DreINT0094897 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000009681 | med27
Description
mediator complex subunit 27 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-1601]
Coordinates
chr8:11917609-11947649:-
Coord C1 exon
chr8:11947505-11947649
Coord A exon
chr8:11917740-11947504
Coord C2 exon
chr8:11917609-11917739
Length
29765 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGT
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3' ss Seq
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3' ss Score
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TTGCAGTATCATGCAGGTCTGGCCTCCAGTCTTCTGAACCAACAGTCACTCAAACGCTCAGCCAATCAGATGGGAACATCTGCCAAACGAAGACCCAAAGTCCAGCCAAGCACCCTCGCCCTTCCAACACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000009681:ENSDART00000005140:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.224 A=NA C2=0.386
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]