HsaINT0108336 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000041515 | MYO16
Description
myosin XVI [Source:HGNC Symbol;Acc:29822]
Coordinates
chr13:109699264-109704823:+
Coord C1 exon
chr13:109699264-109699339
Coord A exon
chr13:109699340-109704647
Coord C2 exon
chr13:109704648-109704823
Length
5308 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGT
5' ss Score
9.72
3' ss Seq
TTCATTTATTTATTTCCTAGCTA
3' ss Score
6.3
Exon sequences
Seq C1 exon
GTAATGTATGATGTTGTTGGGGCGATTGAAAAAAATAAAGACTCCCTTTCACAGAATCTTCTATTTGTAATGAAAA
Seq A exon
GTAAGTTGATTTTTTTTCCTGCCCTACACTGGTTAAAATGCCATGCATCCGTTATTTCTTTATCTCTGAATATTTTCCTAGAAAATATGCTACCAGCTAAAGCATAATTGAAATGCCTTTTGCATTCTAATGCCCAGACTAATGAGAAATGGGTCTTGCTGCACTATATGTTGGCTACAATGTAATTTGGAGTCCAATGGAAACCATAATTTAACTAAGCTTTTAGCAGATAGAAATGTAAAATACCCTTACTACTTTAGTGGGTTGAATATAGAAAAGCTTTTCTGTGAAGACTAATGAAGATGAGTATGGCTTCCAACGTTATTTAAGCCACAACAGGGAGAATTTCATTACTTAAGATGACTCTGGAGCACAACTAAGGGTGGTATTTTATTCTTATGTACTTTCAGTTATAAAATATTCATGCTCACTATGTAGGAGGAGTAGAAATAGAAGGAGTATATATATGTATACACAAGTAAGTTTAAATGTATAGGACCCTTCTACTTAATGAGCATTAATACTTTATATGCATATATCTACTATAATTCTACACTATATACAAGACTGTATACAAAATGTATATATGTGATAATTAAATGTATATTCATACATATATACATAATTCTGCCTCTAGTAATTATTTTCTTAACAGCAGTTCTGCAGTGATTCACATTTTTCTAATAACCTTTATAGTGAATTAAAACATTGCATCTTGTATGCTTTAAGTTGCTATAAATGAAATAGTCATTCATCTTTAAAAGAAGCACAGGATAGCTTTTTCGTGAAATAGTTGAATGCTCTAGCATTGAAAATAAGAAATCTATATCACTTCTGGTTTGAGAAACATATTTGCCTCAAATTACAGCAGCACAGCTGTAATACACTGTTTTTCACTGAAGATTATTCTGCTTGCTTCTCAGAACTTATGTTTATTGTGAGTTCTCTTAGCTAAAACTAACAAAAAAAACAAAGAATAACATTATGAAGACGGAAAAGAATTGGTCTTATTTATTATCATTGGAAAATCTTCCTTTTAGTGTGCTATTATTTGCACTTTTATTTATAATGCACTTCTCTTTTATGGAGATCTAATATATAGCATGTATTTAAAAGTTTACACAATGCTTTTTTTACTTTTGTATTTCATGTTAATAGGATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTTAGAATGAAAATATGATGGCTAGTCTGCTTATCTTAATAGAGTCCCTGTATTTTAAAATCATTCTTTTATGTAAATTTGTACAAAAAAAAGTTCCAGGAAAAAACAATTCAGTCTTTTTTTTTATTCTTTAGGAGGAAGGTGCTTCTGAGCAAAAGGACAGAATTTACAATGTACCCTTTTGTATTTATACAGGAGGTGTCAGATTTTTTTTTTTGTAAAGGGCTAGAGAATAAATATTTTAGACCTTGTGCACCATAAGATCCTTGTTGCAGTTACTCACCTCTGCTGTTATAATGTGAAAAACAGCTGTAGACAATACAAATGGATGTGACTGTATTCTGATAAAATTTTATTTACAAAAACAGGCAGTGGGCCATGTTTGGCTCAGGAGCCATGATTGCTCACTCACTCTATCATAAAAGCAAAATATTTGTGGTTGCCATCATGTTTTATGAATCTGTGAAATACTTTGATGCTTGTACATATTTATTAAAAGCAAGTGTAATTCATAAATAATAATTTTTATTTGCAGGTACTTTGCTTATAGTATCTAATTCAATTTTCGTAGCATCAAAAAGCTCCCAGTTGAGGAAGATGGTGAGGTCTGTTGTAGAATGTACACAAGCAGAGCTGAGTCTCTGAGACCACTAACCAGGTACAGTCAGGGAGCTTGGAGACAGCTCATAGAGACACACAGCAAATACACTCATTAGTGCCTAAGATTAGAAGTAAAGTCTACTTCACTCAAAAGGAGGCAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCCGAACTCCAGACTTTTAATTCTGCTCACAGGAATAGAAAATTTTAGGATTTAGGAAAATTTAGGATTTACTGTCAATTATGTTAATAATTATTGAGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTGTGTGTCTCTGTACACTTGCTTATAAGTTAGGTTATCCCTCTTTACAGGTAGAAAGACCTTGTACAATGATTGTAGATCCCAGTGAGGGACACTTCCGCTCTCAGTATTTATATAGAGTGACATGAAGAAAATGGTTTGTGGTCAGTGACTCCTTGTAATCCCAGTGAGAGAAATATGCCTCTTCACCAGGAGTTCCTTTGCTCGGTTTTAAGAGGCAAATGGATAGTAGAGTTCTCTTTAAAGTCCTGGAGGAACTTGCTGTCTCCTGCCATGTGCTCAGCTGTGGTCAGGGCTCTCCCGTTAGGGCCCAAAGCGTGATGGCATCTCCCTGTGCCCATAGGATGACATGGATCTTGCTATATCTTCATGCAGCCTGACCACATGATTCAGGGAAAATACAAAACTGGGTCAGTTACATATTTTGGACCATATTTATGTCTCATGTTTTCAGTTTTTTAAATCTTTTATTTTTCTTTTTAAATTTTTTTTTGTACTACCCACCTTCTCAGTAATGTTTTCAGTTTTATTAGAGGCATTTTCTCAATTATAAGAATAAAATGTTGCATTGCTTATCTGTGGGTTCACTTATACATAGACCTGCTATAACTATAAATAATTATTTAAGTTGGCTATACTATTATGTATTTATCATTTAACTTTTTATTTTGAAGTGGTTTTAAACTTAAAGTGACGAAATCATTATAAAGTACTCCCAGGTATCCTCTTCCCAGATTCATTTTTTTCATTACCTTTCTTTTACCCTCTTGCTATCTTTCTTTCTATCTCTTTCCATCTTTTGTTCTCCTCTTTCCTTCCTTTGTCCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTACTTTCTGAATCATTTGAAAGTAAGTTGCTTGCCTCTTCTTGTCTAAATAGTTTGGTGCCCACCCTGAGACGGGACATTATCTTACATAACTTCAGTAAATTATCAGAATATTCAACAGGGATGTACTACTCATATCTAATCCAGAATTCATATAAAGTTTTACCAATTGTCCCACTAATATTAGTCTTTTATGGTCATTTTCTCCTAATTCAGGATCATTGATTGCATTTAGTTATCATTTTTCCTTTAAATCTGAGACAGTTCTTCAGCTTTTCTCTCTCTTTCATGACTTTTTTTAATGCCAGTTAATTCGTAGAAATCGCTCTGTTTGAGTTTATTTGCTATTTCTTTATTTTAGAAGCAGGTTATGAATTTTTGGCCAGGAGTCCCAAGAGGTAGTGGGGTATCCTTCTCGGCACATCACATTCGGAGGCAGTCACGGTTTGAAACAGGTTCACCATGAGCACTGTGATAAGGCGGTGCTCTTCAGCTTTTTCTAACATAAAGCTTGCTGTTTTCCCTTTGTTATTAATGAGTAATTTGTGAGAAAGTACTTTGAAACTATGTAAATATTCTGTTCCTCATCAAACTTTTACCCATTAGTTTTACATGCGTTCATGATTCTTGCCTAAATCAGTTATTTCTTATGATTGCAAAATTTTGATTTTCTTACCCCATCTTTCAATAAACAGTGGCATTCTGCTATAATAATTCCCACTGCTTTATTAATTATTTATTTATGAGTGTACACTCATGGATTCTTATGTTATTCAATGAATAATGATTAATTACTATGATTATACTGATGCTAAAATTGTTTGAGACTTGACCAGTAAGAACCCCTTCAAAGCTAGCTCCTATTTCTTTTTGACATAGTCTCTTGACTTTTTTTTTTTTTAACACTGCCTTACATTCTGGCCTTCCAAAAATGTTCCAGAATCATTTACCTTGCCTCAAATCTAGAATCAGACATTTGTTCAGGAAGCTTTGATTTATCTTAGAAAAGAATGGTATTCAGAAACTCCAAGATCTGGAGGCTGGGTGAGCTCATTGCTACTGGTGTATGATTGCTTTTAGGACCTTTTGGAATCTGAACATTTAAGATGTAAGTATAGATAACATATAGGTGTATAGATCTGTAACTCTGTATTAAGAATCATGGATTTCTCTTGCTATCTCTAATTTCATCCCAACATCACAGGGCCCCTTTTGCATTGCATAATTGTATCTCCTTTTCCTGACAGTTCTTCCTGCTTCCCTGTTCGTTTATTACCTAATGTAGGGATTTTTTTAATGGAAAGCATTACAGATATATATTATGTCACCCGCATTTTGCACCTGGGCAGGCAAAATAATTTGAGTATGGCAAAGGCAGAAACTAAACACTTTGCCACAAAACGTTGCCAACTGTCTGATTGGCTAAGCGTGATCCTAGTGATTTATGTTCATTATTTCACATTTTAATTTTGCAGTGATTCTCAAAGTAGGTACTGTCATCATTATTTTATAGGAAAGGACACTTAGGCTTAAAAACCACCTACATTCAGATATAAGTAACACAAGAAACATTCCTTTTGACCCTTAACCGCCACATACATTGTTTTCCCTGTGATTTTTAAATTTGTAATCCAAAATCCACTCAACTGAGCTCTAATTTCTTCCTGAGGTGTCAAGAAAGGAATATGGACTCATGGACTCAGAATTATTTGATTTTTATAACTTAAACATGAAAATATATCATTTTGCTTTTACCTTTTCAGCTTAACTGTGTTTTTTGTTATTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTAAATAAAAGGACACTTCTTTTCCCTTCTTTCACCTAGCAACTGGTGCACCAAGTAAGGCAGGTCCTCTCACAGGTACTTACAGACGGCTCTGAGACAGGTGAGTTAGGTCCTGGGGAAACATTTTCCTGAGTAGTTATTTTCCTGGAATGGGGCGTTTCTAATAGAGACCATAAGTCTTCATGATTTGACAAGTGCACAAAAGCCCCTTAGGTCTGAGCAGGTAAGATTTGGTTCTGAAAACTAGGATAGAAGTGTTACTCAGTTAGAGAGCAAGGCCCAGTTGGGATCAAGACTCCTGGTCAAGGGTAGTGAATGTCAGAATTTGTCAATGATATTAAATAGTGGAGGAAATAAAATAAGGATACAGGAAAAGGTAGACTCCTCAATCTGCTGAACGAATGACGTCTTGCACCCAGAATGTATCAGTGGCTAGAGCTCTTGTATGAAGAATAAGTTCAATGCTTAAGTAATAATTTTAGTGCCACTTACGATATTCATTTATTTATTTCCTAG
Seq C2 exon
CTAGTGAAAATGTCGTGATCAATCATTTGTTCCAGTCGAAATTGTCACAAACAGGATCCCTCGTATCTGCCTATCCTTCCTTTAAATTCCGAGGACATAAGTCTGCCCTGCTCAGTAAGAAAATGACAGCTTCTTCAATTATTGGAGAAAACAAGAATTATCTAGAACTTAGTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000041515-MYO16:NM_015011:24
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=FE(4.7=100)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(7.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)