HsaINT0106311 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000003987 | MTMR7
Description
myotubularin related protein 7 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:7454]
Coordinates
chr8:17341363-17349081:-
Coord C1 exon
chr8:17348953-17349081
Coord A exon
chr8:17341498-17348952
Coord C2 exon
chr8:17341363-17341497
Length
7455 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CACGTAAGT
5' ss Score
10.16
3' ss Seq
GCTGTGACCTCTCCCCCTAGGCC
3' ss Score
11.43
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCTGTGACTCTTATCCTACTGAACTGTACGTTCCCAAATCGGCCACGGCACACATCATAGTGGGGAGTTCCAAATTCCGGAGTAGACGGCGATTTCCTGTCCTTTCTTACTATTATAAAGATAACCAC
Seq A exon
GTAAGTCTCGAGGCGTGTTTTTGTTTTACACTTTGCTTTTCTAGTTTATCATAAGCAGGCATTTTCTAGCTGCCTTCTGCTGTGCGTGTGTGTGTGTTTGAATTCTTCAGAAGGTATGTGGATATTCCTGTGCATGGTATGACATGATACAACTATGCTAAGTCCTTATCTCATGTAGACTTCCTATGTTTATTTGACAGTAATGTAATGATTCAGAAAATGACTCAATAGATTCAGAAAACCCCTAAAGCTAATCATGCAAGTGAATACTGTCCTAAGTGGGCACCTTGGGAATCTCTTTGCTTATTCAGTGCTGGAGATCTGTGGCATGCCTATTTTAGAAAAGCCCCCGAAGTCCATGGCCCATTCTTTTTCTCTATTACGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCTGGGCTAGAGTGCAGTGGTGCAATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCTTTTGTAGCTGGGATTACAGGCACCTGCCAACATGCCCAGCTAATTTTGGGTTTTTTTTTTGTATTTTTAGTAAAGAAGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGGTGGTCTTGAACTCCCGACCACAGGTGACCCACCTGCCTCGGCCTCACAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCCGGCCTTATTACCTGTTTTTAAATTTCATGTTCTTTTGAGTATCTTCAGTATAAGAAATCTTTGGTTATAGAGAGCATGGGTTTTATTTTTAAAATATTATTTATAAAAGCCAGAATTGGGTTTGTCTGTAATAGAGACTCTAAGTAACAGTGGCTCTAAGAGGATACAATTTTTTTCTGTTGCGTAAAATTACCAGGGTGCGCAGTCCTAGCCTGGTAGCCTGGCCCCACCCCACTTAGCCTTCAGGTACTCAAGCTCCTTCTACCTTTCTGCTCTACCACCACCTGGATTTGGCCATGGCCTGCCTGGTGCAAGAGGTCACTTCAGTACAGTCACCACCCACACACTGCAGGTGGCAGGTGACGGAGGGCTAATGTTGTGTGCCCAGCTTTTTAAGGAAGGCTTCCAAAAACTGCCACGTGACACCTCCCTTTCATCAGAATTGCACAGGGCAGGTGTGGAAGTACAGTGTTATGGGTGGCCATTAAAATAGCTAAAACTTAGAGTTCCATTTCTGCGGAGGATAGGAAAACAAATTCGGATGAGCAAGAATGGTCTTTGGCACCCACTTTTAAAAGGTAGCAAAAAACCACCTTTAAAAAAGGTGGTTTAAAAAAACAAAATGTTCTTTGGTTCTAGCAAGGTGAGAGAGAAACTTTAGTTTTTAAGCTAGATAATATACTTCTGGATTCAAAGCCGAGTGAGGCTATAAACACAGGAGATTGTGTGAGTGTGTATCCACATGCCTGCACCTACAGCCGGGGGGTAGAGCAGGGTCTCAGTCAGATTCTAGAAGCTTCCAAAAATATCTGGAGCAATGCCAGCTTCATCAGAGTGAGCACATAGCCCTCTCTGTTGCTACTTTGAAGGAAAATATTAATTTGGTGGTGAAAGTTCTGTGAATTGGATAAAAATTATTTTTAGTTATACTCATTGCTCTTCTTCTTTTCCTAGCCTTGAATTAGGGTCTAAAGTATTTTATTAACTCTGAATGTATTTCAGCTTGCACAGAGCTGGAGCACTGGTTAGAGGCAAAGGAAGATGTGATTTTTTTTTTTTTTTTTCGGAAACAAGATCTCACTTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACAATCTTGGCTCACTGCAGCCTTGACCTCCCCAGACTCAAGTGATCTTCCCATCTCAGCCTCCCGAGTCACTGGGACCACGCGTGTGCCACCCGGCCCAGCTAATTGTTTTGCATTTTTTGTAGAGACGAGGAAAGCCATGTTGCCCAGGCTGGTCTTGAGCTCCTGTGCTCAAGTGATCTGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGGCGCCGCCCCTTGCCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATTAAGATAGGATAAATAGAGATAGGAAGTTTCATGATGTTGCACTTGAAATTAGGTTGCTGGTAACATGCACATTTTTTTTTTTGTAGCATCCATTGATTAAAGAAGAGAGAAGATGAATCCAGGAGAGGGAGAAACGATCTTTTATTGTTGTTTCAGAGGTGTTTTATTGTTGTCTGTAGAATATTTAAAAAGTGAGCACAGTGTGCCTAGCAACTCCCTTTTTATATTCTTGAGACAAGGGACATTTTACTTTTTGTCAATGTGAGTAGTATCAGGATTAAATATGTATTGTCTCAGAAAGAGAATTTTTAGCAGTTAGACCTCAGAGGCAGCTTCTTCCCCGGCTGACCTCAGACCCACATGGCTCCACGCCTGCTCCCCCAAGTGCTATTTTACTGAACCTCCAGGCCTGAAAATGAACTCACACAGCATAGTTAGAGCTTAAGAGTATTCATTGCCCATATTTAAGATTTTAAAGCAGAAACAACCTGAAGCTCTAGCTCTTCTTCCAAGGTACAGAACAGAGATGTGTCTCGAAGCAGCGCTGCGTGATCGGGTTACCCCAGGGAAGTCCCGAGTGAGCACACACCTGCCCGCCCACTCTCCCACCCCATGAACTGAAATCTATTTTGCAGGTGGAATAATGATCAAATTTGTGTTTTATAACAATGTTTACATTTTAATATCAAGGTTAATTATATAAATGCTTCTGATTTGACTAGGGCTTTTCCTAAAGGGAAGTATTATTACCAAAGGTGGATTTCTGTGCTTAATGGAAGACACTGAAATACCAGAGTAGTTATCTGTGCTGTCATTGCTCATCGATGGCCGTATAGAAAACAGGCAGTCTCCCACAAAAAGTAAACAGGTACACATTCCATAAATTTGCTGATCTGTCTTTCTTCTCTTTGGTTATTTGAGACATTTTAGGCTTAAAGAGTATGTATTCCTACCCCCAAAGAATTTATGCTTATGAATAAGGATACTACATTTTATAGTGAAAATACTGTTTCCCACGTATGCTACCAAAGGGACACTTTTGATTTTGGTGGTGAGATGACTTGGCTAATTTTGGGCACTGGGAACTGGTGATCAGATTAGGAGAAGCTTGAAGTGCACGAGATTTTATGAACCTGAAGTTCTGTTCAATATAAAGGCCCCTGTGGAGGGTCCATCTTTCCCTTTGTATCAGCTGTTACCACATGTAGTGTTAGGTTGGTGCAAAAGTAATTTCAGTTTTTGCCATTACTTTTAATGGATGTAATCACATTCTTTCACCCCTGTGGTGAGGGAGGGATTCCTGCTCTAGGTTACAGGGACAGCCAGACACACAGCACTTGACACTGGGCAGGTGAGATGAACAGTCACATATACTCACTGCCAAGGGGAGGAGGACACCACAGCCCATGAAGGGGCACATGAGGTTGCGCTGAGGAGCAGAGTGACAGCCAGGGGCTGTGAGAGGCAGGCTGTGTAGTATCAGGAGCGTGGGGTCACCCTTGGTTCCCACAGGAGGATGTGATTAGCTTGCGTGCATCATTCCATGACTGGCAGGGAACTAAAACCTGCTTCTGGGGGACGGGCAGGAACTGCACCTGGTCTGTTGGATAAGAATTGTTTCACTTGGGAACCTTACCTGCAGGAGCAGAGCGTGGCAGGGAACTTGCAGTGAGGCCATTTGAGGCCCTCTCGGTTTTACCAGATGTCGAAGCAACACATAATATTAATTTTAGGCCTTACGCACATGGGTTATGTAGAGCCACGTGGGCTCCCTTTGAATATCCAGCTATTAACAGCTTTATAGATCATGGTTAGAGATGCTTAGTCATGTGCGTTCGGAATTCTGTGCATCTTTCTTTGAGAGTTCTTAGAATTGCTATAGCCTTTGTTCTTTATTACGCTAGGATTTTTTTTTTAAAGTTTCACTTTAAGATGGTGCACAGCATGGTCTCCCAAATTTACAGTACACATTTCGAGGAAACAAAACTCTAGAAGATTTCCAGTGAGGCAACTTTCCTTAGGAAAAATACAGACCTTCATGGTCTCTTTTCATAATGAATACTTATTGAAACTTCCTATGTGTTAGGCACAGTGCCAGGAGTTTTACAGTGTTATGCCCCTTCTCACACTCTGTAGTTTTAATATTTTACCCATTTTATAGATGAGAAAACTGAGGATCAGAGAAGATACATAAATTACCCAACATCATACAGTGAGTGAGAGCACAACTGGTACTGGAAGCCAGGTCTTTCTGCTGCATCTTTATGTTTTGAGATGGAGTCTCGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCAGCTCACTGCAGCCTCTACCTCCCATGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGCAGCTGGGATTACAGGCGTGCACCACCACTCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAGACAGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTGCTGACCTCAGGTGATGCACCTGCCTTGGCCTCCCGAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGTGCCTGGCTTTATGCTGTATCTTAATAAGGTATTGTGCTGCCTGACCTATTTCCTCCCATTGGGGCTTGAATTACTTTGTTAAGAATTCAGGATCAGGAAATACTCTGTCTGGATTCAAATCTTGGCTTCCCTATTTACTAACTGTGTGACTTTGAGTATGTTACTTAACCTCTCTGTGCTTTGGTCACTTCATGTATCAAGTGGAGCCAATAATAGGTCTTATTGTATATGATAATTAGGCTAATTAAATAAAAATATGCAAAGTTCTTATAATAGTGCCTATCATATAAACACTCAAAAACAGTAGTAAGCCATCAAAAATGTTGAATATTTTAATTATTAGTAGCATTGTAAATGAGCGCTATCCCTTCCGGTTTACAACTGA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Seq C2 exon
GCCTCCATCTGCCGGAGCAGCCAGCCCCTGTCCGGCTTCAGTGCCCGGTGCCTAGAGGACGAGCAGATGCTCCAGGCCATTAGGAAAGCCAATCCAGGAAGTGACTTCGTTTATGTCGTTGACACCCGGCCTAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000003987:ENST00000180173:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF066029=Myotub-related=FE(12.2=100)
A:
NA
C2:
PF066029=Myotub-related=FE(12.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development