DreINT0106990 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000014973 | ntng1a
Description
netrin g1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-091118-13]
Coordinates
chr24:29528267-29537363:+
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Coord C2 exon
chr24:29536922-29537363
Length
8520 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGT
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8.62
3' ss Seq
TTTTCCTCTCAATGCCCCAGCCC
3' ss Score
6.77
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CCCGGGTGTGCGACAGCGAACTTCTGCGTTGCCAAAATGGCGGCGTGTGTGTGAACTACGTCCGTTGTCAGTGTCCTCCGGCGTACACCGGCCTGCTGTGTGAGAAACCGCGCTGTGAGAAAGAGCCGGGCGGCTGCGGAGGGTCAGACTCGGGCCAGGCCTCCCTCCACCCCCCTTCCCTGATCCTGCTTTTGCTGCTGGGTGGCGTTTTCCTGACGGAGATCTGCTGGATCACAGTCCTCTGAGATGCAGATCTCCGACTCTTCAGCTTCTTCTGTATGAGCAGCGCACCAGACCCACCGACACTCGGCCGGCCATGTGGAATGTGCCCAAATATCAAAGCGAAAATCCAGAGGATGACAATAAATAAATAAATACATCAATAAAAATAGTATTTATAAATATTGATTCAATATAGAAATTTAAAAGCTAAAAAAAAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000014973:ENSDART00000145816:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005319=Laminin_EGF=PU(89.6=95.6)
A:
NA
C2:
PF0005319=Laminin_EGF=PD(6.2=3.7),PF0000822=EGF=WD(100=36.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]