MmuINT1024615 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000059857 | Ntng1
Description
netrin G1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1934028]
Coordinates
chr3:109782682-109839179:-
Coord C1 exon
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Length
56208 bp
Sequences
Splice sites
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GAGGTAGGA
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Seq C2 exon
CTAATGTCTGCGACAATGAGCTCCTGCACTGCCAGAATGGAGGGACCTGCCAGAACAATGTGCGCTGCGCGTGCCCAGACGCCTACACCGGCATCCTCTGTGAGAAGCTACGGTGCGAAGAGGCGGGCAGCTGTGGCTCCGAATCCGGCCAGGGAGCACCCCCGCGGGGCTCCCCAGCACTGCTGCTGCTGACCATGCTGCTGGGGACTGCCGGTCCCCTGGTGTTCTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000059857:ENSMUST00000138953:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.019
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0005319=Laminin_EGF=PD(6.2=3.9),PF079748=EGF_2=PD(91.7=42.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types