATCCCTTTCCTCACGTCTGATTTTATTGAATAAGTAAACATTGCATTATGGCAATCATATTAATCCCTGTCTGAGCATCATTACGCTTCAGGTTGCCTGTTCCCATCCTAGTTTTTTTCAATTTGTGTATTACTTTTTATAGAAGTAATGAAACTCATTAGTATTTAAGATTCCCCTTAAAAATCATTTTGAAGTATTATTGATCTGTTACAAATCATAAAAGATGGATTCATTCCTGTCAGTTGTTACTTGTGAGAGATTCCAGAGCTGTAGCTCTTAACAGCTGTGTATCAGGCAGCAGAAGGAAGCAAGAATAATAAACCTGAAAATAGCAGGGGCATTAAAAGAAACAACTCTAAATTATTTACTGCAGTATGTGAGCAAGGAAGACTTTCTGACTACACAAGGACTTGGTAGGCAAATCCTTGTTATCAACAACTGAGCCAGCTGATTTAACGTTAGTCAGGCTTAAAACACAGTGCTGTAGTGATGTTTGTATGAATTCCACGATATACCTGTATGGTAGCTCTTCAGAATGCAAATATGTGCTAATGTCTGCTACCATCAGTAGAATTCAACACCTGAAGAAATTTGGCTTGGTTGGCAAATAGGGAACTGAGAAGTGGAGTTTTAGTGGTTGAGAAATGTATCTTGTTTGCTTAGTTTTCTTGCTGTTACTCAAACCAATTATTGGCACTGAAGAAGAAATAATTAGTTTGCTACTTTCAGACAAAACCACTTCACATTTATACTTGAAAACTTCTTTAGGATATCATCAGAGTTTTGGTAGAGTTATTCTAATGGAGTTTTTGTTATTAAGAGTGTTACAGAATGGCCTGGGTTGAAAAGGACCACAATGACCGTCTCGTTCCAACCCCCTGCTGTGTGCAGGGTCGCCAAGCACCAGACCAGGCTGCCCAGAGCCACATCCAGCCTGGCCTTGAGTGCCTCCAGGGATGGGGCATCCACAGCCTCCCTGGGAGGTTGATTCTCCCTTTTCATTTACCTTTTATTTCAGTTCTATAACAGAAGTAAAACAGACTGCTTAAGTTCTATTTAACTACTTTTGACCTAATAGTTATTCTGAATTTTACTAGCTGCTTTTCTAAGGTTTGTAGTAACCAGCAGACAGGAGTAGGTTGCCTTTGTTCCTGACAGCAGATGTGTTACCTGTGTTGGAGGTATTAACAGCTGGATACTGCCATTAGCATTGAGAGCTGTCGTGGTGCTTGCATAGGTTGCTGCTTAATTTTTAATTGTTAAAAACACTTCTTGAATAAGTGATATTTCATTACCTCTTTTGACCACCTTTTGTTGTTATTACTTGTGCCTGATGTTTTCTGTTGCTTGGCAGGGAGAATTTAGATGCGGTGTTGTGTCAATACACATTTAATTTTTAATTTCTGACCCCTTTGTGGCTTGCTTGCTTGTATTTTTGATGAGCTGAGATAAGGGCATTTTCCTCTCTCTCTGATTGTTCATGCATTGCTGATGACATGAGTAGCCGCACAGCTGCCAGGGGAGGATAGATGGAGTAGAGTTTCAGGGCTATGGTGCAAGTCCTAAAAGACATCCATGAAACAAAGGGGGAATGAACACATGCACACTTTCTACTGTGTGTTTCAGTGCCTCTTGTTTATTCTTAAAGTGTGGGAGTGTGGTAATAAAGCAGCTTGCAATAAGTAAGGTCAGTAACAATAGCTGCGCTATCTCATGAGAAGGGAATGATTGCTTGGTATATCAAAGTACTGTATGTTTTTTGGGGGGGGAAATGGCTTTGCTGCATTCTTTGTTAATTATTTATTTTATTGAAAGCTGAAAGAACAATTAGAGACCTGAAACGGTGAGCATTTCAAAAAATAAGTAAATCAGCATTTCCTATCATGGTCTGGTTAAAAGCTGAGATGTTTCTTGTGTCCATTTATATCAGTATATCTGCTTTGGAAGATACAGCCGTGGCCAGTTCTCTGTTAATATAGTAACAGTCGCTTTCCAAATACCCTGATCCACACAAAGCTCTTTAGATAACAGCACTGCCAAACTGTTGCAATAGTTATTTCTTGAGACTAAAAGCTTTGTTTTGATGTTGGGTCAAATGAATACCCGCTGTTGGGTGGGTTTGGGGGGCAAGGCCAAGCTTTTAGGATTAAGTAGCCATGTTGGGAAGTATAGTGAAAATGGTGTTCACTGACTTTTTCCCTACAGAACTGTGTTATCCTGGCAGCTCTTGTTATTTATTAGCACCTGCTATCCTGATATTTACTTACTGTAGTTTATCCAATAGTTTTGCAGATGGTGAAGTCATTCGTATAACAGAAGCAGCTGTTTGGGAACTCAACAGCTTGTGAAGAGCATTAAGTACACATACAAACAGCTGTACAACTTTCCCTTTCCAGGTGTTTAACAGAGCTTAAAAACCAGTGCTGACATAAACATGGAAAGTTTAAAGTGATCTTAGTACAGGAGCTAAGTGGTTTTGTCTTTGCTTTTGTAGAAATCATGCAGGTAAGTTACTGTGGCTGTGGGTGTGCAGAAGCACGTAGTAGCCTTGGAACAGTGCTCAGGTCTTCATAGATTTATTTTTTTTTCTCCTCTACAATTTTATTTAAGAAATGACATTTTCTTCATCACGATGCAAGTACTGTTACTCAGAAGAATCTTTACCTCTAATATAATGCTGAAGATGCAGTGTGAGATGAGACAAAATGGAGCTGTTGTTCTGGATGGGTAACTGGCAAAGGTGTTCTGTGGTTTGAGTTATGTCTGAGGTGACAGTGGGAAGAGATTCTGGCTGTGTGTGTGCCCTGGTCCTGCTTACCTTTACTGCCCTGTGTGGTGATGCTGACTTCTGTTGCCAGCTGCTTCCTTCTGCCGTTCTGATAGAAGTCGAGGAAGGCTTTGAGGGAAACAAAGGGTTTTCTGGGCAGGAATGTAATTATTGATGATGGGATTAAAGCAATATAATGTACATAGCCCAAACATAAAACATTTAATGAGCTCATGCTGCTGTGGCTGTCTGATCCAGCTGTGGTGATGCTAGCAGTTAGGGTAGATGCAGGGTTTTGGGATCCAGGAGTTTGAACTCATGCTTTCAGAAAGGGAAGAACTGCTGCTTTAACGAGGTTATTTATTGCCTGTAGTGTATATTTGTTCACCCTCTTTGCCCTTGGCAGAGCATTTGTATACCCTCGCCCTGTGCATGCCCGAGGCATTGTCTGTTAAGGTGTTCGTTCCCTTTGACTGCAGTGGAACAGCACATGTACAGCATGCTCTGCTCACCGAGCTGGGCAGGTGTTCTATAGGGCAGGTTCCCCCTCTCTTAGGGGGTGCTGCCAAGTAGCTTACGCTCAGCATTTGAGCTGTAATCACTAGTATAGATTTGTTGCTTATTTGTTGGTTTTTTTTTTAAATTTTTATTTTTATTTGAAGTGAACACTCAAAATGAATCAACTGCCCAGCTCCCCAGAATTGCTCTTTCTGCCAGCATTACAAAACATTGAGCTTGTTGGACAGCAGCAAACCAAGTCTTCTCTGAGCTGCTGAGTAATTGCAGTGTCCTGACCCATTACTGAAGATTTTCTGCATCTTCTCTTTCTTTTTTTCTTGGTGGGATGTGGTTTCTTTTCAGACTCCCAAGGCATACTATTAACAGTAGCCCAAATAAGGGAAATCATAGAGCAGTGGTCATCTTGAACAGATCGTGTTATGTTAACATTTGTCCTTGCCTTTAATTCATTGAGGTACATTGTTGGCAGCACCACTGAGCTGGGCAAACTTATGTTGCATCCTTCAATTTACTCTTCTTACATTCCAGCACTTCAGGAATTTGCACCAATGTCCATGGATGTATTTGAATAGAGGGTTTCATGTTGGATGTTATCATCATGATGTGGTATGGAAACTTCCACAGACTTATCAGAGATGCTGTAAATACTGCGAGAGAGCAGAAGCGAGCAGTTGTCATGCATTTATTTGGAAGTTATGCAATGGTAAATACAAACCTAGAGAAAGATATTGCTGTTTGTATGCAGCTGAAAATACATCTCGAAAATACTTGGATTTCAGATTGTTACTTTAGTAGCTTCCTGTTGTTTTACGTGAATGTAAAATTGAACTGTTGAGATAATTACCGTTAATGAGTTAAAATGATTTTCAGTCACATGACAAAAGAAAAAAGGAACCTGCAGTTTTTGATCATTAAATTATCTTGATATGTTCTCTGATAGATTATTGGTATAAATTGTGTTTGTTGGAGGTCTCAAAAAAGAAAAAAAAAATCAATAGAGCCTGTAGAGAAAGTCCAGACTTGCTGGGCTGCACTTGGTGGCT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Seq C2 exon
CTGCAGTACCATGCCGGGCTAGCATCTGGCCTTTTGAATCAGCAGTCTTTGAAACGCTCGGCCAACCAGATGGGGGTATCTGCAAAACGCAGACCGAAAGCCCAGCCAACAACTCTCGTCTTACCTCCTCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000003683:ENSGALT00000005834:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.347 A=NA C2=0.318
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]