GgaINT0034800 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000001896 | NTNG1
Description
netrin G1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:23319]
Coordinates
chr8:925590-960453:+
Coord C1 exon
chr8:925590-925655
Coord A exon
chr8:925656-960226
Coord C2 exon
chr8:960227-960453
Length
34571 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGGA
5' ss Score
9.45
3' ss Seq
CCTCCCCCGCTGTCTTGCAGCAA
3' ss Score
9.46
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CAAATGTGTGTGACAATGAACTCCTGCACTGCCAGAATGGAGGGACATGCATCAACAATGTGCGGTGCCAGTGCCCTCCGGCCTACACTGGCATCTTATGCGAGAAGCTTAAGTGTGAAAGGGATCCAGGAGGCTGCAGCCAAAGCTCCGCCCAGGGGGCAATGTCACACTGTCCCTTATTACTGCTGATGGCCCTACTAGGAGCAGCTGGGGTTCACATGTGCTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000001896:ENSGALT00000002932:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0005319=Laminin_EGF=PD(6.1=3.9),PF079748=EGF_2=PD(91.7=43.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]