RnoINT0091220 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000013933 | Med27
Description
mediator complex subunit 27 [Source:RGD Symbol;Acc:1564993]
Coordinates
chr3:7887534-7946664:+
Coord C1 exon
chr3:7887534-7887678
Coord A exon
chr3:7887679-7946533
Coord C2 exon
chr3:7946534-7946664
Length
58855 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
GTTCTCTCTTGTCTCTGCAGCTG
3' ss Score
11.81
Exon sequences
Seq C1 exon
CGAACTGGAACGTTTGAGCAACCTGGTAGGCAAGCCGTCTGAGAACCACCCTCTCCATAACAGTGGGCTGCTAAGCCTGGATCCTGTGCAGGACAAAACTCCACTCTACAGCCAGCTTCTTCAAGCATACAAATGGTCCAACAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]