HsaINT0116412 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000162631 | NTNG1
Description
netrin G1 [Source:HGNC Symbol;Acc:23319]
Coordinates
chr1:107950304-107961267:+
Coord C1 exon
chr1:107950304-107950330
Coord A exon
chr1:107950331-107961201
Coord C2 exon
chr1:107961202-107961267
Length
10871 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTAGTAAGT
5' ss Score
8.01
3' ss Seq
ATTTTTCCTGATGCGTGCAGATC
3' ss Score
6.53
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATCCTCCAAAGTTTAATAGGATATGGCCGAATATTTCTTCCCTTGAGGTTTCTAACCCAAAACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000162631-NTNG1:NM_001113228:5
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)