HsaINT0108557 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000176658 | MYO1D
Description
myosin ID [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:7598]
Coordinates
chr17:32748936-32755662:-
Coord C1 exon
chr17:32755492-32755662
Coord A exon
chr17:32749007-32755491
Coord C2 exon
chr17:32748936-32749006
Length
6485 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATG
5' ss Score
8.99
3' ss Seq
TATCCTTCTTGATTCCTTAGCTC
3' ss Score
7.92
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTGACTACTTCAACAATCAGATCATTGTTGACCTCGTGGAGCAACAGCACAAAGGGATCATTGCAATCCTTGATGATGCTTGCATGAATGTCGGCAAAGTCACCGATGAAATGTTTCTTGAAGCACTTAACAGTAAATTGGGCAAACACGCCCATTTTTCCAGCCGAAAG
Seq A exon
GTAATGTGTTTAATGACACCTTCTTCCTTTTATCTGTGAGGTTCTCCTTATTGTTTGATGGAGTTCAACGACTTTATATGTTGGGATAAAAGAATGTCCCCTTTAATAAGAAAGAAAAGTCATAAACATTCATTAAATGATTTGTTGCTGTGGATAAATTCTGCCTCTCTGGTTTATAGTATGAAGAAATTGATAAAATCATGTTAATCCAGGAGAGGGAGCTCCAGACTATGCAATTTGGTAGAAACAGGAAAAATGAGCATGATTCTTTAGAAAGCATGATGTCATTTGTAACCAATAGATGTAGAGTCCTTGCTCATGTGCTAGAATTTTACTCCTGCATCTGATAATTCTGGCATGGAAAATAGCTTTTGTCCTTGACTTTTTACTGTAATCCTCAGTAACAAAATGTGTTGTGCACTCTGCTGTACTTCTTCAGATCATATGACTTCCTTGAAAACAGAGAGATTCTAGTTGTAATTCTAGTTATTACAGAGAAACTTATTCATTAAATAAATGGGTATCCTTTTAACTCTCCATTTTTCAGGATCTAAAAAAGTGATAAACAGATCACATATCTGTAGTAATTGGTGACAATTGTGCTTATCAGACCTTTGTGCTGATATGGACATATCATTTGCATGGAATATTCCATTTGCATGGAATATGTTTGCTATTAATATTTGTTCAAGAAATTTGTGTTAGAAGAGGAACACATCATCATCGCCCCTGAGACTTCCCTACCCATAGTCTTGTCTAGTAACCATATGCTAAAGGGAAAACAGGCCCTTGCTCCTTCACATCCATAGAAAAAGGGGGCAAACATTTCTGCCTCTCCAGAGTTCCATGTAAATCTCTGACACTGCCATTTTTTAGTGTGAATAAAGTCTATTTTCTAACTTATCTCCTTTGAAATTATGTAATCAGAACAGAGAAATTCCACAATTAACTAGCTAAAGCCCAAATCGTCAAGAAATAGATTACTAGCTGACATTTATTTTAGGCCAGTTTTTTCTAAAATATTCTCCTTGGTCTGTTACTGAGGATTGATAGTAACCCTACTACAAATTGGCTTTCAGATACTACAGTCTGCTCTTTCATGTTAGGGTTTTGGGTTAGAGGTACTGCTTCAGTCATTCCCTATTTACACCACAAATACCTAATAAGTGCTTCTCATCTTCCAGGTGCAATCCTAGGTGCTGGGGACAGAGTACTGGGCAAAGTTAGAAGTCACCTAAATAATTTAGAGTGATGCTTTTAAAGATGGCATGATTACATGGGCAAATGTCCTATCTTTGAGGGAAAGTTTATAAATGCCCTTTATAATCACAGTTCAGGTTTGGAGACTCACTTAGCACGGTGCCTACCAGATGGTAGACATTTAATCAGTGTTTGTAAAGTTGAATTGAATTGTTCCCAATCATGTCAAATAAATCTTATTTAAATTTTCATTTAAATTAGCTATGAGTCTCACATGAGAAATCAAATCCACCTCATTTTGATATCTTCTACCTTGGCCATTTATATACCTGAATTAAATGTGTCAACCAAATATTTTGAAATATAATATCATTCCTTTTTTTTTTTTTTCTTTTGAGATGGAGTCTCACTCTGTTGCCCAGGCTAGAGTGCATGGTGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGAGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCACCTGCCATCATGCCCAGCTAATTTTTGTGTTTTTGTAGAGACGGAGTTTCACCATGTTGGCCAGGATGGTCTTGAACTCCTGACCTCAGTTCATCTGCCCACATGGGTCTCCACAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCACGCCCAGCCATGTCATTTGTAAGAGTAACTGTACATACCACATCAGTATTTGCTACTGATTTGACATGAAATGCTAAATAGTAATTTGTCTGTGGAGAGGATTTTCTTTTTCTTTTTCAAATTTATGGGAGCCCAGGTTTCCCAACTTTCAGACCAAGTGGCTCTTTCTTTTGGTATCCCTAAGACAAGTGCTGAGGTAGTGATTATTTATTTGTTTATTTATTTATTTTTATTATTTTAGATCTGGGAGGTGTACATGTTCAGGTTTGTTACGTGGATATATTGCATAAAGGTAAACTTTGGGCCTCTAGCTTACCTATCACCCAGATAGTGAACATTGTACCCAATATGTAATTTTTCAACTCTCACCCCCTGCTTTTGGAGTCCCCAGTGTCTTATTTCCATCTTTGTGTTCATGCATATGCATTGTTTAGCTACCACTTACAAGCGAAAATGTACATTATTTCACCTAGTATAATGGCCTCCAGCTCTACCCCTGTTGCTGCAAAGGACATGGTTTCATTCTTTTTTATGGCTGCATAGTATTCCATTATATATATGTATATCACATTTTCTTTCTATCCAATCATTTGTCGATAGACACTTAGATTGATTGTTTCCATGACTTTGCTATTGTGAATAATGTTATGGTAAACATACGAGTACAAATATCTTTTCGTTATACCTGGTAGTGGAATTGCTAGATCAAATGGTAGTTCTATTTTTAGAACTACCATTTAAAAGAAATGTTTACATTCTTTGAGAAGTCTCCATACTGTTTCCCATAGAAGTTGTATTAATTTACATTCCCACCAACAATGTATAAGCATTTCCTTTTCTCCACATCCATGCCATCTGTTTTTGACATTTTTAGTAATAGCCATTCTGACTGGTATAAGACGATATCTTATTGTGGTTTCAATTTATATTTCTCTGATGATTAGTGATGTTGAACATTTTTTCAAATGTTTGTTGGCTGTTTGTATTTCTTCTTTTGAAAAATACCTGTTCATGTTCTTTGCCTACTTTTTAATGGGGTTATGTGATTTTTTTGTTATTTAGTTATTTGAGTTCCTTGTAGATTCTGAATATTAGTTCTTTGTTGGAGGCATAATTTACAGATATTTTCTCTGATTGTGTAGGTTGTTTGTTTACTCTGTTGGTTATTTCTTTTGCTGGGCAGAACCTTTTTAGTTTAATTAAGTCTCATTTGTTTTTGTCACATTTGTTTTTGAGGTCTTGGTCATAAATTCTTTGCCTAGGCCAATGTCCAGAAGAGTTTTTCCTAGGTTTTCTTCTAGGATTTTTATAGCTTCAGGTTTTATATTTAAGTCTTGAATTCATCTTAAGTTAGTTTTTGGGTATGGTGAGAGACAGGGGTCCAATTTCATTCTGCTGTATATGGCTAGCTATTTTTCCCAGTACCACTTAGTGAATAGCGTATGCTTTCTCCATTGTTTATTTTTGTCAACTTTGTCAAAGATCAGTTGATTGTAGGTATACAGCTTTATTTCTGGGCTCTCTGTTGTGTCCCATTGATCTATATGTCTATTTTTGTAACAGTGCCATGCTGTCTTGGTTACAATAGCCTTGTAGTATAATTTTGAAGACAGGGTAATGTGATGCCTCTGGTTTTGTTCTTTTTGCTTAGAATTGCTTTGGCTATTTGGGCTGTTTTTTGGTTCTATATGAACTTTAGGATTGTTTTTCTAATTCTGTGAAAAATGACATTGGTAATTTGATAGGAAATGCATTGAATTTTTAGATTGCTTTGGTCAGTATGGGCATTTTAATGACATTAATTCTTCCAATCCATGAGCATTGTATGTTTTTTCATTTTTTTGTGTCATCTATGACTTCTTTTGTCAGTGTTTTGTAGTTCTCCTTGTAGAGATCTTTCACTTCCCTGTTTAAATATATTCCTAGGGTTTTCTTTTGTGTGAGTGTTTGTGGATATTGTAAATGGGATTGAGTTCTTGATTTGGTTCTTAGCTTCAGTGTTATCAGTCGTGTATAGAAATGCTTATTTATTTTTGTACATTGATTTTATATCCTGAAACTTTACTGAAGTTGCTTATCAAGTCTAGGAGTCTTTTGGAAGTCTTTAGGGTTTTCTAGGTATTAGATCATGTTATCAGTGAACAGGAATTATTTGACTTCTGTTTTCCAGTTTGAATACCTTTTATTTCTTTGAGATAGAGATTTTTTAAATGTCTTCTTCTTTGGGATTTTTACCTAATGAAGAAAAGAAATGATCAAACTATCAAAATATTTTAATCACTGTGAACTGTTTATTACACATGCTATTCTGTGTGTTGAGCTGGATATCATCATTTGCTACGGGTTACTGATTAGCTAGACTTATTGGCATGTTAAATTAGAGGTTTCTGTCTTGTGACAGTTATTTCATTTAGGGACTACATTGCTTCTTCCGTATTAAAGTTACCATGGAGAGACAGGCAAATAATCCAATAAAGCATAAAATTATTATTTAAATTATTAATATAAAAAGTTAAATGATAAATACATAACTGCTATTACCAAAAAAAATAAAGAAAAATCTAAAACCTCCTGTGTTCAGATCAGTTGCAACTTTGCAGTATCCAAATGTAAGAATGTTCCATTAGTGTAGACATCTCTTGGGTCCTTTTCCTTAAGGGGTTTTATAAATAAAACAGTTTGTAAAAGGGGTTAATAAGAGAGAGAGCAGAAAAGGGGAACTAAGTATTTTGGAGACCTCTCTGTATGGTAGATGCTTTGTTCTCAATAGTTCATTTAATCCTCAGAACAACTCTCTGAGATAAGTAATTATTAAAGAAGTCAGAGTGAGTAGATGGTAGAGGCAAGATTTGAACCGTGGAGGTCTGACTCTAATTTCCTGTAATTATTCACTTGTCAAATTAATAGAATACACCTTTCAGGTTGAGATTATTTGTTATCGAACATTAGAACCTAAGTGGTTTTTGTATATTTCCCTAGGAAAATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTGAGACAGAGTCTTGCTCTTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGCTCACTACAAGCTCTGCCTCCCAGGTTCATGCTATTCTCCCGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTAC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Seq C2 exon
CTCTGTGCCTCAGACAAAATTCTGGAGTTTGATCGAGATTTTCGAATTCGACATTATGCAGGCGATGTAGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000176658:ENST00000318217:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=FE(8.3=100)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(3.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development