GgaINT0034798 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000001896 | NTNG1
Description
netrin G1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:23319]
Coordinates
chr8:915848-925655:+
Coord C1 exon
chr8:915848-915874
Coord A exon
chr8:915875-925589
Coord C2 exon
chr8:925590-925655
Length
9715 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTAGTAAGT
5' ss Score
8.01
3' ss Seq
ATTTTTCCTGATGCATGCAGATC
3' ss Score
6.23
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATACCCAGTATTTCCAGTATTGGTA
Seq A exon
GTAAGTAAAAAGACACAGTATTGTTTTGCATTTTCATTCAGCTCCTTGGATCTAGTTTCCCAACATCCCTCTCTGTTGTAGGTGATGTTTATCTCAAATGTGCTCTACAGTGAAGGGGTTATGTACTGGCTTACATTAACATGTAACTGTATTATATGGTCAGAGAGAATGTCACTCCTGACAACACATCTGCCTTCAAGCACAGATTTTCAGATGCATTCTTATCAGCGGATGAAAGATGAGTGCTGTAAAAATGAGCATTATGCAGGGAATTAAAACTTCCACAGAAAATATTTCTTGAGTATATCTTGTAAAAGTGTTTACTAGTAACAGGGAAGTAGTGGACAATTAATTTTCATGTATTTGTGTATAAATTCAAAGAACAGAAGATTTGTAAAAAAATACTGTTCATTTTTGTGCAGCAGCTTAGTAAATGTAGTGTATCTGTTCAAGTCCTTGCCTTACCACCAACGGCCTTTGAACTGGGCTTTTCTGCACAGAACAAACAGAACTGCACTTCTTGTAAAAATAATCCTGCTTTTCTGTATGCGTATAAAGCTTCAAAATATTACACCAAAACTATGATAAAATCATAATGTTGTAATGTAAAGAACTAGCATACCAAGAAAGTAGCAGATTAATCATGTCAGAACACTTAAACAAAGGAAGAACACAGCAACCGAGCTCTGTGTCTTAGCTGAGTTCTACAGCAGACAAGTGCACACAGTCAGGGCATGTCAGCTGCTTACAAATAGAGTGCAGGGCTAGAAATCTATCATGCTGTGGCTGACTGAAAGAATATTCCCCACAGCTTCAGCTTTGCAGAAACCTCAGACGCAACTTCTATGAGATGAAGGACTATCACAATGATAAAATATCAACATAGTAAAATATGATTTGCCACACCTGATATCCAGCTGAAAAGCTTCTAATAATTTGGATAAAACTGCCTCACTTCTTATGATGCATGGTCAGGTCTGCCAATTTATAAATCAGCTCAGTTTACGGAAGCTCATGAATAGCACTGATTTGTTAAACTCTAGGCAGCAAGCTAAATATCATCAAAACTAGCCTCCTCGTAAATAAGAACAGTGTTAACAGCTGAATGCCATGGCATCTGTTTTGTAGCTTTAAATATTGAAGCAGCATCAATGACAATATCCTGGAACTGAAAGCCTTCGATGTGAATAATGTAATTTTCCTGCTTCGATATCTCCTTTGACATTTTCATGACTGGAAATGGATAGTGATATGCTATTTTAAAACCATGCGTTTATACATATATTTTATAACAAAAAAAAAAAAAAACCATGGAAGAGAAGAGTAAATTTATATTGGTGTTATCAGAAATATCCTGTCATTAATAACAGACATGGGATGAATGGGAAAATAGGTCTTTGGAGTATTGTTGTGCTGTATTTTCTTAGTGCTGTGATGCATGGTCTATATACTTGTGTTTTCACTTCACTCTCCATACAGCCTTTGTCACCACATCTACCATTTCTGAGCATCAGCAGATGTTGGCCTTTGTAAACTTAATAGGGAAACTCAAATACCTTTTAAGCAATGGTGACCTGAAAGGATGCAATGTTGACCTCTTTGTGTTTTACACTGGGTTGATTAGTACTGTTTATCTATTAGAAATGGAGAAAAATCTGCTTAACACTCCATAGGAAACTGAAAAATTAGCAAAGCTTATGCTTTATCTTAAATGTGCTGTAAATATCTTGGAGTAATATGTGGCAGAATTCAACAAAATTCATTACTTACCTGGAAAGGCTGAAGCATGAACATCTCTTTACGACCATAAGTAAACACTGATACTCTGCTTGGTTTTTTTCATGCTTTTTTTCTTAAATAGCTCAGGGGAAAAATAGCTCTACTTGCACAATGTTCTGAACATCTCTACTATAGGTTAGAAACATCAGAATTATCAGTTAAACAAGGATAGAACCTGTAAATATTTTCCTTTCTCTAAGAGAATTTAACAGAATTACAATTAATACATAAAACCGAAAAAGCTTCAATAGTTATGGCTGCTTTAATGGATTCTGTATTACTTCTTTTGTCTATGCTATGCTTGCGTTCAAATCAACAGAGTTCCTCCCCAGCAGAGGACAGGAGTTTATTCTCAGGAATAAAAAACCCATTTGGGTTTTATGTTGCCTGACAGCAAACACTACTATGGGGGTATTGCATTTTGTGTTCCTCAAGCTTTTACAAGTACATAAGAAGCGGACAGGAGGGAGGGGATGAATGTAAACCCAACTGCCAGCAAATGAATCAAGTGCCACTGCAACCAGTGTTCATTAAACACTCTGAAGACCCCAAAGAAAGTATCCCCAAAGAAAACTAAGATGTATTTTACTGTGTGCACATATACACATCAGTATCTATTCTTGTATAATTCAATCATCTTATATTAAAGCAGTTTATCATTAGTGCGAGTATAAAGAAGGAGTGGTCGTTATGTAAACATCCTTTCTGATCATCTAGAAAATAAATAAATAAATCTGAGCTTTCCCATTAAGGTCATTTGTACCTGCTACTGTTTGTCAGTTAAATAATAGGTTTCCAGTCCCTTTCAGCATTTTTCAGCCATACCTGCAAAGATATTTGGTGAGAGCATTAGCAATTAATGAGTCCCAAAACCATTTCATGGTTGTAAAACTTATGATTAGCAATGATTACATATAATGCTTGAACATTCTGAAAACTGCATTACTTTACTTGCTAAAATAATCATTGTATAGTTTTACATCAACCAATGCATCAAAATGGTTACTGCGACGACATAGAAAAATTGCTAGTTTGTACACGTATGCCTTCAGAAAGCTGAATCTTCTAACCTATAGCTCCTATCTTTATTCCTGTAAAGCATAACACCACTAATTATGCTAAACAGTTTGTTATAAAGGGTATAATTAGATACAGGATAAGATAGACACGATGTGCAAATAGCTCTGTGTGGGTGATTATCACCTTAAAGCCTGCAGGTGGCAGATGAGTCAGAGTTTCAAGACAGACCATGCACCCAAGTGCAAGGTGGAAACAAGATATTCAAATGGTATTCTCTGTGTTGTTCTCTATATTTTTGTTCCTCTTTACAGCCAATTTCAAATTAAGAGAGCTTTTTTGGAATGATAATGAATATAAAGCAAAATAAAATAAACCTTGAATGGGCACTCTTATTTTATTGGTTTCTTAACCTTGAAAGATCTGTGGATGTCTTTCTGCATTTAAAATAGCGTTAGGATGAGTGTAACATTATTTGTTTTAAATATTTATTGTGACATTTTCAAGTGAGAAATATAAATATTATGAAGTGAGAGCAAATACTAGAATTTCTTTTTTTATTATTTTTTTTTAAACCACTCTGGAAGTATTTTGAACCTGATTTCATCCCCTTGCACCAATCAAGAACTTCTCTCACTAAACATACAGTGGGATCAAAGTTATAACACTGCCAAGCTCTGGACTAGATTATGTATGTAACATCCACATATGTCAGTAGGATTTAAATACACATAACTGAGTTGTAATTATTTGTAATTAATCGAGAGCAAATTTTACAGAGAGAACTGAATAGTTAAGAGACCATGAAGATGATTATCTACTTTAAAATCTTATAAATAATTTTCAGATTGTAACTATATTGTTTTGGATATATTAGCAAAATATTCCCATTTCAATCCAGTTTTAATGAAATCTGACTTTTTAATAAATAATACTGTTAATTATGCACCTAGTCTAAGACAGTCACCTTATCTGAATAAGCAGTTACGGGAAGACAGTATTTGTTTTCCCACTGTTATTCTAACAACTCTAAGAGCCCAGAATTTTTCACTTCAAGTTGAACGAGGCTTTCTATGATATTAAAGCTTTACGAAGCTGGGAAAAAAAAAAAAGAAAAGAAAAGATACTGAAATCCTTTGTGGAATAATGCTTTCATTTGAATACCAGATCTGAAAGTAAATTGAACATTCTAAGTCAAAGAAATTGTGAGTTTATTTACCTGGTAGGATTCATGAGAACACCGTCATTCTTCTATGTAACTAGGATTTCAGTCTAGAATTTCACTAAGTCCCTTCACTGACTCCAGTGCTGAACAGAATCCCACTTTTTGTGGAGTGATTTCTACTATACTCTTCAAGGTAGCAGTGATAAACCACTGGGCTAGAACTTGGGAGAGTTTTTATTTTAGTTTGCTTGATTTGCCAGATCCACCAATTTTAACAGATAAGAAGAGCCATTCCCTCCAACCCAGTAGACATGGCCAGTGGCAGATCTGTATTGTTTCTCATTCTTCATACCAAACTATCTTCATCATCTAGTATTAATTACATCCAGCAGTACTTTTCAGGACTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATTTGCTGTAATATAGAGGAGACTATTCAGTTCCCAATTAATTTTCTTATAGCTGTTAACAAACCATTGAGTGATAGGATGCAACAGAGACACTATGTAAAGCAACATTTTGATACAAATTATGGTACAGGTGGAAAAAATGTTGCATTTGCAACATGCAGATTTAGATGCAGTTACTCAGAAAAGTTTCTGGACAAACGACAAGTTCTAGGAAGATATTTAAAAATTCAACATCTTTAAAGCTTGAGGGAAAAAAGCATTTCTGTTTTTTGTTTGTTTGTCTGTCCCCAGCCCAGACATGAAATTCATTTATTCCTAGGAGTATAAAGAAGAATGAGTCTTGAAATAAGCATTCTGACATTTTAAAATAGATCTTGATTTACTGTTCTTCATCAATTGTGAATGACAGTAGTCTGAGTCCACCAGTGAATTCCAGCACCGCTGTAGGAAAAAAGCAGAACAAATCATAATAAAAAAAATACTTTTGCAAATATTTTGCAAATACTTTTGCAAATACTGTATTTACAATTGAAGAATAGTCCTTCCAACCTCATTAGTGAGAGAATAACTATCTATTACCTTAGTTAAAAGCTTTTTTTCTGAGAGCAGCTCCCA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Seq C2 exon
ATCCTCCAAAGTTTGATAGGATATGGCCGAATATTTCTTCTCTTGAGGTTTCTAAACCAAATCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000001896:ENSGALT00000002932:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]