HsaINT0108556 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000176658 | MYO1D
Description
myosin ID [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:7598]
Coordinates
chr17:32755492-32760404:-
Coord C1 exon
chr17:32760290-32760404
Coord A exon
chr17:32755663-32760289
Coord C2 exon
chr17:32755492-32755662
Length
4627 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CATGTGAGT
5' ss Score
7.83
3' ss Seq
CTCCTTGCTGTGTCCTACAGATT
3' ss Score
10.16
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTTGAACAATTCTGTATCAATTACTGCAATGAGAAACTGCAGCAGCTATTTATTCAGCTGGTTCTGAAGCAAGAACAAGAGGAATACCAGCGGGAAGGGATCCCCTGGAAACAT
Seq A exon
GTGAGTGGACTCTTATGGAAAATGCCTTCATGTGTTTCTCATATTATTGATAATGTCAAATTTTATTTTAGGTATTTCTTGATCTTTTGGGGGTATTTGAAACATCTGAACCTTAGCTTTCCTTTTTGGGATATGTAAATACAATTAATTTCATCATTTTTAGGTGGGATTGCTATAATTTGATAGACTGCCTTGTTGATGCCCAGAACATCCTGAGTTAGAACCAGTAAACCTGTTTTCACTTTATGGCTGCTACCACGTGGACTTACTGGTTTATATCTGTCTGTTAGGTTTAGCATACTTTATTAAGTTATACCTTAAATTGGCTGAACTTTGCTTCAGAATCTAGTTTCTTCTTCCCTTTTTCCTCCTTTTTCTCCTCTTCTACTTTGTAGACTATATGGTATTTTATTGTCTTCAGTTAATGTTGTTTATATTCTCTGAAACCTACACATTAAAATACTTGTTTTACTTTGCATTTTCTTGTGTATTACACTTCAATTATCACCTCTACTCTAATCAATCTTTGGGAACTTTTGTATTTGTCAGAGGCAAACTAATCTGGTAAGATATAGCTGGAAAGTATAATGGGTGCACAGTGCAAACCACAGAGATCAAAGCTAAAAGGCATGACTTGTTTGGTTTTTAAATTTCCTGTGATAAGACCTTCTGTTTATGATAGAAATGAGACATAGTAATTTTTCTTGTAAGTTTGTATTTTTAAGCAATTTTGAGAATAAACTTGAAAAATACAAAAACTTTTAAGTTTCTGTAGTTTGAGTTTATATGATTGTTCATCCTCTTGCCAGAGAATAGAAATGAAGCCAGTATTTGTTTTTTGTTATCCAATATAATAGCAGCAAAAAAATATTTGAAATACTATATTTAAATGACTTTTATCTTCCTTCCTACCTATTTTCTATTTCCTCTCATTCTGAAATAAAGAGACAGTGATATAACAAATAGCTTTCCCGCCTCAAAATTGTATCTGCCTTCCATCATGTGTTAAACGTTAGAATACCATAAAACAGTTGCTCAGGTATATTGGCATAAATTTTACCTATCTGCATATAAACCAAAGGGCTATTTTATATAAGAATTATCTATAGTTTGACTTAAATAATGAACTCTCCTAATACAATTAAAATTTAATTCAGTTCAATTAAGTGTATATGAAGCTTTCTAAGAATGAAACTGTTGTATAATATAATACACGGTATAACTGAAGCTTGGATTTTTAATACCAAATTTAATCATAAAACTTGTTATTCAAATGTGATTCCAAGGTACTAGTCAAAAATATCCTTTCACAATCAGAATATCAAATTTCACAGACATAATTGACAACAGGGTAAGTAATGCAGTGGACTGTTCCAAACATCTCAAAAAGAATTAAGAATCCCAAAATGCAAAAAATTTTCGCTAAATAAACCAAGAACTATTTGTCCTAGAGGGAGCAGAAGGCTAACTCCAAGGTAACAGTTACTTACTACATGGCAGATCCCCCCACAATTAGAATCTCTATTCTGGGTAAAACCCCAAACTTCTAAACATAGTGATTCTTTTTAAAAGATTTTTTATTATGGAAAATTTTAAACACACATTAAGAAGACAGACTATAGTACAGTAAACCCTATATACCCATCACCTGGCTTTAACACGTACCAGTTGATTGCCAGTCTTATGCCATCTGTACTATACCCACCTACTCCCAGATTATTTTGAAGCAAATTTCAGATATCACATTATTTCATCTATTCAATTGGGTATCTATTCAGTAAATATTTCCATGTATTTCTCTAAGAGAGTTTTACAAAAACCATAATCACAATGCCATTATCATACCTAAAACATTAACAAAAATTCCTTAATATCATAAAATATCCAGTCAGTATACATGTTTCATATTTCCTTAATTGTCTTCTGGTTGTTGTTTTGCAGGTTAAATTTGGATCCAAATAAGTTTCTTACATTATGATTGATTGATAGGTCTCTTGCATATCTATAGATTTTCTCCATGTTTCTTTTTTTCCTTGAATGATCTCTCTTTGCAATCTTGTGTTGAAGAGAATGAGTCATTTGTTATGGAGTTCCCCACAGTCTGGATTTTGCTAATTGCATTCCTCAGGTGCCATTTAATATGTTTCTCTGTTTCTTGTATGTCCTGTATATTGGTTGTTAGATCTAGAGTCTTGACTGGATTCAGAGTCAGTTTTTTTCCACAGCCCATTTCATAGACTGTGTGTGAACTTCCACCAGGAGGTTCATAATGTCTGGTTATCTGGTACATTCACTTTTAAAAGCTTTCGATGCTGTAGTTTGCAAATCATTTTAACTATTGAGAACTTGATACTCAAGCACAAAGCTGTTTTATCTGGAGTGGGTATGAAAGGCCAGAGCCCCATGTCCCTAAGCTACCCCATCACAAGTCTTCTGGCTCCTGGTATCCCTTAGGAAACCTTACGGGAATGCCAAGTTGCTGGAAGAACTTAGTTTGAAAACTACTGGTTTAAGCAATGTTTGAAGCAGTATTAAACTTACAAACTGAAAGTTACTAGCAGAGACCAATAGCTTTTAATAATATAATTGGGATTTTAGGGAAGGTAATTCTTTAGTCCCTGGGACAAAAGACTTCGTCTTTAATTTCACAGTCCCGAAGTCTAAGATGTCAACTATTAATATAGAGCTCCTGCTTTTTGAGTATTTTTAGGATTTTTTTTCCAAAGATGGAAATAACTTTTCTCCCTAATTAGAAATGTAATAAATGCCCATAATGAAAGTAAATATTTAGACCTACACTGCTTCACCTCAGTACTACTGAGATTTTGTGCCAGATAGTTCTTTGTTGTGGAGGCTGTTCTATGCATTGTAGGATGTTTAGCAGCACCCCTGGCCTCTACCCACCAAATGACAGTAGCACCCCTACCCCATTTTGACTAGAAATGTCTCCTGATATTGCCAAATGTCCCCTGGTGAGCAAAATTCCCCCTATTCCCCTATTTGAGAAACTTTAGTTTAGACAGATCAGAAAAGTATAAAAAACAAAGTAAAAACTACCCAGTTTACAGGTTTCAGTCCATAAGATACAGAAGAGAACATGCAAGACTAGAAATGGAGCTAAAAGCCATGTACAAATAACTGGCATAAAACCTTGGATTTTAAAGCATGAAATGGGAATACATGAGTCACTTGAATGGTCTATTATGAGTATATAGACCTTATAGAAGGTAATGGAGACAGCAATCAGTTTAGGTAACTCCTGCGTAAGATGGGACATAGCAAGATTAAACTGTGTGATCATAAGCTGCCCCTCTTTGAGATGTGCAGCTTGCCTGAGTTGGCCTTTCTTTGTGTGCCTTCTGTGTGTAGTGATAGGTACATTGCAGGCTGTCAGAATAAACAGGTGTGGCAGAGGATTGTTGGACAAACCTTGTACATGTATAGTTGCTGAAAAGCCAGAAGTTATTTATAACTTCATTCACCTTGTGGAAGTAAAGGAAAAGCTTTTTCTTATCTTTTATAGATATTTATTTCTCAGAATTAAATTCTTTATATTATGCCTAGAAAAATGTAAAAATTCTACTGAATTTTTTCAAATTGTTCAAAATTCTATTGAAGCTTTTTAACTTTGGGGAAACCAAAAGAAATGCTCTTTTGGATTTTAGTCATTCAGGGTCATGTAACTAAAAATGCAAGTTCTTTTTTTTTTTTTTCCGTTTTAAGTGGAGTTTATTTAACACTAAGAGATAAAGGGTTGTTAACAAACACAATGACAAATGGACATCTGATTGGGATGAGGCATTATCCTGTACACATAATGTTGATATTTTTGTGTACCCTCAGTGCATGGCATTTACACATAGAGCCACTACTGCACAGCACAAGAGTATCTGAAGAGGCTGAATCAGAGTAAGGCTGTTTAAAAGACTGAAATTTTTTAGTATATATATTCTGCATGAAAACAGAACTTTTGAACTGGCAGGTAGAAGGCAACTCTGCCAAACACTACAGTTAAAGCCCCCACTTTAGTGCACAGTTCCACCCCTTCCATCTGCATGCGTGACACATTAACAGTATTTAAAGGTAAACGAGGCACTTTGTGGCAACTGCAGCCATCGTTATGAACATATTGCACAAAATTTCTAGAACTAAACATTTAACTTGTACCCTACTTTTATAAAATTGCAAGTTTTGTGTAGTACCTTAACTTTATTATGAAGTAGTATATCAGATAATACTTTAAGGTTATTTGTTGGCCCTTTGTGGAAGGTGGACCTTACAGTTAATGGCAGGCAGATTGGTATGAAGGAGTAGGGTTGGGTGTGGGATCTGGAGGCAGGATTAAAATGAGTTTGTAATGGGAGAAATGGTGTCTACCTTATTATCTTTGCCTTGGGCTGTACTAATCTCAGACGGTGTATTTCATGATAGAAAGTTAACAAAGAAATTTAAAAATAAACCTCTGTTAGAATGTGTACTCTTTTTAGCGTAAGACCTCTTTAATGTTATTCACACATTTGACACCAAAGTAGTTTTACCTGAACTCCTGATACAAATGGGAGCATCAGGGTTTAACCTGGCCTGGTCACTGTTCTCTTCAGAATTCCCTCCTTGCTGTGTCCTACAG
Seq C2 exon
ATTGACTACTTCAACAATCAGATCATTGTTGACCTCGTGGAGCAACAGCACAAAGGGATCATTGCAATCCTTGATGATGCTTGCATGAATGTCGGCAAAGTCACCGATGAAATGTTTCTTGAAGCACTTAACAGTAAATTGGGCAAACACGCCCATTTTTCCAGCCGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000176658:ENST00000318217:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=FE(5.7=100)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(8.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development