HsaINT0108801 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000167306 | MYO5B
Description
myosin VB [Source:HGNC Symbol;Acc:7603]
Coordinates
chr18:47438432-47455968:-
Coord C1 exon
chr18:47455882-47455968
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr18:47438432-47438543
Length
17338 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACT
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8.63
3' ss Seq
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Seq C2 exon
GTGGGCCTACCATGACTTTTTCAACCGGTATCGGGTGCTGGTCAAGAAGAGAGAGCTCGCCAACACAGACAAAAAGGCCATCTGCAGGTCTGTCCTGGAGAACCTCATCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000167306-MYO5B:NM_001080467:17
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=FE(4.3=100)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(5.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)